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- PDB-8fe2: Structure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fe2
タイトルStructure of J-PKAc chimera complexed with Aplithianine A
要素
  • DnaJ homolog subfamily B member 1, cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein kinase A / Fibrolamellar Hepatocellular Carcinoma / Natural Product
機能・相同性
機能・相同性情報


: / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / sperm head / HDL assembly / negative regulation of inclusion body assembly / channel activator activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / mitochondrial protein catabolic process ...: / PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / sperm head / HDL assembly / negative regulation of inclusion body assembly / channel activator activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / nucleotide-activated protein kinase complex / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / Rap1 signalling / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of interleukin-2 production / PKA activation / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Triglyceride catabolism / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / forebrain development / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / : / mesoderm formation / RET signaling / cAMP/PKA signal transduction / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of MECP2 expression and activity / plasma membrane raft / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / regulation of proteasomal protein catabolic process / regulation of cardiac conduction / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / regulation of macroautophagy / regulation of cardiac muscle contraction / sperm flagellum / Attenuation phase / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / transcription regulator inhibitor activity / Hedgehog 'off' state / regulation of cellular response to heat / Ion homeostasis / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / sperm midpiece / Hsp70 protein binding / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of gluconeogenesis / Mitochondrial protein degradation / protein folding chaperone / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / CD209 (DC-SIGN) signaling / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / acrosomal vesicle / positive regulation of calcium-mediated signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of heart rate / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of smoothened signaling pathway / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / neuromuscular junction
類似検索 - 分子機能
: / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / DnaJ molecular chaperone homology domain ...: / HSP40/DnaJ peptide-binding / Chaperone DnaJ, C-terminal / DnaJ C terminal domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XTI / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / DnaJ homolog subfamily B member 1 / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Du, L. / Wilson, B.A.P. / Li, N. / Dalilian, M. / Wang, D. / Martinez Fiesco, J.A. / Smith, E.A. / Wamiru, A. / Goncharova, E.I. / Zhang, P. / O'Keefe, B.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Nat.Prod. / 年: 2023
タイトル: Discovery and Synthesis of a Naturally Derived Protein Kinase Inhibitor that Selectively Inhibits Distinct Classes of Serine/Threonine Kinases.
著者: Du, L. / Wilson, B.A.P. / Li, N. / Shah, R. / Dalilian, M. / Wang, D. / Smith, E.A. / Wamiru, A. / Goncharova, E.I. / Zhang, P. / O'Keefe, B.R.
履歴
登録2022年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ homolog subfamily B member 1, cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: DnaJ homolog subfamily B member 1, cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
J: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2356
ポリマ－99,6374
非ポリマー5992
水73941
1
A: DnaJ homolog subfamily B member 1, cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1183
ポリマ－49,8182
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
2
B: DnaJ homolog subfamily B member 1, cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
J: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1183
ポリマ－49,8182
非ポリマー2991
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.633, 171.782, 61.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 DnaJ homolog subfamily B member 1, cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / DnaJ protein homolog 1 / Heat shock protein 40


分子量: 47591.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJB1, DNAJ1, HDJ1, HSPF1, PRKACA, PKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: P25685, UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-XTI / 6-[(6M)-6-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)-2,3-dihydro-4H-1,4-thiazin-4-yl]-9H-purine / Aplithianine A


分子量: 299.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM Lithium sulfate, 100 mM HEPES 7.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→43.62 Å / Num. obs: 43344 / % possible obs: 98.49 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 51.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 17.59
反射 シェル解像度: 2.342→2.426 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / Num. unique obs: 4243 / CC1/2: 0.83 / CC star: 0.952 / Rpim(I) all: 0.26 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WB7

4wb7


解像度: 2.34→43.62 Å / SU ML: 0.3406 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.0539
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 3873 4.59 %
Rwork0.1964 80488 -
obs0.1989 43342 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→43.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6974 0 42 41 7057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95859703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00811244
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8721965
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.370.30671260.28472640X-RAY DIFFRACTION89.51
2.37-2.40.33441420.2592865X-RAY DIFFRACTION96.53
2.4-2.430.34481220.25582840X-RAY DIFFRACTION95.89
2.43-2.470.31051330.25942849X-RAY DIFFRACTION95.7
2.47-2.50.30121350.25752789X-RAY DIFFRACTION95.24
2.5-2.540.33581390.25792845X-RAY DIFFRACTION94.16
2.54-2.580.34981270.2632698X-RAY DIFFRACTION90.69
2.58-2.620.26381400.26462782X-RAY DIFFRACTION96.95
2.62-2.670.29561440.25993099X-RAY DIFFRACTION99.69
2.67-2.710.41641500.26122898X-RAY DIFFRACTION99.48
2.71-2.770.39441440.2482941X-RAY DIFFRACTION99.61
2.77-2.820.29951430.24253049X-RAY DIFFRACTION99.78
2.82-2.880.28811360.23312856X-RAY DIFFRACTION99.5
2.88-2.950.32241510.21913016X-RAY DIFFRACTION99.34
2.95-3.020.26191500.23182876X-RAY DIFFRACTION98.95
3.02-3.110.27281360.21352949X-RAY DIFFRACTION98.85
3.11-3.20.29031400.23752938X-RAY DIFFRACTION97.84
3.2-3.30.24171440.23012838X-RAY DIFFRACTION96.44
3.3-3.420.30751430.22392829X-RAY DIFFRACTION95.87
3.42-3.560.28621300.2012769X-RAY DIFFRACTION94.25
3.56-3.720.25851280.19452778X-RAY DIFFRACTION92.49
3.72-3.910.24291400.18562838X-RAY DIFFRACTION95.45
3.91-4.160.23831430.17172949X-RAY DIFFRACTION99.26
4.16-4.480.1951380.1552919X-RAY DIFFRACTION99.38
4.48-4.930.18491390.15472975X-RAY DIFFRACTION99.01
4.93-5.640.22291390.16742949X-RAY DIFFRACTION98.88
5.64-7.10.23741300.18792803X-RAY DIFFRACTION95.26
7.1-43.620.18191410.14882911X-RAY DIFFRACTION97.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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