PDB-8fep: 16mer self-complementary duplex RNA with two continuous native U:...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fep

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with two continuous native U:U pairs

要素

RNA 16mer

キーワード

RNA / Duplexes / UU pairs

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Fang, Z. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Unusual Base Pair between Two 2-Thiouridines and Its Implication for Nonenzymatic RNA Copying.
著者: Ding, D. / Fang, Z. / Kim, S.C. / O'Flaherty, D.K. / Jia, X. / Stone, T.B. / Zhou, L. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2022年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fep.cif.gz	23.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fep.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fep.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fep	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: RNA 16mer

5.06 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: RNA 16mer

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.717, 41.717, 126.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-103- HOH
2	1	AAA-104- HOH
3	1	AAA-123- HOH
4	1	AAA-124- HOH
5	1	AAA-135- HOH

#1: RNA鎖	RNA 16mer 分子量: 5060.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2 M Lithium sulfate, 3 % w/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033175 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033175 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→21.05 Å / Num. obs: 6354 / % possible obs: 98.48 % / 冗長度: 8.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 310 / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.199 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→21.048 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 1.935 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2692	327	5.147 %
R_work	0.2059	6026	-
all	0.209	-	-
obs	-	6353	98.42 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.459 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0.001 Å²	0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→21.048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	334	0	55	389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	372
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.018	155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.548	1.789	577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.734	1.655	379
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.226	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	58
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.086	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.247	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.287	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.394	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.318	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.35	2.525	369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.347	2.524	370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.942	3.813	577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.939	3.812	578
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.477	24.274	466
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.424	24.027	463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.248	20	0.208	438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.634	0.252	23	0.222	434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.634-1.681	0.183	26		419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.681-1.733	0.29	24	0.234	416	X-RAY DIFFRACTION	100
1.733-1.789	0.304	24	0.222	381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.852	0.4	22	0.23	381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.852-1.922	0.347	27	0.225	358	X-RAY DIFFRACTION	98.2143
1.922-2	0.265	24	0.227	359	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.089	0.229	16	0.216	348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.089-2.191	0.224	19	0.21	335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.191-2.309	0.287	12	0.23	321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.448	0.222	12		297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.448-2.617	0.37	19	0.231	275	X-RAY DIFFRACTION	99.3243
2.617-2.826	0.391	15	0.231	260	X-RAY DIFFRACTION	98.5663
2.826-3.094	0.209	10	0.197	245	X-RAY DIFFRACTION	99.6094
3.094-3.457	0.38	10	0.178	224	X-RAY DIFFRACTION	96.6942
3.457-3.987	0.148	8		192	X-RAY DIFFRACTION	96.1538
3.987-4.872	0.167	10		158	X-RAY DIFFRACTION	91.3044
4.872-6.845	0.22	4	0.188	123	X-RAY DIFFRACTION	85.8108
6.845-21.048	0.636	2	0.285	62	X-RAY DIFFRACTION	64.6465

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関連情報:EMDBヘッダ

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