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- PDB-8fg0: Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fg0 | ||||||
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Title | Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294. | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody | ||||||
Function / homology | ![]() host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Burn Aschner, C. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular and functional properties of human Plasmodium falciparum CSP C-terminus antibodies. Authors: Oludada, O.E. / Costa, G. / Burn Aschner, C. / Obraztsova, A.S. / Prieto, K. / Canetta, C. / Hoffman, S.L. / Kremsner, P.G. / Mordmuller, B. / Murugan, R. / Julien, J.P. / Levashina, E.A. / Wardemann, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 419.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 286.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 454.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 457.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23712.600 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 24284.990 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1609.679 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 281-294 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: Q7K740 #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 24, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033167 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.36→40 Å / Num. obs: 43719 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.46 Å / Num. unique obs: 5067 / CC1/2: 0.75 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→39.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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