PDB-8fba: Crystal structure of Ky315 Fab in complex with circumsporozoite p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fba

タイトル

Crystal structure of Ky315 Fab in complex with circumsporozoite protein DND peptide

要素

Circumsporozoite protein DND peptide
Ky315 Antibody, heavy chain
Ky315 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Burn Aschner, C. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fba.cif.gz	442.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fba.ent.gz	301 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fdcC 8fddC 6ulfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ky315 Antibody, heavy chain

B: Ky315 Antibody, light chain

C: Ky315 Antibody, heavy chain

D: Ky315 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein DND peptide

Q: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

98.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ky315 Antibody, heavy chain

B: Ky315 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ky315 Antibody, heavy chain

D: Ky315 Antibody, light chain

Q: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.348, 65.245, 128.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.250, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: 抗体	Ky315 Antibody, heavy chain 分子量: 24060.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky315 Antibody, light chain 分子量: 23412.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein DND peptide / CS 分子量: 1265.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate pH 5.9, 20% PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920088 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.920088 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→40 Å / Num. obs: 79772 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 27.19 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.96→1.99 Å / Num. unique obs: 3529 / CC_1/2: 0.531

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 6ULF

6ulf

解像度: 1.96→39.37 Å / SU ML: 0.2354 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8866
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	1999	2.51 %
R_work	0.1777	77750	-
obs	0.1788	79749	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→39.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6730	0	40	666	7436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	7119
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7583	9711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0512	1079
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	1267
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8484	2541

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.01	0.3393	141	0.2751	5504	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.01-2.06	0.2976	142	0.2467	5528	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.12	0.2925	142	0.2378	5529	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.12-2.19	0.2583	142	0.2225	5501	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.19-2.27	0.2433	142	0.207	5527	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.27-2.36	0.2397	142	0.1956	5522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.47	0.2457	142	0.191	5551	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.47-2.6	0.2296	143	0.1943	5550	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.6-2.76	0.2103	142	0.1883	5530	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.76-2.98	0.2438	143	0.1847	5538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.27	0.2284	143	0.1793	5573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.75	0.2215	144	0.164	5582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.72	0.1787	144	0.1361	5595	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.72-39.37	0.1693	147	0.1512	5720	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.73986026416	-1.23869816339	-0.276739662847	2.06716611788	0.869718070492	1.2524821828	0.138330499232	0.269689827222	0.202418029588	-0.644593765003	-0.202764051682	0.129164444893	-0.209184574155	-0.193678168323	0.0438406209526	0.380862569901	0.0887400181555	-0.0582520107837	0.258506369325	0.0143403825487	0.211971783942	13.1569466453	1.62803303124	35.0436408768
2	2.42511973625	-0.198559580764	1.10889802044	3.36321522377	1.13724807399	2.94667437691	0.0422102138478	-0.0847131864004	0.124535091368	0.137912974479	-0.118387883685	0.0153150552079	-0.065980361569	-0.102005629198	0.0806631301519	0.11490009816	-0.00220966600595	-0.00809943558884	0.206074147525	0.00808821463712	0.214346875428	-0.984798813729	24.1107739633	61.4089094393
3	1.53523183459	0.00623378087304	0.465411539192	2.51665173498	1.35251069617	2.3260365854	-0.00177657422989	-0.0993515426272	0.0402819811891	-0.123017234565	-0.00477888858002	-0.13180638727	-0.0884312182147	-0.0120662859822	0.000423691122021	0.131829957925	0.0158022680734	-0.0153961728522	0.165101312837	0.00817056774476	0.169750083628	25.7257050566	-1.59550347173	53.5927276072
4	3.37207409117	0.21892057546	-0.101700707121	1.14842772787	-0.143275883876	1.29448541994	0.0555289229429	0.0338238278909	-0.0453635975931	0.0507105274854	-0.0166788486643	0.176585075168	-0.00949232396992	-0.169709026939	-0.0342631010241	0.133292736234	-0.00182894089334	-0.00830475578732	0.200895269604	-0.0137488902546	0.185742394376	-1.70307281385	11.9237957944	71.344694864
5	2.09266853944	-0.205666489504	-0.280285198272	2.25156585683	0.503527415445	2.54641121869	0.0154049774418	0.13844333386	-0.085507702767	-0.26155944868	0.0289042471146	0.204069438365	0.14726669277	-0.115216723377	-0.021859884973	0.2275117034	0.00689224203119	-0.0646643577156	0.202496925621	-0.00499310706748	0.181541032445	14.2766862448	29.2768046701	30.0493167724
6	1.83036598058	0.0360062551099	0.975782017636	2.92471407909	1.11823093696	2.54441244832	-0.210716305743	-0.0666367437191	-0.36805110943	0.457972289665	0.0632480075177	-0.0270249290839	0.853531125185	0.0168615108711	0.0986614946717	0.965530621509	0.0448062683116	0.107957787978	0.342545272194	-0.0116948295286	0.306837095601	32.6138082771	7.07177176524	7.87498735857
7	2.84982819057	-1.08170447826	0.338357979321	2.81682263187	-0.000460226730562	2.47626151962	0.064416362778	0.0880580349032	-0.205770026415	-0.0656130557872	0.0281267163892	-0.12942519684	0.263443892815	0.273221022887	-0.0953620010653	0.224637701533	0.0396532511959	-0.0309213842509	0.237840617975	-0.0371339470141	0.17890003423	35.8004122269	30.5165936739	36.2215554643
8	1.93601660426	-0.225221131019	-0.400916200523	1.32643228188	0.331344801707	5.13109452858	0.00827297393373	0.116445511399	0.0895042566773	-0.427727820831	0.244871191203	-0.282993106419	0.0902297373708	0.365647449433	-0.260954514721	0.708797769543	0.071692478689	0.137987025882	0.371761782242	-0.0742790215681	0.352231376907	43.404372438	19.2304358924	3.85906586398
9	5.79818901849	1.37470565417	3.11745677675	2.0818351058	-1.00691326066	3.41533497949	0.147736954462	0.366846618244	-0.19253595623	-0.514224922523	0.205447462401	-0.442245100995	-0.52577668922	-0.00579610622282	-0.182276241173	0.480668980891	0.0792822349729	0.0970256767206	0.279741901056	-0.00351259609003	0.183193299214	24.144441684	-10.2816348707	30.1650651466
10	5.49325407113	-0.106582182161	4.33648127865	9.44174007451	-4.02438235823	5.27517422885	-0.111759264856	-0.438700737839	0.0587549363554	0.818512960519	0.0853696031163	0.415561818673	-0.197303649902	-0.0129461166757	-0.0446656434326	0.228138994702	0.0361480830486	0.0313740651214	0.244085571402	-0.0520887731618	0.169650055665	14.2778571965	40.5843730281	42.7325477045

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 113 )	A	A	1 - 113	1 - 124
2	2	chain 'A' and (resid 114 through 216 )	A	A	114 - 216	125 - 227
3	3	chain 'B' and (resid 1 through 107)	B	B	1 - 107	1 - 106
4	4	chain 'B' and (resid 108 through 214 )	B	B	108 - 214	107 - 213
5	5	chain 'C' and (resid 1 through 113 )	C	C	1 - 113	1 - 124
6	6	chain 'C' and (resid 114 through 214 )	C	C	114 - 214	125 - 219
7	7	chain 'D' and (resid 1 through 107 )	D	D	1 - 107	1 - 106
8	8	chain 'D' and (resid 108 through 213 )	D	D	108 - 213	107 - 212
9	9	chain 'P' and (resid 1 through 11 )	P	E	1 - 11	1 - 11
10	10	chain 'Q' and (resid 1 through 11 )	Q	F	1 - 11	1 - 11

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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