PDB-8fdc: Crystal structure of Ky311 Fab in complex with circumsporozoite p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fdc

タイトル

Crystal structure of Ky311 Fab in complex with circumsporozoite protein KQPA peptide

要素

Circumsporozoite protein KQPA peptide
Ky311 Antibody, heavy chain
Ky311 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / external side of plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Burn Aschner, C. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fdc.cif.gz	223.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fdc.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fdc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fdc_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fdc_full_validation.pdf.gz	445 KB	表示
XML形式データ	8fdc_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	8fdc_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/8fdc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

P: Circumsporozoite protein KQPA peptide

A: Ky311 Antibody, heavy chain

B: Ky311 Antibody, light chain

ヘテロ分子

49.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.019, 66.456, 84.037
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 132.570, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

#1: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein KQPA peptide / CS / PfCSP 分子量: 1549.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P19597
#2: 抗体	Ky311 Antibody, heavy chain 分子量: 24210.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Ky311 Antibody, light chain 分子量: 23353.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 44112 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.19 Å² / CC_1/2: 0.935 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 2104 / CC_1/2: 0.811

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→30.94 Å / SU ML: 0.2725 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.2607
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	2035	4.75 %
R_work	0.1985	40817	-
obs	0.2002	42852	95.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	20	322	3651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	3481
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6829	4757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0464	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9234	1230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3716	138	0.3495	2726	X-RAY DIFFRACTION	96.27
1.84-1.89	0.4304	122	0.3311	2712	X-RAY DIFFRACTION	96.04
1.89-1.94	0.3595	141	0.2992	2707	X-RAY DIFFRACTION	95.92
1.94-2	0.2785	135	0.2604	2714	X-RAY DIFFRACTION	95.03
2-2.06	0.2745	133	0.2363	2681	X-RAY DIFFRACTION	94.65
2.06-2.13	0.2657	137	0.233	2715	X-RAY DIFFRACTION	96.25
2.13-2.22	0.2819	141	0.2346	2707	X-RAY DIFFRACTION	95.86
2.22-2.32	0.2749	141	0.2203	2732	X-RAY DIFFRACTION	96.77
2.32-2.44	0.2561	135	0.2084	2754	X-RAY DIFFRACTION	96.4
2.44-2.6	0.2399	129	0.2012	2729	X-RAY DIFFRACTION	95.97
2.6-2.8	0.2651	142	0.1937	2725	X-RAY DIFFRACTION	95.95
2.8-3.08	0.2214	138	0.1911	2744	X-RAY DIFFRACTION	96.32
3.08-3.52	0.2009	132	0.1686	2692	X-RAY DIFFRACTION	93.88
3.52-4.43	0.1695	133	0.1437	2697	X-RAY DIFFRACTION	93.8
4.44-30.94	0.1788	138	0.1708	2782	X-RAY DIFFRACTION	94.99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.55136397929	-0.65418347084	5.55739255622	4.04676450882	-1.16092647872	5.6280450013	0.242518474829	-0.942290531804	0.304357478186	0.035743636723	0.0164308316208	0.0584681214116	0.166674911199	-0.553142375636	-0.203808916203	0.225867609274	0.0163608059099	0.0246068859197	0.277619212484	-0.0139356028836	0.184962563963	8.72682203391	11.5490880077	43.7135116583
2	1.02858565201	-0.16313178316	-0.306797177959	1.37416322159	0.653337002977	2.83373191267	-0.0338102625496	-0.0687859371952	-0.0267565978503	0.0473489230882	0.0303545882078	-0.0800801710256	0.0881161379555	-0.0224518593052	-0.00399431211852	0.132925654606	-5.67120571635E-5	-0.00122467386557	0.0747584929963	0.0340902148159	0.168057123111	17.5217856229	6.83786197404	30.1591387485
3	1.53210733344	0.961191825759	-0.567376983676	1.75916433175	-0.942878922903	2.03692244582	0.0176782817257	0.0950379292988	0.0983010695829	-0.0569687288188	-0.00535660994074	-0.121455791805	-0.0313304592563	0.0436683637914	0.00791447712061	0.186919071352	0.0153204948965	-0.00266106871661	0.111226347005	0.00801324144506	0.204449139953	26.3489694265	14.4916757142	-3.81910783072
4	0.398795245452	0.161196896929	-0.577590750885	1.00074343695	-0.919519880899	2.82760988299	0.0483072388121	-0.00838665180721	0.0583274459587	-0.0105367140262	0.0537302642458	-0.00871235047169	-0.0662281941536	-0.0426030191566	-0.087126987092	0.156714932518	0.0110804552971	0.0175685073438	0.120783440867	-0.000823720143	0.207939388056	6.71628619142	26.0771285848	24.2651487429
5	0.964167563706	-0.216214980598	0.555696803151	2.72966226956	0.965127497726	2.32482053852	0.101594979852	0.0223632775064	-0.0844339531441	-0.0612911715964	-0.0516747077965	0.101244343719	0.149276319354	0.00723190835943	-0.0159542917448	0.175141708719	0.00574614732543	-0.000337566734464	0.11754149272	0.0117081344489	0.168768402459	10.9746451678	17.1404392659	-8.41584957559

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'P' and (resid 5 through 13 )	P	A	5 - 13	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 1 through 113)	A	B	1 - 113	1 - 122
3	3	chain 'A' and (resid 114 through 212 )	A	B	114 - 212	123 - 218
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 113 )	B	E	1 - 113	1 - 112
5	5	chain 'B' and (resid 114 through 213 )	B	E	114 - 213	113 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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