PDB-8faf: Unedited Octopus bimaculoides Synaptotagmin 1 C2A at room temperature

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8faf

タイトル

Unedited Octopus bimaculoides Synaptotagmin 1 C2A at room temperature

要素

Synaptotagmin

キーワード

EXOCYTOSIS / synaptotagmin 1 / C2 domain / RNA-editing

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / dense core granule / calcium-dependent phospholipid binding / clathrin binding / phosphatidylserine binding / synaptic vesicle endocytosis / SNARE binding / synaptic vesicle membrane / axon / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Octopus bimaculoides (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

McNeme, S. / Dominguez, M.J. / Birk, M.A. / Rosenthal, J.C. / Sutton, R.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Temperature-dependent RNA editing in octopus extensively recodes the neural proteome.
著者: Birk, M.A. / Liscovitch-Brauer, N. / Dominguez, M.J. / McNeme, S. / Yue, Y. / Hoff, J.D. / Twersky, I. / Verhey, K.J. / Sutton, R.B. / Eisenberg, E. / Rosenthal, J.J.C.

履歴

登録	2022年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8faf.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8faf.ent.gz	68.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8faf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8faf_validation.pdf.gz	415.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8faf_full_validation.pdf.gz	416.6 KB	表示
XML形式データ	8faf_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	8faf_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8faf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8famC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Synaptotagmin

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.728, 54.940, 84.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Synaptotagmin 分子量: 15592.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Octopus bimaculoides (無脊椎動物) 遺伝子: OCBIM_22021175mg / プラスミド: p202 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8IHK9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 23% PEG 3350, 100 mM CHES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.07 Å / Num. obs: 20317 / % possible obs: 82.99 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.6201 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2009 / CC_1/2: 0.632 / CC star: 0.88 / % possible all: 41.26

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20,1-4487-000	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→42.07 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	1155	10 %
R_work	0.1807	-	-
obs	0.185	11549	96.12 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1035	0	0	32	1067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.809
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.425	139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	188

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4934	0.3414	0.6019	3.1904	3.2975	4.4139	-0.0432	-0.0431	0.1063	-0.0084	-0.0172	0.0021	-0.2412	-0.1688	0.0117	0.2794	0.0285	0.027	0.2456	0.0037	0.2619	-0.3367	8.8237	14.2366
2	3.6031	-0.6496	-0.1276	4.9126	1.5507	5.3231	0.0528	0.3123	-0.1643	0.0086	0.0321	-0.1133	0.1461	0.1181	-0.1161	0.1906	0.0015	0.0093	0.2758	-0.0188	0.2696	1.5649	-5.1022	3.3605
3	7.191	1.4674	-2.4391	5.1075	0.3921	1.0088	-0.5369	-1.4382	-1.4706	1.7315	-0.0645	-1.3212	0.9236	0.6735	0.4747	0.7566	0.0686	-0.0299	0.6324	0.2098	0.6645	2.6001	-4.3145	20.9086
4	1.8777	-0.0857	0.5846	6.0756	3.8757	6.5647	-0.0893	-0.0635	-0.0069	0.4494	-0.3419	0.7708	0.3748	-0.3184	0.3403	0.2126	0.005	0.0516	0.2976	-0.0001	0.3287	-5.1789	0.5076	10.8802
5	4.5962	-3.141	-1.8598	5.8464	4.2628	7.3381	0.4293	-0.2894	0.1202	1.3987	0.7993	-0.8538	1.1161	0.5165	-0.3712	0.5539	0.1058	-0.2929	0.6303	-0.1333	0.672	9.4209	8.0923	26.7469
6	2.625	-1.4152	-0.7443	4.5969	1.3454	3.1039	-0.0144	-0.2692	-0.033	-0.0256	0.17	-0.5644	-0.0886	0.2392	-0.2032	0.1844	0.0108	-0.015	0.2968	-0.0022	0.2735	4.7366	-4.3429	9.1224
7	2.3049	-0.0547	-1.5256	3.618	3.0964	6.8081	-0.0613	-0.3558	0.0408	0.0693	0.393	-0.7574	-0.3596	0.6969	-0.3434	0.4023	-0.0905	0.0677	0.4173	-0.0262	0.4705	6.6757	8.2251	9.6573

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 84 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 85 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 119 through 136 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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