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- PDB-8fed: Structure of Mce1-LucB complex from Mycobacterium smegmatis (Map1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fed
タイトルStructure of Mce1-LucB complex from Mycobacterium smegmatis (Map1)
要素
  • (Virulence factor Mce family ...) x 4
  • ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera
  • ABC-transporter integral membrane protein
  • Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a
  • MCE-family protein MCE1c
  • Mce-family protein mce1f
  • Transmembrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane protein complex / ABC transporter / Virulence factor / Lipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transporter activity / bioluminescence / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / generation of precursor metabolites and energy / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Virulence factor Mce protein / Mammalian cell entry, C-terminal / Cholesterol uptake porter CUP1 of Mce4, putative / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / Mce/MlaD / MlaD protein / Green fluorescent protein, GFP ...: / Virulence factor Mce protein / Mammalian cell entry, C-terminal / Cholesterol uptake porter CUP1 of Mce4, putative / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / Mce/MlaD / MlaD protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / ABC-transporter integral membrane protein / Virulence factor Mce family protein / Virulence factor Mce family protein / Virulence factor mce family protein / Virulence factor Mce family protein / Mce-family protein mce1f / ABC transporter, ATP-binding protein / Transmembrane protein / Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a ...Unknown ligand / ABC-transporter integral membrane protein / Virulence factor Mce family protein / Virulence factor Mce family protein / Virulence factor mce family protein / Virulence factor Mce family protein / Mce-family protein mce1f / ABC transporter, ATP-binding protein / Transmembrane protein / Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a / MCE-family protein MCE1c / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Chen, J. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)PEW-00033055 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure of an endogenous mycobacterial MCE lipid transporter.
著者: James Chen / Alice Fruhauf / Catherine Fan / Jackeline Ponce / Beatrix Ueberheide / Gira Bhabha / Damian C Ekiert /
要旨: To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence ...To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence factors in M. tuberculosis, where they are encoded by large gene clusters and have been implicated in the transport of fatty acids and cholesterol across the impermeable mycobacterial cell envelope. Very little is known about how cargos are transported across this barrier, and it remains unclear how the approximately ten proteins encoded by a mycobacterial mce gene cluster assemble to transport cargo across the cell envelope. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the endogenous Mce1 lipid-import machine of Mycobacterium smegmatis-a non-pathogenic relative of M. tuberculosis. The structure reveals how the proteins of the Mce1 system assemble to form an elongated ABC transporter complex that is long enough to span the cell envelope. The Mce1 complex is dominated by a curved, needle-like domain that appears to be unrelated to previously described protein structures, and creates a protected hydrophobic pathway for lipid transport across the periplasm. Our structural data revealed the presence of a subunit of the Mce1 complex, which we identified using a combination of cryo-EM and AlphaFold2, and name LucB. Our data lead to a structural model for Mce1-mediated lipid import across the mycobacterial cell envelope.
履歴
登録2022年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence factor Mce family protein
B: Virulence factor Mce family protein
C: MCE-family protein MCE1c
D: Virulence factor mce family protein
E: Virulence factor Mce family protein
F: Mce-family protein mce1f
G: ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera
H: ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera
I: Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a
J: ABC-transporter integral membrane protein
K: Transmembrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)513,32542
ポリマ－513,32511
非ポリマー031
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Virulence factor Mce family ... , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 Virulence factor Mce family protein


分子量: 43944.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QNR2
#2: タンパク質 Virulence factor Mce family protein


分子量: 37467.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QNR3
#4: タンパク質 Virulence factor mce family protein


分子量: 58054.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QNR5
#5: タンパク質 Virulence factor Mce family protein


分子量: 42566.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QNR6

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タンパク質 , 6種, 7分子 CFGHIJK

#3: タンパク質 MCE-family protein MCE1c


分子量: 54737.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7G2J2
#6: タンパク質 Mce-family protein mce1f


分子量: 54342.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QNR7
#7: タンパク質 ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera


分子量: 71624.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: C-terminus of MceG is tagged (3C-eGFP-4xGly-Tev-Flag-His6)
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QS64, UniProt: P42212
#8: タンパク質 Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a


分子量: 27674.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: I7F4Q4
#9: タンパク質 ABC-transporter integral membrane protein


分子量: 30809.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QNR1
#10: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 20477.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QWR2

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非ポリマー , 1種, 31分子

#11: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG) bound to accessory factor LucB
タイプ: COMPLEX
詳細: Complex was isolated directly from Mycobacterium smegmatis by pulling down MceG-GFP using GFP-affinity purification and size exclusion chromatography.
Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 5 mM MgSO4, 150 mM NaCl, 1 mM DDM, 1 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HClC4H13Cl2NO31
25 mMMagnesium sulfateMgSO41
3150 mMSodium chlorideNaCl1
41 mMn-dodecyl-beta-D-maltosideC24H46O111
51 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 1.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample contains a mixture of MCE proteins endogenously purified from Mycobacterium smegmatis.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 43925 / 詳細: Images were collected in super resolution mode.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.3粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7UCSF Chimerav1.16モデルフィッティング
9PHENIXv1.20.1モデル精密化
10cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1分類
13cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2869223
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144822 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Model was initial fitted into the map using Chimera follow-by rigid body refinement in PHENIX. Models were further refined using PHENIX real-space refinement and then manually inspected in Coot.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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