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- PDB-8fg0: Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fg0
タイトルCrystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294.
要素
  • 3764 Fab Heavy chain
  • 3764 Fab Light chain
  • Circumsporozoite protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Burn Aschner, C. / Julien, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1179906 米国
引用ジャーナル: Embo Mol Med / 年: 2023
タイトル: Molecular and functional properties of human Plasmodium falciparum CSP C-terminus antibodies.
著者: Oludada, O.E. / Costa, G. / Burn Aschner, C. / Obraztsova, A.S. / Prieto, K. / Canetta, C. / Hoffman, S.L. / Kremsner, P.G. / Mordmuller, B. / Murugan, R. / Julien, J.P. / Levashina, E.A. / Wardemann, H.
履歴
登録2022年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 3764 Fab Heavy chain
D: 3764 Fab Light chain
A: 3764 Fab Heavy chain
B: 3764 Fab Light chain
P: Circumsporozoite protein
Q: Circumsporozoite protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2156
ポリマ－99,2156
非ポリマー00
水5,206289
1
C: 3764 Fab Heavy chain
D: 3764 Fab Light chain
P: Circumsporozoite protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6073
ポリマ－49,6073
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
2
A: 3764 Fab Heavy chain
B: 3764 Fab Light chain
Q: Circumsporozoite protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6073
ポリマ－49,6073
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.236, 66.701, 95.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.405, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: 抗体 3764 Fab Heavy chain


分子量: 23712.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 3764 Fab Light chain


分子量: 24284.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein / CS / PfCSP


分子量: 1609.679 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 281-294 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q7K740
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→40 Å / Num. obs: 43719 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.36→2.46 Å / Num. unique obs: 5067 / CC1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→39.21 Å / SU ML: 0.3238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5931
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 1995 4.57 %
Rwork0.1755 41701 -
obs0.1782 43696 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→39.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6663 0 0 289 6952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00726885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92889404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05511061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4661972
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.420.33131400.26882949X-RAY DIFFRACTION98.5
2.42-2.480.29291460.25642967X-RAY DIFFRACTION99.36
2.48-2.560.33271440.24912956X-RAY DIFFRACTION99.52
2.56-2.640.27011440.22892980X-RAY DIFFRACTION99.71
2.64-2.730.33121350.20932970X-RAY DIFFRACTION99.36
2.73-2.840.27461460.2012980X-RAY DIFFRACTION99.21
2.84-2.970.26581420.20812938X-RAY DIFFRACTION98.81
2.97-3.130.26671390.21592920X-RAY DIFFRACTION97.61
3.13-3.330.25951450.18573009X-RAY DIFFRACTION99.34
3.33-3.580.24361500.17052945X-RAY DIFFRACTION99.52
3.58-3.940.23161370.16663024X-RAY DIFFRACTION99.47
3.94-4.510.19791400.13642955X-RAY DIFFRACTION97.91
4.51-5.680.18791400.13033035X-RAY DIFFRACTION99.65
5.68-39.210.20181470.16293073X-RAY DIFFRACTION98.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.83148850439-0.966456687531-0.05551648873062.66293989976-0.06118187355693.12354358969-0.0783987965808-0.2158873053580.4647788619920.3021993070460.015499848086-0.3509303470.1293102167150.5088562128930.05962146016960.363576894410.0580003235291-0.03896473262320.526185332728-0.02387733745060.332938089577-56.5643294872.1931053034157.5968591099
23.15907080178-0.503790926066-0.934796421240.8290789336530.1131350236911.594498358990.0887995395536-0.2571396052690.299465744513-0.01021093554170.0355932360542-0.0449771702928-0.1676902099430.319647056548-0.1256368158070.353169650395-0.0238471073325-0.01771100169610.349584920246-0.05424282442810.390618807565-42.84156444147.7835903993230.9581504586
35.276026957720.288544849795-1.299554466961.26915310897-0.2320317259416.39698300258-0.07758977035150.7886780975330.24577187092-0.1457571944270.04385163717010.0235253217349-0.1483491320110.2401231369640.01739276021050.28418908830.00871847833231-0.01174464382950.482361440080.0522890019730.361268797175-74.6138627792.6591487444842.5286920436
4-0.0244559181838-0.0520271322684-0.6646528062950.504251871919-0.3863483841293.48225338332-0.0393642292133-0.00712925191429-0.00727851704365-0.01281935196770.0600742591074-0.09262878554970.0767903191211-0.245699985968-0.04441370688640.330846427160.00738512006949-0.0002475492535230.296173134420.004891340854610.326051726311-56.29213976670.83250532559630.3985673791
55.5975649522-2.248852879210.5878221246372.451637185890.3678415830562.870538886230.138443669625-0.0112979621376-0.112383522536-0.297048388337-0.0449288797312-0.004978740967030.3366929060160.0966488105988-0.04860033349210.4355098341970.0215672255514-0.01567431571710.2598203427320.04054522814670.339319228032-47.4262208007-2.0116764066815.5669717686
64.89842475257-0.116125341043-1.920674559741.652278245480.2480813394152.76791046726-0.0332790608868-0.4219005894980.1829644875210.2855708958180.00318459594930.0281743778750.05416020510680.08820648267790.03537814885130.3011176823780.0015002752625-0.03341828489270.279831205313-0.02689463652110.29915101312-17.4439503743-20.152076745933.2083400843
73.59379322836-0.8411393861542.325829099882.60420372873-2.403217817158.880766606670.04900391767470.1301490182570.154884499751-0.037153644505-0.1121617582280.109562770817-0.5005142394820.3148703954520.09897761680980.236827305029-0.04670970965230.008680181895020.201515652974-0.03335899692130.309217008348-7.37860754692-12.67196179453.67431304375
84.91991687536-1.411440114943.545662490513.86072455715-4.710316614648.93764982805-0.06611993434850.297967453974-0.354693823130.1453833305910.0126406093190.0204840372813-0.2248135676960.482819149743-0.004734982814290.330751535277-0.06212930032950.02489655547580.275573274154-0.0558976977790.304834137823-32.4078705427-35.569426232216.8378015603
99.093785071481.41308106059-4.256221974225.860289177791.889358788949.20514329008-0.238024936589-0.607156070222-0.1504313524890.6882625704030.0180896192315-0.2459359666670.2669114472250.04921838140420.3516579181110.374271859421-0.06831755941840.03350998268910.2990951003340.007670679310130.239483190979-38.8876149124-32.87810191635.9138834969
102.976455764212.17598015396-3.901334241375.272527716990.1872832673048.438905355270.0025334329240.6441150539270.519676827139-0.4230850044240.256334031444-0.346094669457-0.5250242025930.1855432532-0.3298586125460.28072064779-0.02340089503380.02130857150220.3007780384850.05485950996110.374182361922-30.2094952414-22.919932363620.3829776917
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138.79903331287-2.12172061278-1.406504991170.9959575910160.1659427054641.37542216530.1106916554260.147444011123-0.285501668461-0.0103223573454-0.1892542340090.07321358395480.1553172634380.03061685524320.07137437704050.326288945602-0.00283585563407-0.0335411926260.2553448943590.02017839714670.267938386168-11.7226358957-27.8207817538-2.56517013007
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165.685066677573.406205772081.24388731084.13967758477-1.81072905573.37534654784-0.378043209696-1.497814347520.2486915869540.5382455792860.5476729598490.412061670953-0.222313558616-1.008873143020.06322280824360.4385104234630.0150382289110.05454186634760.7493441664830.000662141048220.46089740579-33.1481628851-21.30977337342.7439951462
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 1 through 100C)CA1 - 1001 - 107
22chain 'C' and (resid 101 through 213 )CA101 - 213108 - 214
33chain 'D' and (resid 1 through 90 )DB1 - 901 - 95
44chain 'D' and (resid 91 through 128 )DB91 - 12896 - 133
55chain 'D' and (resid 129 through 213 )DB129 - 213134 - 218
66chain 'A' and (resid 1 through 119 )AC1 - 1191 - 126
77chain 'A' and (resid 120 through 214 )AC120 - 214127 - 217
88chain 'B' and (resid 1 through 25 )BD1 - 251 - 25
99chain 'B' and (resid 26 through 32 )BD26 - 3226 - 37
1010chain 'B' and (resid 33 through 48 )BD33 - 4838 - 53
1111chain 'B' and (resid 49 through 75 )BD49 - 7554 - 80
1212chain 'B' and (resid 76 through 128 )BD76 - 12881 - 133
1313chain 'B' and (resid 129 through 174 )BD129 - 174134 - 179
1414chain 'B' and (resid 175 through 213 )BD175 - 213180 - 218
1515chain 'P' and (resid 5 through 12 )PE5 - 121 - 8
1616chain 'Q' and (resid 4 through 13 )QF4 - 131 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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