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万見
- PDB-8fak: DNA replication fork binding triggers structural changes in the P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fak
タイトルDNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
  • Primosomal protein N'
  • Primosomal replication protein N
キーワードHELICASE/DNA / PriA / PriB / replication restart / E. coli / HELICASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA replication initiation ...pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA replication initiation / response to gamma radiation / helicase activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / : / : / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain ...Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / : / : / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N'-like, winged helix / Primosomal replication protein PriB / Another single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication restart protein PriB / Replication restart protein PriA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Duckworth, A.T. / Ducos, P.L. / McMillan, S.D. / Satyshur, K.A. / Blumenthal, K.H. / Deorio, H.R. / Larson, J.A. / Sandler, S.J. / Grant, T. / Keck, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098885 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Replication fork binding triggers structural changes in the PriA helicase that govern DNA replication restart in E. coli.
著者: Alexander T Duckworth / Peter L Ducos / Sarah D McMillan / Kenneth A Satyshur / Katelien H Blumenthal / Haley R Deorio / Joseph A Larson / Steven J Sandler / Timothy Grant / James L Keck /
要旨: Bacterial replisomes often dissociate from replication forks before chromosomal replication is complete. To avoid the lethal consequences of such situations, bacteria have evolved replication restart ...Bacterial replisomes often dissociate from replication forks before chromosomal replication is complete. To avoid the lethal consequences of such situations, bacteria have evolved replication restart pathways that reload replisomes onto prematurely terminated replication forks. To understand how the primary replication restart pathway in E. coli (PriA-PriB) selectively acts on replication forks, we determined the cryogenic-electron microscopy structure of a PriA/PriB/replication fork complex. Replication fork specificity arises from extensive PriA interactions with each arm of the branched DNA. These interactions reshape the PriA protein to create a pore encircling single-stranded lagging-strand DNA while also exposing a surface of PriA onto which PriB docks. Together with supporting biochemical and genetic studies, the structure reveals a switch-like mechanism for replication restart initiation in which restructuring of PriA directly couples replication fork recognition to PriA/PriB complex formation to ensure robust and high-fidelity replication re-initiation.
履歴
登録2022年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primosomal replication protein N
B: Primosomal replication protein N
G: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*G)-3')
H: Primosomal protein N'
J: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9908
ポリマ－133,8596
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABH

#1: タンパク質 Primosomal replication protein N / PriB


分子量: 11459.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: priB, b4201, JW4159 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07013
#3: タンパク質 Primosomal protein N' / ATP-dependent helicase PriA / Replication factor Y


分子量: 81765.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: priA, b3935, JW3906 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P17888, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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DNA鎖 , 3種, 3分子 GJZ

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*CP*G)-3')


分子量: 12206.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 12399.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量: 4567.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of PriA, PriB, and replication fork / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.134 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数実像数検出モード
11100GATAN K3 (6k x 4k)11600
2160FEI FALCON III (4k x 4k)11200INTEGRATING

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cisTEM2.0.0粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cisTEM2.0.0CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cisTEM2.0.0初期オイラー角割当
10cisTEM2.0.0最終オイラー角割当
12cisTEM2.0.0３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: Processing was performed in the same way for K3 and Falcon 3 data.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1500000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190000 / 詳細: Highest resolution used in refinement was 4.4A / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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