PDB-8fh8: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fh8

タイトル

Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And AT-003 Soaked In Hydrogen Peroxide

要素

Aldo-keto reductase family 1 member B1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Arenas, R. / Wilson, D.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And AT-003 Soaked In Hydrogen Peroxide
著者: Arenas, R. / Wilson, D.K.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fh8.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fh8.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Aldo-keto reductase family 1 member B1

ヘテロ分子

37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.061, 46.989, 48.237
Angle α, β, γ (deg.)	77.105, 66.937, 77.235
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Aldo-keto reductase family 1 member B1 / Aldehyde reductase / Aldose reductase / AR 分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1B1, ALDR1, ALR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P15121, NADP-retinol dehydrogenase, D/L-glyceraldehyde reductase, allyl-alcohol dehydrogenase, aldose reductase

#1: タンパク質

Aldo-keto reductase family 1 member B1 / Aldehyde reductase / Aldose reductase / AR

分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1B1, ALDR1, ALR2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P15121, NADP-retinol dehydrogenase, D/L-glyceraldehyde reductase, allyl-alcohol dehydrogenase, aldose reductase

-
非ポリマー , 5種, 147分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-XY0 / {7-[(5-chloro-1,3-benzothiazol-2-yl)methyl]-8-oxo-7,8-dihydropyrazino[2,3-d]pyridazin-5-yl}acetic acid 分子量: 387.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₀ClN₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3,350, 100 mM Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.96584 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96584 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→36.475 Å / Num. obs: 37282 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.216 / Num. unique obs: 1741 / CC_1/2: 0.962 / R_pim(I) all: 0.216 / R_rim(I) all: 0.306

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→36.475 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.166 / SU B: 1.479 / SU ML: 0.052 / Average fsc free: 0.9763 / Average fsc work: 0.9821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1948	1845	4.949 %	0.05
R_work	0.1666	35436	-	-
all	0.168	-	-	-
obs	-	37281	90.536 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.543 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.248 Å²	0.524 Å²	0.916 Å²
2-	-	-0.164 Å²	-1.527 Å²
3-	-	-	1.561 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.475 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2517	0	116	128	2761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	1.656	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.565	1.575	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.393	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.661	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.491	10	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.279	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.849	1.717	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.84	1.717	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.649	3.086	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.648	3.087	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.07	2.046	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.069	2.046	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.604	3.593	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.604	3.593	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.44	20.207	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.439	20.203	3064

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.641	0.19	150	0.195	2501	0.195	3015	0.967	0.969	87.927	0.176
1.641-1.686	0.221	135	0.179	2586	0.181	3000	0.967	0.976	90.7	0.163
1.686-1.735	0.212	130	0.171	2507	0.173	2896	0.971	0.979	91.0566	0.154
1.735-1.788	0.183	113	0.163	2365	0.164	2766	0.976	0.981	89.5879	0.147
1.788-1.847	0.2	120	0.163	2310	0.165	2734	0.977	0.983	88.8808	0.147
1.847-1.912	0.175	94	0.163	2134	0.163	2634	0.978	0.982	84.5862	0.149
1.912-1.984	0.216	107	0.155	2183	0.158	2517	0.974	0.985	90.9813	0.142
1.984-2.064	0.194	118	0.149	2111	0.151	2429	0.977	0.986	91.7662	0.139
2.064-2.156	0.167	107	0.146	2046	0.147	2333	0.984	0.987	92.2846	0.138
2.156-2.261	0.174	84	0.144	1981	0.146	2254	0.983	0.987	91.6149	0.138
2.261-2.382	0.178	102	0.162	1824	0.163	2144	0.981	0.984	89.8321	0.156
2.382-2.526	0.166	96	0.173	1657	0.173	1998	0.979	0.983	87.7377	0.169
2.526-2.7	0.196	105	0.167	1676	0.169	1885	0.98	0.983	94.4828	0.165
2.7-2.915	0.219	89	0.165	1554	0.168	1751	0.974	0.983	93.8321	0.167
2.915-3.191	0.202	68	0.168	1445	0.17	1626	0.975	0.983	93.0504	0.174
3.191-3.564	0.218	45	0.178	1231	0.179	1469	0.978	0.981	86.8618	0.187
3.564-4.109	0.181	53	0.167	1181	0.168	1297	0.98	0.983	95.1426	0.181
4.109-5.016	0.191	50	0.159	993	0.16	1098	0.983	0.988	94.9909	0.177
5.016-7.028	0.215	59	0.214	692	0.214	848	0.98	0.983	88.5613	0.231
7.028-36.475	0.226	20	0.176	459	0.178	482	0.978	0.984	99.3776	0.198

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