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万見
- PDB-8ffj: Structure of Zanidatamab bound to HER2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ffj
タイトルStructure of Zanidatamab bound to HER2
要素
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
  • Zanidatamab Heavy Chain A
  • Zanidatamab Heavy Chain B
  • Zanidatamab Light Chain A
キーワードTRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / Antibody / biparatopic / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / semaphorin receptor complex ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / ERBB2 Regulates Cell Motility / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / PI3K events in ERBB2 signaling / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of Rho protein signal transduction / neuromuscular junction development / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / oligodendrocyte differentiation / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Signaling by ERBB2 / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of protein targeting to membrane / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of angiogenesis / neurogenesis / SHC1 events in ERBB2 signaling / coreceptor activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / basal plasma membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / myelination / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of translation / receptor protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / wound healing / neuromuscular junction / peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuron differentiation / transmembrane signaling receptor activity / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / presynaptic membrane / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / protein tyrosine kinase activity / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / early endosome / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Atkinson, C.E. / Sanches, M. / Dixit, S. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Not funded カナダ
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Zanidatamab, an Anti-HER2 Biparatopic that Induces Unique Surface HER2 Clusters and Complement-Dependent Cytotoxicity
著者: Weisser, N. / Wickman, G. / Sanches, M. / Escobar-Cabrera, E. / O'Toole, J. / Abraham, L. / Guedia, J. / Baichoo, P. / Volkers, G. / Schrag, J. / Choi, K. / Grothe, S. / Baardsnes, J. / ...著者: Weisser, N. / Wickman, G. / Sanches, M. / Escobar-Cabrera, E. / O'Toole, J. / Abraham, L. / Guedia, J. / Baichoo, P. / Volkers, G. / Schrag, J. / Choi, K. / Grothe, S. / Baardsnes, J. / Worrall, L.J. / Atkinson, C.E. / Harbourne, B. / Cheng, C.W. / Whalen, E. / Smith, J. / Zwierzchowski, P. / Zwaagstra, J. / Jolicoeur, N. / Lippens, J. / Fung, V. / Black, S. / Dargahi, D. / Samiotakis, A. / Chan, P. / Stevens, C. / Farber, P. / Mukhopadhyay, A. / Browman, D. / Strynadka, N.C.J. / Gold, M.R. / Dixit, S.
履歴
登録2022年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
J: Zanidatamab Heavy Chain A
Q: Zanidatamab Light Chain A
I: Zanidatamab Heavy Chain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,0454
ポリマ－194,0454
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / ...Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / p185erbB2


分子量: 68536.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, MLN19, NEU, NGL
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04626, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体 Zanidatamab Heavy Chain A


分子量: 49217.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Zanidatamab Light Chain A


分子量: 23749.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Zanidatamab Heavy Chain B


分子量: 52541.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Zanidatamab and HER2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 110 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27589 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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