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万見
- PDB-8fdo: SARS-CoV-2 fusion peptide epitope scaffold FP15 bound to DH1058 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fdo
タイトルSARS-CoV-2 fusion peptide epitope scaffold FP15 bound to DH1058
要素
  • DH1058 Heavy chain
  • DH1058 Light chain
  • FP15
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / Spike / fusion peptide
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kapingidza, A.B. / Marston, D.J. / Wrapp, D. / Winters, K. / Azoitei, M.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1P01AI158571-01A1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Engineered immunogens to elicit antibodies against conserved coronavirus epitopes.
著者: Kapingidza, A.B. / Marston, D.J. / Harris, C. / Wrapp, D. / Winters, K. / Mielke, D. / Xiaozhi, L. / Yin, Q. / Foulger, A. / Parks, R. / Barr, M. / Newman, A. / Schafer, A. / Eaton, A. / ...著者: Kapingidza, A.B. / Marston, D.J. / Harris, C. / Wrapp, D. / Winters, K. / Mielke, D. / Xiaozhi, L. / Yin, Q. / Foulger, A. / Parks, R. / Barr, M. / Newman, A. / Schafer, A. / Eaton, A. / Flores, J.M. / Harner, A. / Catanzaro Jr., N.J. / Mallory, M.L. / Mattocks, M.D. / Beverly, C. / Rhodes, B. / Mansouri, K. / Van Itallie, E. / Vure, P. / Dunn, B. / Keyes, T. / Stanfield-Oakley, S. / Woods, C.W. / Petzold, E.A. / Walter, E.B. / Wiehe, K. / Edwards, R.J. / Montefiori, D.C. / Ferrari, G. / Baric, R. / Cain, D.W. / Saunders, K.O. / Haynes, B.F. / Azoitei, M.L.
履歴
登録2022年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DH1058 Heavy chain
B: DH1058 Light chain
C: FP15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1583
ポリマ－65,1583
非ポリマー00
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.390, 50.580, 146.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 DH1058 Heavy chain


分子量: 25669.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH1058 Light chain


分子量: 23555.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 FP15


分子量: 15933.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.39 Å / Num. obs: 35552 / % possible obs: 98.18 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.501 / CC star: 0.817 / Net I/σ(I): 23.64
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 3518 / CC1/2: 0.529

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-3758-000精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TOW, 5YO4

7tow

5yo4


解像度: 2.2→48.39 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 1671 4.72 %
Rwork0.1892 --
obs0.1911 35398 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4264 0 0 189 4453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8345905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d35.764600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005765
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.3521380.27742743X-RAY DIFFRACTION98
2.26-2.340.30081480.252824X-RAY DIFFRACTION98
2.34-2.420.28131480.24372755X-RAY DIFFRACTION97
2.42-2.520.25971580.2262652X-RAY DIFFRACTION95
2.52-2.630.26561410.21132791X-RAY DIFFRACTION99
2.63-2.770.2831090.21252865X-RAY DIFFRACTION99
2.77-2.950.24351400.21012847X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.170.24951160.20512852X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.490.21621320.19232826X-RAY DIFFRACTION98
3.49-40.21120.16592827X-RAY DIFFRACTION98
4-5.030.17921520.14312864X-RAY DIFFRACTION99
5.04-48.390.2211770.17682881X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.674-3.16332.70425.6608-0.37584.01130.1429-0.05950.26780.37740.3076-0.88270.55951.4721-0.0360.3140.0391-0.0520.6661-0.01970.353219.236-20.3333.443
21.9405-0.0323-1.33754.12361.36585.9133-0.1267-0.18730.75350.44280.1002-0.3588-0.6163-0.0749-0.10720.2775-0.06640.00130.2494-0.04840.347113.0218.17229.433
31.6926-0.4559-0.08513.88731.19074.39460.1446-0.10250.14520.0227-0.07450.0233-0.3344-0.3813-0.03710.14470.0104-0.01230.22380.02470.241510.4241.53321.761
40.6757-1.1415-1.11793.83672.46075.9252-0.0318-0.2219-0.05780.13110.0649-0.40310.43910.4772-0.18360.1694-0.0006-0.0270.23830.02690.321619.473-9.88919.916
50.8966-0.15010.20643.3634-0.2763.06860.0351-0.41190.00431.6329-0.04530.0834-0.2041-0.39460.06280.8234-0.11890.01840.46120.00290.17959.9311.2345.036
60.2764-0.4025-0.36661.4028-0.3193.72850.3253-0.37440.03472.1059-0.3094-0.1028-0.75580.44810.12931.6525-0.2194-0.19370.75870.03970.372512.7927.93958.876
72.9025-1.29231.53470.825-0.87335.5132-0.023-0.0448-0.07841.0149-0.07360.23720.5486-0.60910.03970.9527-0.281-0.04670.57540.16140.36548.822-20.76639.042
82.70111.05711.22151.81181.08840.92270.132-0.2437-0.28950.15910.14060.34061.4081-0.7044-0.13170.6488-0.2822-0.12870.36190.12680.35179.458-20.54528.853
91.9632-1.0504-0.53882.5271-0.8494.07840.1935-0.2774-0.22940.4090.0554-0.09440.86140.0771-0.20.5357-0.0585-0.10160.2710.05230.294317.36-19.13733.389
100.4770.0704-0.4521.3213-1.14335.81150.0562-0.3062-0.11840.6304-0.09310.02640.0355-0.1751-0.18220.5247-0.1642-0.04340.39420.09160.30739.15-15.27338.935
110.762-1.12630.54266.45090.98752.3760.4103-0.39780.43931.5929-0.33691.7676-0.3995-0.8929-0.43781.8789-0.1970.57640.88250.05280.6730.491-1.06262.529
122.82180.35830.11743.0416-3.96855.27480.4988-0.7743-0.07330.57720.29791.5363-0.459-1.2024-0.9861.035-0.15610.32631.0586-0.01860.9771-7.484-2.85658.092
135.5854-2.6579-0.02155.67490.66652.84710.68380.04681.22581.2572-0.3114-0.0365-0.3515-0.1884-0.25111.2345-0.21870.24110.62520.04890.51094.196-2.46658.081
143.477-1.9123-0.67161.70241.68432.50570.3956-1.0320.46381.36750.16630.8422-0.1948-1.36020.22742.4288-0.02771.32021.1603-0.03290.8624-5.381-4.79467.971
158.108-0.5774-1.56183.04670.29553.22290.42470.1272-0.2210.1788-0.32760.1125-0.5137-0.2006-0.09360.2172-0.0339-0.0370.20210.02140.20565.442-8.1897.931
164.5153-2.8844-2.24474.57981.63814.3716-0.1046-0.10860.3531-0.09820.157-0.4058-0.12610.3081-0.00380.1572-0.0269-0.02060.23710.0240.24696.621-9.71-0.963
174.2767-3.0599-2.91395.49181.44024.77220.04340.3294-0.4047-0.2066-0.3201-0.078-0.04260.23840.22750.2038-0.0181-0.01880.25880.0040.22978.088-18.599-5.365
187.4196-4.6391-0.94875.75031.06662.4998-0.0342-0.4368-0.19740.1687-0.03130.49570.1667-0.26960.13560.2681-0.07130.01440.3746-0.02280.4007-3.008-16.9535.59
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 103:110 )C103 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 1:17 )A1 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 18:87 )A18 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 88:100 )A88 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 101:145 )A101 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 146:213 )A146 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:18 )B1 - 18
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 19:38 )B19 - 38
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 39:90 )B39 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 91:113 )B91 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 114:150 )B114 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 151:163 )B151 - 163
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 164:186 )B164 - 186
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 187:213 )B187 - 213
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 2:23 )C2 - 23
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 24:49 )C24 - 49
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 50:81 )C50 - 81
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 82:102 )C82 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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