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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fck | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the vertebrate augmin complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / microtubule / branching microtubule nucleation / spindle assembly | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HAUS complex / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle / spindle pole / microtubule / cell division ...HAUS complex / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle / spindle pole / microtubule / cell division / centrosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.88 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Travis, S.M. / Huang, W. / Zhang, R. / Petry, S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Integrated model of the vertebrate augmin complex. 著者: Sophie M Travis / Brian P Mahon / Wei Huang / Meisheng Ma / Michael J Rale / Jodi Kraus / Derek J Taylor / Rui Zhang / Sabine Petry / 要旨: Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high ...Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high fidelity, cells take advantage of branching microtubule nucleation, which rapidly amplifies microtubules during cell division. Branching microtubule nucleation relies on the hetero-octameric augmin complex, but lack of structure information about augmin has hindered understanding how it promotes branching. In this work, we combine cryo-electron microscopy, protein structural prediction, and visualization of fused bulky tags via negative stain electron microscopy to identify the location and orientation of each subunit within the augmin structure. Evolutionary analysis shows that augmin's structure is highly conserved across eukaryotes, and that augmin contains a previously unidentified microtubule binding site. Thus, our findings provide insight into the mechanism of branching microtubule nucleation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fck.cif.gz | 562.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fck.ent.gz | 453.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fck_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fck_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fck_validation.xml.gz | 93 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fck_validation.cif.gz | 144.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/8fck | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28981MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-HAUS augmin-like complex subunit ... , 4種, 4分子 ABDH
#1: タンパク質 | 分子量: 32655.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus1.L / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: A0A8J1L9M8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 68112.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus3 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q6DCY9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 77357.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus5.L / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: A0A1L8FPI2 |
#8: タンパク質 | 分子量: 41144.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus8, hice1 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q0IHJ3 |
-HAUS augmin like complex subunit ... , 4種, 4分子 CEFG
#3: タンパク質 | 分子量: 41256.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus4.L, haus4, MGC115689 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q4V7I1 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 53505.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus2.L, cep27, haus2, MGC82377, GFP / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: Q6INL9, UniProt: P42212 |
#6: タンパク質 | 分子量: 50927.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus6.L / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: A0JPI0 |
#7: タンパク質 | 分子量: 39379.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: haus7.S, haus7, LOC100158301, uchl5ip, uip1 / プラスミド: pFASTBAC / Cell (発現宿主): Epithelial / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組織 (発現宿主): Ovary / 参照: UniProt: B1H1T5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Augmin / タイプ: COMPLEX / 詳細: Peak octameric fraction following gel filtration / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.403 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 細胞内の位置: cytoplasm / Organelle: mitotic spindle | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: Sf9 / プラスミド: pFASTBAC | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.7 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.06 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 39903 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 10105 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2350 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2046060 詳細: Template picks, trained on evenly-spaced templates from ab initio model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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