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- PDB-8fda: Human Cytochrome P450 17A1 in complex with steroidal isonitrile i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fda
タイトルHuman Cytochrome P450 17A1 in complex with steroidal isonitrile inhibitor
要素Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450 c17 / 17-alpha hydroxylase / 17 / 20 lyase / isonitrile / steroid
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / axon / neuronal cell body / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-XPK / Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Richard, A.M. / Scott, E.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM130997 米国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Selective steroidogenic cytochrome P450 haem iron ligation by steroid-derived isonitriles.
著者: Richard, A.M. / Wong, N.R. / Harris, K. / Sundar, R. / Scott, E.E. / Pochapsky, T.C.
履歴
登録2022年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,57214
ポリマ－222,9614
非ポリマー4,61110
水4,828268
1
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4286
ポリマ－111,4802
非ポリマー1,9484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7867
ポリマ－111,4802
非ポリマー2,3065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,85811
ポリマ－167,2203
非ポリマー3,6378
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7867
ポリマ－111,4802
非ポリマー2,3065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.130, 152.275, 171.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase


分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17A1, CYP17, S17AH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
参照: steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase
#3: 化合物
ChemComp-XPK / [(1~{R})-1-[(3~{S},5~{S},8~{R},9~{S},10~{S},13~{S},17~{R})-3-methanoyloxy-10,13-dimethyl-1,2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,13,14,15,16,17-hexadecahydrocyclopenta[a]phenanthren-17-yl]ethyl]-methylidyne-azanium / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase


分子量: 357.530 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H35NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
参照: steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 0.25 M LiSO4, 30% PEG 3350, and 7% sucrose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月19日
詳細: Beam focused to 50 by 15 microns, beam attenuated 96.5%
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.96 Å / Num. obs: 114766 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 44.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 16489 / CC1/2: 0.382 / Rpim(I) all: 1.453 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→38.96 Å / SU ML: 0.2958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.1554
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 1998 1.77 %
Rwork0.2158 111089 -
obs0.2165 113087 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14864 0 328 268 15460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004715568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.729621167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04322400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00532646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.90415756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.34461320.37117393X-RAY DIFFRACTION92.5
2.25-2.310.37351370.34527598X-RAY DIFFRACTION94.99
2.31-2.380.3791420.31567893X-RAY DIFFRACTION98.81
2.38-2.460.33481390.29777769X-RAY DIFFRACTION97.08
2.46-2.550.30211410.27677830X-RAY DIFFRACTION97.97
2.55-2.650.31421430.27427924X-RAY DIFFRACTION98.87
2.65-2.770.3361430.27767951X-RAY DIFFRACTION98.78
2.77-2.920.30491440.27017920X-RAY DIFFRACTION98.74
2.92-3.10.3211430.24958029X-RAY DIFFRACTION99.7
3.1-3.340.26661450.23278059X-RAY DIFFRACTION99.82
3.34-3.670.28321440.21368026X-RAY DIFFRACTION99.34
3.67-4.20.23771470.17478106X-RAY DIFFRACTION99.65
4.2-5.290.2021470.15678190X-RAY DIFFRACTION99.63
5.3-38.960.19121510.17978401X-RAY DIFFRACTION98.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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