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Yorodumi- PDB-8fam: Edited Octopus bimaculoides Synaptotagmin 1 C2A (I248V) at room t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fam | ||||||
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Title | Edited Octopus bimaculoides Synaptotagmin 1 C2A (I248V) at room temperature | ||||||
Components | Synaptotagmin | ||||||
Keywords | EXOCYTOSIS / synaptotagmin 1 / C2 domain / RNA-edited / ADAR | ||||||
Function / homology | Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / membrane / C2 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Octopus bimaculoides (California two-spot octopus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | McNeme, S. / Dominguez, M.J. / Birk, M.A. / Rosenthal, J.J. / Sutton, R.B. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2023 Title: Temperature-dependent RNA editing in octopus extensively recodes the neural proteome. Authors: Birk, M.A. / Liscovitch-Brauer, N. / Dominguez, M.J. / McNeme, S. / Yue, Y. / Hoff, J.D. / Twersky, I. / Verhey, K.J. / Sutton, R.B. / Eisenberg, E. / Rosenthal, J.J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8fam.cif.gz | 168.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8fam.ent.gz | 137.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8fam.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8fam_validation.pdf.gz | 434.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8fam_full_validation.pdf.gz | 436.8 KB | Display | |
Data in XML | 8fam_validation.xml.gz | 13.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8fam_validation.cif.gz | 18.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fam | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8fafC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15064.163 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: I248V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Octopus bimaculoides (California two-spot octopus) Gene: OCBIM_22021175mg / Plasmid: p202 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0L8IHK9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 / Details: 23% PEG 3350, 100 mM CHES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: RIGAKU MICROMAX-003 / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 35320 / % possible obs: 83.6 % / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 0.062 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 64770 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95→41.51 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / Phase error: 23.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→41.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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