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Yorodumi- PDB-8feb: Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8feb | ||||||
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Title | Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352) | ||||||
Components | Sialidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / sialidase / neuraminidase / carbohydrate binding / virulence factor | ||||||
Function / homology | Function and homology information exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Porphyromonas gingivalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84 Å | ||||||
Authors | Clark, N.D. / Malkowski, M.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2023 Title: Functional and structural analyses reveal that a dual domain sialidase protects bacteria from complement killing through desialylation of complement factors. Authors: Clark, N.D. / Pham, C. / Kurniyati, K. / Sze, C.W. / Coleman, L. / Fu, Q. / Zhang, S. / Malkowski, M.G. / Li, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8feb.cif.gz | 270.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8feb.ent.gz | 177.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8feb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8feb_validation.pdf.gz | 467.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8feb_full_validation.pdf.gz | 469.1 KB | Display | |
Data in XML | 8feb_validation.xml.gz | 24 KB | Display | |
Data in CIF | 8feb_validation.cif.gz | 37.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8feb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/8feb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8t1yC 8t1zC 8t24C 8t26C 8t27C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 56538.340 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porphyromonas gingivalis (bacteria) / Gene: PG_0352 / Plasmid: pQE80L / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Star / References: UniProt: Q7MX62 |
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-Non-polymers , 5 types, 460 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FLC / |
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#3: Chemical | ChemComp-PG4 / |
#4: Chemical | ChemComp-PEG / |
#5: Chemical | ChemComp-PGE / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 1.8 M Ammonium citrate tribasic |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 30, 2022 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→46.23 Å / Num. obs: 47211 / % possible obs: 98.42 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.87 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08266 / Rpim(I) all: 0.04909 / Rrim(I) all: 0.09651 / Net I/σ(I): 10.67 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.906 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3557 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 4717 / CC1/2: 0.89 / CC star: 0.97 / Rpim(I) all: 0.2124 / Rrim(I) all: 0.4157 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84→46.23 Å / SU ML: 0.1719 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.0793 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→46.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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