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- PDB-8fb5: Crystal structure of Ky15.11-S100IK Fab in complex with circumspo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fb5
タイトルCrystal structure of Ky15.11-S100IK Fab in complex with circumsporozoite protein KQPA peptide
要素
  • Circumsporozoite protein KQPA peptide
  • Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
  • Ky15.11-SK Antibody, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / external side of plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kang, R.W. / Thai, E. / Julien, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1179906 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, R.H.C. / Bolscher, J.M. / de Bruijni, M.H.C. / Sauerwein, R. / Dennison, S.M. / Tomaras, G.D. / Zavala, F. / Kellam, P. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
B: Ky15.11-SK Antibody, light chain
C: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
D: Ky15.11-SK Antibody, light chain
E: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
F: Ky15.11-SK Antibody, light chain
G: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
H: Ky15.11-SK Antibody, light chain
O: Circumsporozoite protein KQPA peptide
I: Circumsporozoite protein KQPA peptide
J: Circumsporozoite protein KQPA peptide
K: Circumsporozoite protein KQPA peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,88812
ポリマ－200,88812
非ポリマー00
水00
1
A: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
B: Ky15.11-SK Antibody, light chain
O: Circumsporozoite protein KQPA peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2223
ポリマ－50,2223
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
D: Ky15.11-SK Antibody, light chain
I: Circumsporozoite protein KQPA peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2223
ポリマ－50,2223
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
F: Ky15.11-SK Antibody, light chain
J: Circumsporozoite protein KQPA peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2223
ポリマ－50,2223
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Ky15.11-SK Antibody, heavy chain
H: Ky15.11-SK Antibody, light chain
K: Circumsporozoite protein KQPA peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2223
ポリマ－50,2223
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.392, 60.485, 184.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.380, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 40 or resid 44...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 1 through 12 or (resid 13...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 1 through 12 or (resid 13...
d_4ens_1(chain "G" and (resid 1 through 12 or (resid 13...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 40 or resid 44...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 40 or resid 44...
d_3ens_2(chain "F" and (resid 1 through 40 or resid 44...
d_4ens_2(chain "H" and (resid 1 through 40 or resid 44...
d_1ens_3(chain "I" and resid 10 through 15)
d_2ens_3(chain "J" and resid 10 through 15)
d_3ens_3(chain "K" and resid 10 through 15)
d_4ens_3(chain "O" and resid 10 through 15)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNTHRA1 - 40
d_12ens_1GLYTRPA44 - 52
d_13ens_1TYRASNA60 - 74
d_14ens_1LEUALAA79 - 99
d_15ens_1SERGLUA136 - 164
d_16ens_1VALLYSA168 - 222
d_17ens_1VALLYSA227 - 230
d_21ens_1GLNTHRC1 - 40
d_22ens_1GLYTRPC44 - 52
d_23ens_1TYRASNC60 - 74
d_24ens_1LEUALAC79 - 99
d_25ens_1SERGLUC136 - 164
d_26ens_1VALLYSC168 - 222
d_27ens_1VALLYSC227 - 230
d_31ens_1GLNTHRE1 - 40
d_32ens_1GLYTRPE44 - 52
d_33ens_1TYRASNE60 - 74
d_34ens_1LEUALAE79 - 99
d_35ens_1SERGLUE136 - 164
d_36ens_1VALLYSE168 - 222
d_37ens_1VALLYSE227 - 230
d_41ens_1GLNTHRG1 - 40
d_42ens_1GLYTRPG44 - 52
d_43ens_1TYRASNG60 - 74
d_44ens_1LEUALAG79 - 99
d_45ens_1SERGLUG136 - 164
d_46ens_1VALLYSG168 - 222
d_47ens_1VALLYSG227 - 230
d_11ens_2ASPPROB1 - 40
d_12ens_2PROSERB44 - 52
d_13ens_2PROSERB59 - 65
d_14ens_2THRTHRB74
d_15ens_2LEUPROB78 - 140
d_16ens_2ALALYSB143 - 148
d_17ens_2SERTYRB158 - 185
d_18ens_2LYSVALB189 - 195
d_19ens_2THRARGB205 - 210
d_21ens_2ASPPROD1 - 40
d_22ens_2PROSERD44 - 52
d_23ens_2PROSERD59 - 65
d_24ens_2THRTHRD69
d_25ens_2LEULEUD73
d_26ens_2GLNPROD79 - 140
d_27ens_2ALALYSD143 - 148
d_28ens_2SERTYRD158 - 185
d_29ens_2LYSTHRD189 - 196
d_210ens_2LYSARGD206 - 210
d_31ens_2ASPPROF1 - 40
d_32ens_2PROSERF44 - 52
d_33ens_2PROSERF59 - 65
d_34ens_2THRTHRF69
d_35ens_2LEULEUF73
d_36ens_2GLNPROF79 - 140
d_37ens_2ALALYSF143 - 148
d_38ens_2SERTYRF158 - 185
d_39ens_2LYSTHRF189 - 196
d_310ens_2LYSARGF206 - 210
d_41ens_2ASPPROH1 - 40
d_42ens_2PROSERH44 - 52
d_43ens_2PROSERH59 - 65
d_44ens_2THRTHRH69
d_45ens_2LEULEUH73
d_46ens_2GLNPROH79 - 140
d_47ens_2ALALYSH143 - 148
d_48ens_2SERTYRH158 - 185
d_49ens_2LYSTHRH189 - 196
d_410ens_2LYSARGH206 - 210
d_11ens_3PROASNJ3 - 8
d_21ens_3PROASNK4 - 9
d_31ens_3PROASNL4 - 9
d_41ens_3PROASNI2 - 7

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99957960692, 0.0106655555673, -0.0269602550849), (0.0105926950418, 0.999939851731, 0.00284389395527), (0.0269889651812, 0.00255711664156, -0.999632460914)46.8181304029, 30.053399754, -4.83035638508
2given(-0.999948973348, -0.00945012093769, 0.00357014213937), (0.00938422779592, -0.999793165252, -0.0180433639897), (0.00373991568174, -0.0180089402702, 0.999830831241)33.7207774881, -71.6699341733, 90.5628064664
3given(0.99979366295, -0.00438077687146, 0.0198353300561), (-0.0040494767383, -0.999852144523, -0.0167119965968), (0.019905608822, 0.0166282255851, -0.999663577836)-12.283794844, -41.1751460595, 87.5745425134
4given(-0.999508997201, 0.0015905381165, -0.0312927260446), (0.00148231865137, 0.999992842001, 0.00348118928705), (0.0312980390156, 0.0034330942219, -0.9995042004)46.3614097235, 30.2454710871, -4.77240733574
5given(-0.999922409062, -0.010504677329, -0.00669534233005), (0.0106652767637, -0.999644887428, -0.0244202970955), (-0.00643643738855, -0.0244898099808, 0.999679359335)33.5641757288, -71.5698703117, 90.1924625943
6given(0.999626841821, 0.00353442604415, 0.0270866192866), (0.00408869596919, -0.999782825565, -0.0204348787798), (0.0270085111976, 0.0205380022887, -0.999424199619)-11.8862220618, -41.2964969057, 87.8438832608
7given(0.998504186997, -0.0326562298701, -0.0438515586985), (-0.0310195130917, -0.998815078447, 0.0374997183144), (-0.0450241974628, -0.036083371749, -0.998334018215)-12.4235270644, -40.7394614506, 87.303380481
8given(-0.999867669249, 0.0156334357285, -0.0044988528493), (-0.0158375095602, -0.998643048383, 0.0496108376072), (-0.00371716028248, 0.0496755231929, 0.998758491886)34.9015533328, -11.4117332304, 93.3031746273
9given(-0.998124782225, 0.0177345728391, 0.058586722342), (0.017994256795, 0.999830453374, 0.00390784180338), (-0.0585074852558, 0.00495473827557, -0.998274673994)45.600084565, -30.8867157415, -2.6285758315

-
要素

#1: 抗体
Ky15.11-SK Antibody, heavy chain


分子量: 25210.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Ky15.11-SK Antibody, light chain


分子量: 23462.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
Circumsporozoite protein KQPA peptide / CS / PfCSP


分子量: 1549.577 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P19597
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 46810 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 49.67 Å2 / CC1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Num. unique obs: 2271 / CC1/2: 0.433

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→39.65 Å / SU ML: 0.4522 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.8923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2743 1995 4.27 %
Rwork0.2483 44766 -
obs0.2495 46761 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13766 0 0 0 13766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002214100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.531419173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04262130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00492449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.61645013
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.438665013622
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.478936957043
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.442492564388
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.80085850267
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.79749605057
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.82874249621
ens_3d_2JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.303132027066
ens_3d_3JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.274629335222
ens_3d_4JX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.247192728116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.42791400.35163149X-RAY DIFFRACTION99.64
2.97-3.050.36721410.3393168X-RAY DIFFRACTION99.67
3.05-3.140.37591420.3193176X-RAY DIFFRACTION99.82
3.14-3.240.37941420.2933158X-RAY DIFFRACTION99.85
3.24-3.360.31821410.30093185X-RAY DIFFRACTION99.82
3.36-3.490.32221400.26363150X-RAY DIFFRACTION99.76
3.49-3.650.28791440.2623196X-RAY DIFFRACTION99.32
3.65-3.850.29361400.25613182X-RAY DIFFRACTION99.82
3.85-4.090.2521420.23023190X-RAY DIFFRACTION99.85
4.09-4.40.2571430.19893201X-RAY DIFFRACTION99.94
4.4-4.840.17851420.19033203X-RAY DIFFRACTION99.85
4.84-5.540.23211460.20623237X-RAY DIFFRACTION99.47
5.54-6.980.26641430.25583225X-RAY DIFFRACTION99.56
6.98-39.650.22021490.2393346X-RAY DIFFRACTION99.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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