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- PDB-8fb4: Structure of an alternating AT 16-mer bound by diamidine DB1476: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fb4
タイトルStructure of an alternating AT 16-mer bound by diamidine DB1476: 5'-GCTGGATATATCCAGC-3
要素DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
キーワードDNA / AT sequence / Minor groove
機能・相同性Chem-WFB / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Terrell, J.R. / Ogbonna, E.N. / Wilson, W.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111749 米国
引用ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023
タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences.
著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,00520
ポリマ－14,6953
非ポリマー1,31017
水2,684149
1
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,14620
ポリマ－9,7962
非ポリマー1,35018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
2
B: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,43110
ポリマ－9,7962
非ポリマー6358
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.730, 38.730, 160.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

WFB

21A-224-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 2 through 17)
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1(chain "C" and resid 2 through 17)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-ID
d_11ens_1DGDCA
d_21ens_1DGDCC
d_31ens_1DGDCD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999347244868, -0.00502407818672, 0.0357748908187), (-0.00504387235875, -0.999987172378, 0.000463067952279), (0.0357721054223, -0.000643209665234, -0.999359766428)0.0463000013206, -21.8340822375, 0.168247710237
2given(-0.483794905795, 0.874362824341, -0.0378436327231), (-0.874976919398, -0.484164153126, -0.000680697849893), (-0.0189177072831, 0.0327829870267, 0.999283441328)0.0143947218917, -21.7797955559, 0.21426608768

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#2: 化合物 ChemComp-WFB / 4,4'-(1H-benzimidazole-2,6-diyl)di(benzene-1-carboximidamide)


分子量: 354.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 1 mM DNA duplex with 3 mM DB1976 annealed in 7.5 mM HEPES, pH=6.6 mixed at a 1:1 ratio with well solution containing 10 mM HEPES, pH=8.6, 600 mM CaCl2, 38% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射モノクロメーター: Horizontal double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→28.41 Å / Num. obs: 23742 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.63 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01058 / Rpim(I) all: 0.01058 / Rrim(I) all: 0.01497 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.49→1.544 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1428 / Mean I/σ(I) obs: 5.06 / Num. unique obs: 2299 / CC1/2: 0.966 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.1428 / Rrim(I) all: 0.202 / % possible all: 99.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→28.41 Å / SU ML: 0.231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7409
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 1998 8.45 %
Rwork0.2579 21649 -
obs0.2609 23647 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→28.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 975 69 149 1193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01151152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5311766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0739189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.7776520
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.168844542952
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.140322955725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.530.39861380.35871502X-RAY DIFFRACTION98.97
1.53-1.570.37231350.30641488X-RAY DIFFRACTION99.27
1.57-1.610.30441340.26981543X-RAY DIFFRACTION99.05
1.62-1.670.29431400.23971475X-RAY DIFFRACTION97.94
1.67-1.730.2671390.24641499X-RAY DIFFRACTION98.14
1.73-1.80.23251410.22211523X-RAY DIFFRACTION98.75
1.8-1.880.29691420.25041520X-RAY DIFFRACTION99.58
1.88-1.980.31631490.24781555X-RAY DIFFRACTION99.71
1.98-2.10.30021420.25811543X-RAY DIFFRACTION99.94
2.1-2.260.26411390.25541561X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.490.26681470.27511549X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.850.3281460.24771590X-RAY DIFFRACTION99.94
2.85-3.590.28131470.25241592X-RAY DIFFRACTION98.81
3.59-28.410.30061590.26261709X-RAY DIFFRACTION99.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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