PDB-8fat: Crystal structure of Ky224 Fab in complex with circumsporozoite p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fat

タイトル

Crystal structure of Ky224 Fab in complex with circumsporozoite protein NPDP peptide

要素

Circumsporozoite protein NPDP peptide
Ky224 Antibody, heavy chain
Ky224 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Kassardjian, A. / Thai, E. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fat.cif.gz	415 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fat.ent.gz	285.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fat.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fat_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fat_full_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示
XML形式データ	8fat_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	8fat_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fat	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC 6o25S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ky224 Antibody, heavy chain

B: Ky224 Antibody, light chain

C: Ky224 Antibody, heavy chain

D: Ky224 Antibody, light chain

E: Circumsporozoite protein NPDP peptide

F: Circumsporozoite protein NPDP peptide

98.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ky224 Antibody, heavy chain

B: Ky224 Antibody, light chain

E: Circumsporozoite protein NPDP peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ky224 Antibody, heavy chain

D: Ky224 Antibody, light chain

F: Circumsporozoite protein NPDP peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.515, 115.262, 120.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	Ky224 Antibody, heavy chain 分子量: 23295.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky224 Antibody, light chain 分子量: 24114.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein NPDP peptide / CS 分子量: 1659.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 19561 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.34 Å² / CC_1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.95→3 Å / Num. unique obs: 929 / CC_1/2: 0.569

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6O25

6o25

解像度: 2.95→37.9 Å / SU ML: 0.4065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2743	978	5.01 %
R_work	0.224	18529	-
obs	0.2265	19507	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→37.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6744	0	0	0	6744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5086	9396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0435	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3277	2465

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.11	0.3779	139	0.3341	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.11-3.3	0.3183	134	0.2816	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.3-3.55	0.3561	138	0.2539	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.55-3.91	0.2943	137	0.2358	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.91-4.48	0.2672	137	0.1964	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.48-5.64	0.2001	144	0.1771	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.64-37.9	0.2533	149	0.2135	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.959056581978	-1.19727144956	-0.852205873573	2.73755574209	1.0554489448	1.79220483482	-0.0286193338869	0.343235409921	-0.202429629935	-0.178629699081	-0.198519320973	0.366579333379	0.0373055631807	-0.444898020875	0.194137046806	0.255556968275	0.000362109301232	0.00553689915372	0.582946169468	-0.124487311123	0.364501999183	-27.102	15.431	-22.298
2	2.37740432254	1.56163931648	-0.565149883013	3.76342016607	-0.0444858066983	2.97704989924	-0.0493667787695	-0.0672066940622	-0.333141046074	-0.0167768834675	0.0539220429397	0.706514641253	0.221538872616	-0.313074299616	0.0422713326637	0.61457219611	-0.127056439335	0.19252235311	0.432249121173	-0.0719916818734	0.759928074635	-30.051	-13.331	-12.123
3	2.27102864984	-0.208462625518	0.00095120556619	3.97528971069	-1.83366144123	2.73558416876	-0.0819327241606	-0.169991451803	-0.280382186379	0.220268230904	0.126244987273	-0.0425020559253	0.0962812618165	-0.0257317773119	-0.0624564341101	0.360779507718	0.00659078180504	0.0601343266421	0.448149559612	-0.0191685675982	0.241162627026	-24.998	19.973	-0.639
4	2.42145255607	-1.30297266381	-0.614002362037	5.09998027484	3.06904231979	1.85823746227	0.0826653086486	0.108221413429	-0.777917402325	-0.232761743704	-0.159141946932	-0.301633619974	0.283657760964	0.0868971880506	0.0498919162918	0.680162056084	-0.00519711831529	0.137565080083	0.467786624426	0.119800477637	0.722825675291	-20.078	-17.851	-0.282
5	1.4031841477	-1.35057881342	-0.378366792805	1.38165278279	-0.130174358962	3.11152221094	-0.0428628649164	-0.111379569795	0.182841109408	-0.123191007417	0.349004154917	-0.385018248701	0.237230738944	0.60288850804	-0.336356165709	0.308686444296	-0.0125840107085	-0.00684053682072	0.58972529661	-0.185288146772	0.391527855188	4.544	14.865	-24.504
6	4.48242509594	-1.62543159956	-0.684078279819	4.43606886442	0.538280649458	0.169267994205	0.168357414159	-0.482077633599	-0.350855615512	0.00858499112728	-0.16076747694	0.0338579049836	0.0091351239551	0.0561281872296	0.0311396554831	0.419249072472	0.0431718430953	-0.110276581774	0.428463621826	0.031767078956	0.20017117766	9.758	3.62	3.806
7	2.2771012905	1.10729627265	0.676819471958	4.30221725888	-1.44126103933	2.52882089622	-0.0198929975134	0.0723723376328	-0.254211966468	0.373271781675	0.214098779491	-0.314317671574	0.776927699217	0.438430008145	-0.148980749094	0.602051822726	0.228086081061	-0.120225889931	0.606651784115	-0.217824481301	0.386803594533	3.343	-7.288	-28.488
8	2.81303314202	-1.44436124271	-1.30966364023	4.90604825004	3.27763034279	7.86102194812	0.0561087556841	-0.189588023497	-0.491988301925	-0.0352805363659	-0.151711077444	0.805373117168	0.242485050328	0.165574684373	0.134087288726	0.511050377626	-0.0204989253228	-0.0875238517309	0.312067483294	0.0493475052635	0.519705855835	-0.824	-6.586	9.368
9	4.777401574	2.50301645411	3.96796382138	5.67568646697	3.99356851912	4.13551307576	-0.0112097157224	0.450951239807	0.552888262269	-0.211493001526	-0.269727673166	1.14300008003	-1.23382092589	-0.823774369043	0.401870468679	0.414690412313	0.012289813111	0.0283788516419	0.846040941729	-0.000221027809094	0.375929407863	-31.282	33.196	-17.802
10	2.58978929547	-1.3071640501	-2.19669632137	2.64533905992	0.520930558446	5.39077132667	0.0170107961231	1.26461566705	-0.542487411597	-0.384603671528	0.107409673407	-0.543362234536	-0.0404522038398	-0.190020610838	0.459599027024	0.282014748948	0.0194935795154	0.120151754621	0.802536870026	-0.177566212527	0.763447666603	6.851	9.927	-41.756

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:113 )	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 114:215 )	A	114 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 1:107 )	B	1 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 108:212 )	B	108 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 1:113 )	C	1 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 114:213 )	C	114 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 1:107 )	D	1 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 108:212 )	D	108 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 5:16 )	E	5 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN F AND RESID 3:16 )	F	3 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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