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- PDB-8fa9: Crystal structure of Ky15.5 Fab in complex with circumsporozoite ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fa9
タイトルCrystal structure of Ky15.5 Fab in complex with circumsporozoite protein NPDP peptide
要素
  • Circumsporozoite protein NPDP peptide
  • Ky15.5 Antibody, heavy chain
  • Ky15.5 Antibody, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Thai, E. / Prieto, K. / Julien, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1179906 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, R.H.C. / Bolscher, J.M. / de Bruijni, M.H.C. / Sauerwein, R. / Dennison, S.M. / Tomaras, G.D. / Zavala, F. / Kellam, P. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
履歴
登録2022年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Ky15.5 Antibody, heavy chain
L: Ky15.5 Antibody, light chain
P: Circumsporozoite protein NPDP peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6053
ポリマ－49,6053
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.852, 87.786, 71.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.283, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 Ky15.5 Antibody, heavy chain


分子量: 24501.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Ky15.5 Antibody, light chain


分子量: 23444.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein NPDP peptide / CS


分子量: 1659.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P08307
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M tri-lithium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 18410 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 46.11 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / Num. unique obs: 894 / CC1/2: 0.571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4080精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→28.14 Å / SU ML: 0.338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.607
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 920 5 %
Rwork0.1867 17488 -
obs0.188 18408 92.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→28.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3411 0 0 47 3458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59724909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.85771311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.580.35761340.32162568X-RAY DIFFRACTION95.41
2.58-2.740.32591350.28022555X-RAY DIFFRACTION95.46
2.74-2.950.29971330.25642520X-RAY DIFFRACTION94.38
2.95-3.250.24941330.22322538X-RAY DIFFRACTION93.46
3.25-3.720.18181300.17142465X-RAY DIFFRACTION91.31
3.72-4.680.16081260.13292396X-RAY DIFFRACTION88.74
4.68-28.140.17571290.15842446X-RAY DIFFRACTION88.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81326419678-0.9159463031641.302869235761.26901035635-0.6065201728221.531474020230.07549914702620.07482546220150.04717690180230.0238012804624-0.0334235608315-0.1123969801630.04948066076290.128597293281-0.03014903699340.343908588796-0.016280629270.01255053762390.247645654803-0.01269665611220.299004882329-10.897-2.96261.065
24.449403935341.50260592421-0.1758558725452.28623418493-0.5349926899132.09488886213-0.1498875379240.2393183297760.1889665486310.0290874146190.03623362851380.126173114258-0.130069887942-0.0698706651140.1027272612850.4300422633920.0459150135412-0.01779332102490.368841629970.0199694230990.327522529294-40.781-2.8643.064
32.184144969561.769513144141.682481445883.046424539250.6937788328282.68275429861-0.0365151121527-0.0331294791515-0.052068286378-0.1484106864280.0305055088330.02768340846020.08787911984740.006692482102210.008548936042090.3113551394820.04537810905810.008260068437850.287652722012-0.001077435366060.313251853672-10.698-23.48953.787
41.784185310040.1212686469380.6471724152484.96559352162-2.005620141242.93372233982-0.01731461291050.3393465606410.0611894078545-0.01195655347960.00357546900098-0.11525802736-0.171528710270.188039081222-0.02258422188060.403306261874-0.0230725555865-0.01795330195090.513427077547-0.009564529760760.305633108464-33.73-9.79630.509
56.885150390040.194601381211-3.596369339726.321450632160.6795038617532.11409084351-0.075280416543-0.36294275627-0.723124811630.390531877443-0.381581640556-0.5795568486950.05987150643581.336494636440.4722981505950.3152578047130.0374593412181-0.04344975400950.4361043984410.001607263864290.3657738891493.493-12.02869.3
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:125 )H1 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 126:214 )H126 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN L AND RESID 1:106 )L1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 107:212 )L107 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN P AND RESID 2:12 )P2 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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