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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fem | |||||||||
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タイトル | Panicum vigratum Dihydroflavonol 4-reductase complexed with NADP | |||||||||
要素 | Dihydroflavonol 4-Reductase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / Dihydroflavonol 4-reductase / flavonoids / DFR | |||||||||
機能・相同性 | NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD-dependent epimerase/dehydratase domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Panicum virgatum (植物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Lewis, J.A. / Kang, C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Structural Similarities and Overlapping Activities among Dihydroflavonol 4-Reductase, Flavanone 4-Reductase, and Anthocyanidin Reductase Offer Metabolic Flexibility in the Flavonoid Pathway. 著者: Lewis, J.A. / Zhang, B. / Harza, R. / Palmer, N. / Sarath, G. / Sattler, S.E. / Twigg, P. / Vermerris, W. / Kang, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fem.cif.gz | 131.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fem.ent.gz | 102.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fem_validation.pdf.gz | 758.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fem_full_validation.pdf.gz | 762 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8fem_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fem_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8fem | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fenC 8fetC 8feuC 8fevC 8fewC 8fioC 8fipC 2c29S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39407.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Panicum virgatum (植物) / 遺伝子: PVAP13_5KG450100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8T0SQV2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris: HCl, pH 8.5 25 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月31日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 17651 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1825 / Rpim(I) all: 0.05084 / Rrim(I) all: 0.1896 / Χ2: 0.07 / Net I/σ(I): 4.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2c29 解像度: 2.34→47.16 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.34→47.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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