PDB-8fb7: Crystal structure of Ky15.10 Fab in complex with circumsporozoite...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fb7

タイトル

Crystal structure of Ky15.10 Fab in complex with circumsporozoite protein NPDP peptide

要素

Circumsporozoite protein NPDP peptide
Ky15.10 Antibody, Heavy Chain
Ky15.10 Antibody, Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Prieto, K. / Thai, E. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fb7.cif.gz	455.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fb7.ent.gz	309.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8fb7_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fb7_full_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示
XML形式データ	8fb7_validation.xml.gz	43 KB	表示
CIF形式データ	8fb7_validation.cif.gz	64.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/8fb7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ky15.10 Antibody, Heavy Chain

B: Ky15.10 Antibody, Light chain

H: Ky15.10 Antibody, Heavy Chain

L: Ky15.10 Antibody, Light chain

P: Circumsporozoite protein NPDP peptide

Q: Circumsporozoite protein NPDP peptide

ヘテロ分子

100 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Ky15.10 Antibody, Heavy Chain

B: Ky15.10 Antibody, Light chain

Q: Circumsporozoite protein NPDP peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
50.1 kDa, 3 ポリマー
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2

H: Ky15.10 Antibody, Heavy Chain

L: Ky15.10 Antibody, Light chain

P: Circumsporozoite protein NPDP peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.432, 67.945, 83.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.180, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-422- HOH
2	1	L-573- HOH

#1: 抗体	Ky15.10 Antibody, Heavy Chain 分子量: 24547.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky15.10 Antibody, Light chain 分子量: 23534.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein NPDP peptide / CS 分子量: 1659.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M calcium chloride, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 108854 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.9 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Num. unique obs: 5402 / CC_1/2: 0.767

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→29.27 Å / SU ML: 0.2035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3207
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	1998	1.84 %
R_work	0.1631	106799	-
obs	0.1637	108797	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6860	0	32	911	7803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0124	7202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1719	9834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0778	1100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4427	2606

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.2969	143	0.2664	7611	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.79-1.84	0.3087	141	0.2486	7520	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.84-1.9	0.2488	143	0.2227	7650	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.9-1.96	0.2151	141	0.1965	7559	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.96-2.03	0.2139	142	0.1813	7603	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.03-2.11	0.2292	142	0.1869	7591	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.11-2.2	0.2427	142	0.1806	7630	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.2-2.32	0.2171	142	0.1758	7579	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.32-2.47	0.219	143	0.178	7611	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.47-2.66	0.2466	142	0.1818	7661	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.66-2.92	0.2114	143	0.176	7626	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.92-3.35	0.1897	144	0.1629	7672	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.35-4.21	0.1714	144	0.1361	7673	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.21-29.27	0.1593	146	0.136	7813	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.81698203915	0.00786410630994	0.632568879173	1.33861995366	-0.112295118064	4.58388258048	-0.0234933740546	-0.0106201680982	-0.122362483779	-0.0314692040232	0.0475872469456	-0.0707129857149	0.00543748730217	0.0701878392994	0.00467803971952	0.169625442902	-0.00598127837305	0.0274613108716	0.169779606246	-0.0137639813782	0.234433020223	-42.5058453896	-2.24767714648	37.2736784747
2	3.78693635023	3.34800425739	-0.876650063301	3.68366659078	-1.34898841958	1.78841706619	-0.0320490409406	-0.127648194433	-0.222470639783	0.0997748597416	-0.0536789032949	-0.0384895221697	0.193865378866	0.00204884258009	0.0848637056326	0.245095881725	0.0460762265862	0.0535460220426	0.158827584712	0.00709219534773	0.238230839019	-57.4075966726	-14.3506950969	69.8236552862
3	3.9978805365	1.18561690378	-0.998460947984	2.11102392746	-0.620142279951	3.0326961265	0.0202761520581	-0.115818634874	0.0918062035421	-0.0189841772252	0.00608846284334	0.207887300098	-0.0695642031308	-0.262895856097	-0.0325816930761	0.179512490237	0.0161830151703	-0.0214661789231	0.1620018186	-0.00263052787342	0.179838642507	-64.3531541984	-0.00723325642567	34.6096551211
4	1.69613163367	0.996721702477	1.56239880572	1.90463807229	2.26336751777	5.48992317873	0.0141079386155	-0.0715452382742	0.00418800573491	0.0960167147887	-0.0616070910575	0.0537317308341	0.193505828799	-0.0605347148906	0.0342648230364	0.182412123563	0.0119075619712	0.0560485708721	0.136202034556	0.0185702573306	0.204776454731	-66.2154572001	-1.00868849754	69.8966696464
5	0.814790035148	-0.129979160437	0.309923617637	1.68322453335	-1.1294718646	3.54809549868	0.195127165303	0.14010929981	-0.0978384188336	-0.314812338922	-0.39880998442	-0.271627137986	0.433273782524	0.839195021925	0.154854366294	0.277562412539	0.166686918566	0.000976670485806	0.549863298171	0.053193984198	0.282949793986	-8.17379896358	-4.39812871225	14.5970917358
6	2.21251777541	-0.0534483203326	-0.14019533891	5.5048762699	-0.691081987385	3.1612259761	-0.075949814578	0.165383314663	0.41785072584	0.0404202160356	-0.00787059187305	-0.570684623855	-0.330614095715	0.558977766716	0.0759731738096	0.211157464298	-0.063105489199	-0.043166993363	0.376975481765	0.0191704846604	0.342470207685	-14.2729803562	22.9419444916	-8.68433928686
7	1.17222658326	-0.0191521962323	0.882229836722	4.79267969736	-0.361349042947	2.78778604809	-0.0663800943156	0.0712420109578	0.125891413122	-0.0321025320549	-0.149107021008	-0.0685089587697	-0.423187204755	0.0863890576539	0.216093151889	0.203318339702	-0.0230321521999	-0.026157904182	0.326002200086	0.0063823561839	0.203653502756	-19.1065149186	10.1998721677	26.7164765783
8	1.58427609289	-0.094988589977	1.79799564124	2.49518575256	0.270862710573	6.8242632849	-0.114644580344	-0.0939383803763	0.140226652073	0.219678685486	0.0878856831106	-0.0842216737709	-0.449705392532	-0.0100709122463	0.017835228988	0.234267237773	0.0101537123839	-0.000552997122556	0.153803956542	0.022177066449	0.206849098894	-30.0731390789	24.7258290101	-5.01059024125
9	3.93282531365	-3.80932184481	4.83641894025	8.25454697668	-1.12245018098	8.72423205056	0.304870316733	-0.766920169297	-1.27767647797	0.0230015951523	0.00652413975623	0.02944158821	1.12016306721	0.494351497537	-0.323957525357	0.3064805335	0.0690820257793	-0.0238404374142	0.403512579448	0.0668357252932	0.267304038711	-8.90826241629	-10.5516079534	28.4852439501
10	8.24546682899	-1.00333148134	-6.33393256334	1.82775462914	-0.278151024745	7.12394148375	0.278991522196	1.48401684207	0.0875384480629	-1.40314098995	-0.666800376361	-0.00435661343357	-0.594386833288	-0.233346348424	0.210973328772	0.412405694171	0.0350068272114	0.0149518782887	0.474745148588	0.0117921998677	0.196091353225	-43.2192813773	1.26863139461	19.1987802239

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 113 )	A	A	1 - 113	1 - 125
2	2	chain 'A' and (resid 114 through 216 )	A	A	114 - 216	126 - 228
3	3	chain 'B' and (resid 1 through 107 )	B	D	1 - 107	1 - 106
4	4	chain 'B' and (resid 108 through 213 )	B	D	108 - 213	107 - 212
5	5	chain 'H' and (resid 1 through 113 )	H	H	1 - 113	1 - 125
6	6	chain 'H' and (resid 114 through 214 )	H	H	114 - 214	126 - 223
7	7	chain 'L' and (resid 1 through 107 )	L	K	1 - 107	1 - 106
8	8	chain 'L' and (resid 108 through 214 )	L	K	108 - 214	107 - 213
9	9	chain 'P' and (resid 2 through 10 )	P	M	2 - 10	1 - 9
10	10	chain 'Q' and (resid 3 through 15 )	Q	N	3 - 15	1 - 13

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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