PDB-8fa6: Crystal structure of Ky15.10 Fab in complex with circumsporozoite...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fa6

タイトル

Crystal structure of Ky15.10 Fab in complex with circumsporozoite protein DND peptide

要素

Circumsporozoite protein DND peptide
Ky15.10 Antibody, heavy chain
Ky15.10 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Thai, E. / Prieto, K. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fa6.cif.gz	424.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fa6.ent.gz	291.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fa6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fa6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/8fa6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ky15.10 Antibody, heavy chain

L: Ky15.10 Antibody, light chain

A: Ky15.10 Antibody, heavy chain

B: Ky15.10 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein DND peptide

Q: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

99.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ky15.10 Antibody, heavy chain

L: Ky15.10 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Ky15.10 Antibody, heavy chain

B: Ky15.10 Antibody, light chain

Q: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.549, 61.905, 82.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.490, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- HOH

#1: 抗体	Ky15.10 Antibody, heavy chain 分子量: 24547.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky15.10 Antibody, light chain 分子量: 23534.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein DND peptide / CS 分子量: 1265.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 29115 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 56.77 Å² / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 1273 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4080	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→29.38 Å / SU ML: 0.345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6815
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2406	1456	5 %
R_work	0.2035	27656	-
obs	0.2053	29112	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6822	0	32	61	6915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	7010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5545	9528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0147	2474

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.69	0.3409	143	0.2909	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.69-2.8	0.3446	145	0.2839	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.8-2.93	0.2868	144	0.2738	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.93-3.08	0.2858	145	0.2541	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.08-3.27	0.2978	145	0.2308	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.28-3.53	0.2599	144	0.2251	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.53-3.88	0.219	146	0.193	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.88-4.44	0.2134	146	0.174	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.44-5.59	0.1913	147	0.1575	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.73
5.59-29.38	0.2302	151	0.1973	2865	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.953056273144	-0.676095637504	-1.61672001941	1.95270820689	2.03416696902	4.36030375988	-0.0606688880563	0.113645362676	-0.0855232527858	0.219298259442	-0.0763866247681	0.121688336559	-0.0309875883357	-0.110869130627	0.135047204398	0.35650810328	-0.054713037582	0.0494987881876	0.439570440806	0.0316030938056	0.397317780227	20.12	12.048	41.532
2	6.41967798088	-2.26498185104	-0.99431890182	4.04266329119	1.35080334155	3.52767322014	0.0968499150591	0.161841584371	-0.451055614823	-0.262269597711	0.0301499079357	-0.0518306934314	0.382753358898	0.0304222547134	-0.0861248810189	0.401952384563	-0.0506810175841	0.0140016309209	0.401081752062	0.0177267082727	0.291099396513	35.948	1.238	12.149
3	5.62096643921	-1.23007421751	-1.16462323767	1.78414783963	0.384500047843	3.23840502818	-0.179715806403	0.0244399013436	0.41373688846	0.122475748563	0.140021758943	-0.328609633939	0.049678989809	0.287310152729	0.0244339699026	0.448560289239	0.0179676406702	-0.0794093541321	0.375846394938	-0.0290250734397	0.361182643078	40.743	17.359	46.226
4	3.26681930918	-0.693189746849	1.96012064525	1.68654320175	-1.59977463182	4.38154200503	-0.0349491590623	0.233678301588	0.090775146768	-0.132464122896	-0.0235180580326	-0.148133641581	0.0647264882411	0.155347310493	0.103853544411	0.329109814677	-0.0126431829167	0.100734212801	0.385295192012	-0.0047431690452	0.372379997473	42.455	15.013	10.495
5	2.48203507643	-0.15203855259	-0.773441855662	2.31472682523	1.89847264081	3.40508471729	-0.0391433573212	0.335637449116	-0.653908455619	-0.191382347215	-0.508116774733	0.311957043059	0.155776335579	-1.04861936434	0.457689768595	0.386188820406	-0.00742172260459	-0.0274293726947	0.779865272363	-0.145462324298	0.685168944737	7.221	8.366	-11.459
6	3.03800199874	0.847999240434	0.567825237264	5.29296320553	1.10290516425	2.11666861744	-0.100687575064	-0.674609227938	0.893273179537	-0.17886585161	-0.335222939875	0.995261208646	-0.529428099391	-0.656923168168	0.485140588874	0.556796735731	0.193543159118	-0.138940843321	0.74651257695	-0.214798586445	0.713199618941	10.826	37.035	8.959
7	4.46087333844	-0.329307162754	0.681333027848	6.22579480557	0.336671814613	3.57909804873	-0.0976581749766	0.554115247631	-0.0125637649827	-0.649178886364	-0.449046835128	0.546782909146	-0.811762976749	-0.379496372801	0.55892610784	0.657714102193	0.219085020134	-0.0664058734342	0.755920597672	-0.11500010032	0.388048044141	15.357	22.296	-26.06
8	3.27834215334	0.349886535861	3.06883120625	2.14625214958	0.95396120458	5.54244633785	-0.29417498835	-0.124385217488	0.514463654887	-0.474544578668	-0.295650547441	-0.027693765359	-0.875305767489	-0.0366276280511	0.52926521499	0.6295288945	0.0233916650352	-0.0557441883546	0.278130170802	-0.041635352665	0.436452161213	25.705	38.548	4.217
9	4.92556735527	-4.16095586574	1.96962751485	8.28119534669	-1.48210018207	4.23680326373	-0.604437235246	-0.642858113159	0.288519513017	-0.213858488908	0.904258518967	-0.160703387353	0.0469941707602	-0.497004541523	-0.339121675463	0.577030691232	-0.00757586778022	0.1196633043	0.499734394296	-0.0326263482398	0.441582782068	20.881	19.175	57.563
10	4.47363631513	0.195697212119	-4.09239922582	2.46820002489	2.43967459925	6.70990376588	-0.336451369681	-0.425731540737	-1.57530506839	-1.64388194213	-0.326781187806	0.286991155442	-0.258792785661	-0.467032504123	0.574365292416	0.427161216202	-0.0167636963818	-0.0332008006063	0.781641438265	-0.180902043271	0.989409374915	8.473	1.444	-26.931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:125 )	H	1 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 126:216 )	H	126 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:106 )	L	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 107:213 )	L	107 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 1:125 )	A	1 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 126:216 )	A	126 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:106 )	B	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 107:213 )	B	107 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN P AND RESID 2:10 )	P	2 - 10
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN Q AND RESID 3:9 )	Q	3 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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