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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fdp | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The native structure of a dodecamer: 5'-CGCAAATTTGCG-3 | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / AT sequence / Minor groove | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | データ登録者 | Ogbonna, E. / Wilson, W.D. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023 タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences. 著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D. #1: ジャーナル: J Mol Biol / 年: 1992 タイトル: Molecular structure of the B-DNA dodecamer d(CGCAAATTTGCG)2. An examination of propeller twist and minor-groove water structure at 2.2 A resolution. 著者: Edwards, K.J. / Brown, D.G. / Spink, N. / Skelly, J.V. / Neidle, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fdp.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fdp.ent.gz | 14.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fdp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fdp_validation.pdf.gz | 366.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fdp_full_validation.pdf.gz | 366.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8fdp_validation.xml.gz | 2.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fdp_validation.cif.gz | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fdp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ec1C 8ed6C 8edaC 8edbC 8f1sC 8f1vC 8f20C 8f2wC 8f2yC 8f94C 8fb4C 8fdqC 8fdrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.769370461347, -0.63625107547, -0.0570408815595), (-0.637091318857, -0.770776081865, 0.00434546447809), (-0.0467305536422, 0.0329969784512, -0.998362386496) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.769370461347, -0.63625107547, -0.0570408815595), ベクター: |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: CGCAAATTTGCG is a self-complementary DNA. Chain B: 5'-CGCAAATTTGCG-3' Chain C: 3'-GCGTTTAAACGC-5' 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE, SPERMINE TETRACHLORIDE, SODIUM CHLROIDE, MAGNESIUM HEXAHYDRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→23.34 Å / Num. obs: 5921 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 42.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01009 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / Num. unique obs: 577 / CC1/2: 0.995 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→23.34 Å / SU ML: 0.2564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.3418 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→23.34 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.886903761 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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