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- PDB-8fb3: PreQ1-1 (type-1) riboswitch with stacked metabolites and a C10-G3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fb3
タイトルPreQ1-1 (type-1) riboswitch with stacked metabolites and a C10-G34 base pair in the expression platform
要素RNA (34-MER) Riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / Shine-Dalgarno sequence / pseudoknot / A-amino kissing motif / quintuple-base transition motif
機能・相同性7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Carnobacterium antarcticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / Schroeder, G.M. / Jenkins, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM063162 米国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: A riboswitch separated from its ribosome-binding site still regulates translation.
著者: Schroeder, G.M. / Akinyemi, O. / Malik, J. / Focht, C.M. / Pritchett, E.M. / Baker, C.D. / McSally, J.P. / Jenkins, J.L. / Mathews, D.H. / Wedekind, J.E.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A small RNA that cooperatively senses two stacked metabolites in one pocket for gene control.
著者: Schroeder, G.M. / Cavender, C.E. / Blau, M.E. / Jenkins, J.L. / Mathews, D.H. / Wedekind, J.E.
#2: ジャーナル: Methods Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Isothermal Titration Calorimetry Analysis of a Cooperative Riboswitch Using an Interdependent-Sites Binding Model.
著者: Cavender, C.E. / Schroeder, G.M. / Mathews, D.H. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (34-MER) Riboswitch
B: RNA (34-MER) Riboswitch
C: RNA (34-MER) Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,70012
ポリマ－32,5523
非ポリマー1,1489
水1086
1
A: RNA (34-MER) Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2585
ポリマ－10,8511
非ポリマー4074
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (34-MER) Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2093
ポリマ－10,8511
非ポリマー3582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA (34-MER) Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2334
ポリマ－10,8511
非ポリマー3833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.867, 67.612, 50.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (34-MER) Riboswitch


分子量: 10850.541 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Carnobacterium antarcticum (バクテリア)
#2: 化合物
ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % / 解説: rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M magnesium acetate tetrahydrate, and 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月21日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35.2 Å / Num. obs: 5588 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 871 / Rpim(I) all: 0.339 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX(1.20.1_4487)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→35.16 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.75 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: NCS restraints were applied throughout except for the last cycle of refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 548 10 %random
Rwork0.2245 ---
obs0.2286 5478 97.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 111.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→35.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2071 3 6 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7263576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6851121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.30.34421300.29061174X-RAY DIFFRACTION94
3.3-3.780.2861380.28251233X-RAY DIFFRACTION98
3.78-4.760.24911390.25911247X-RAY DIFFRACTION99
4.76-35.160.2531410.18181276X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.18031.9792-4.47134.8658-3.30464.0670.12410.01621.16281.9731-0.46271.8484-1.9469-0.02270.42741.3792-0.14250.43610.6008-0.03151.4234-19.3574-14.2561-17.1237
21.3827-1.7241.4082.4398-1.8321.46181.65820.14530.08243.1371-1.9859-0.4876-2.06681.2640.81061.1634-0.4495-0.07181.02880.17781.7697-7.1562-0.1712-20.1589
35.92843.35880.33683.9783-0.97825.71750.8656-0.5242.80251.82080.10451.7093-0.0634-1.3016-0.54031.76090.34270.11420.7728-0.0151.5901-16.14874.096-23.2131
47.7281-7.733.44062.05982.88027.52952.10621.47411.11862.8743-3.78291.6219-1.936-3.23660.95681.44970.04860.49981.6235-0.0471.4633-21.2354-7.7871-27.1958
59.4821-0.06373.08872.02672.54321.2994-0.00331.62070.36351.6983-0.3139-2.2036-0.913-0.6785-0.15590.8710.05530.24250.93030.30671.1738-11.0455-15.9547-21.4785
64.8525-3.5159-1.5892.03479.43032.113-0.6955-1.91180.1965.0087-1.21591.33470.45670.13371.88822.1739-0.4067-0.06141.24440.23771.4599-15.5908-18.8555-10.3692
72.15650.6531-4.162.0847-1.0582.02441.6035-1.80440.6481.0885-0.5119-2.0114-1.78411.8059-1.14681.0446-0.0758-0.1861.14650.11611.5474-4.0698-8.7381-19.775
82.03091.68922.03972.00642.02932.0268-0.7494-0.073-3.1617-1.13761.62152.5331-0.05540.2321-0.77631.11880.1851-0.01241.1821-0.2491.66019.09-7.9151-44.5662
92.1706-6.165-4.81259.9111-0.70992.1767-0.6124-2.1372-1.37870.01320.81570.2796-0.73860.88940.14521.05440.32960.02411.20620.00590.92525.54831.0027-31.8321
101.92152.8105-3.33265.5024-2.01617.1508-0.59250.76681.94080.6759-1.57481.8379-0.6206-2.09461.59340.79650.29510.13461.0183-0.20451.3516-4.0387.0909-32.9725
116.0387-2.15293.38652.03314.79527.58-0.56341.0020.83140.1062-0.78932.19032.3674-0.50040.77331.1512-0.03280.06550.8979-0.04581.3103-0.17880.8761-46.0604
128.0615-1.56970.98766.8589-1.212.06930.1665-0.03050.17730.05640.0227-0.85741.17062.2459-0.26451.0110.2028-0.06631.3338-0.11790.769713.4590.9385-41.1713
133.8644-3.7494-0.68712.03490.80126.77460.0407-1.88440.8919-0.3476-0.0659-2.43961.25142.164-0.19550.78860.4297-0.07061.9958-0.08581.176112.3281.6725-31.771
149.7887-2.9508-3.40612.1727-3.54968.19960.5479-0.18253.7469-0.7436-0.43890.009-0.9263-0.49830.46130.83140.0455-0.14780.9236-0.06051.346-0.176310.8983-40.4568
151.43980.76011.64524.5270.03521.94190.5202-0.873-0.2683-0.3497-0.5767-0.19970.41380.14730.44421.46890.48350.36931.3769-0.01591.075811.6546-6.4359-2.4741
162.45591.769-1.00164.39720.40192.9274-0.56541.71730.3688-3.04080.75471.4431-0.15480.457-0.48121.6925-0.191-0.27451.4227-0.0370.797617.58286.8209-14.5117
176.74053.8186-2.59432.0308-0.04954.52120.68940.8242-0.4307-0.2584-0.9273-2.3995-0.07931.33250.03270.9920.03640.00821.1878-0.1221.048227.19287.3038-10.0238
189.79742.78125.20446.42340.42969.36930.40770.3655-0.2557-0.43580.1603-0.69121.56540.0828-0.3351.13320.0544-0.00411.0155-0.12140.92616.41714.1544-0.7891
196.65530.25350.80669.3342-6.22975.6244-0.6497-1.12540.034-0.38852.29441.37852.5008-1.9737-1.66311.29070.0102-0.12621.3543-0.06920.79693.9683-3.6517-6.6284
209.41192.7032-1.82645.94951.97031.9837-0.2894-0.28280.6149-1.9849-2.8614-0.08224.21112.13722.35021.3510.1774-0.54982.5427-0.18120.9788.4569-2.5486-15.459
217.0103-0.47862.15735.30072.16688.235-0.20080.5854-0.8889-1.10750.37680.8572-2.02250.50620.04531.07110.033-0.21770.83990.24171.341519.105812.2662-6.8296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 9 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 10 through 13 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 14 through 17 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 18 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 22 through 26 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 27 through 30 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 4 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 5 through 8 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 9 through 12 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 13 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 17 through 21 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 22 through 30 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 31 through 34 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 4 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 5 through 9 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 10 through 13 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 14 through 19 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 20 through 24 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 25 through 28 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 29 through 34 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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