PDB-8f9w: Crystal structure of Ky15.8 Fab in complex with circumsporozoite ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f9w

タイトル

Crystal structure of Ky15.8 Fab in complex with circumsporozoite protein NPDP peptide

要素

Circumsporozoite protein NPDP peptide
Ky15.8 Antibody, heavy chain
Ky15.8 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Thai, E. / Prieto, K. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f9w.cif.gz	824.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f9w.ent.gz	571.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f9w_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f9w_full_validation.pdf.gz	511 KB	表示
XML形式データ	8f9w_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	8f9w_validation.cif.gz	82.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

O: Circumsporozoite protein NPDP peptide

A: Ky15.8 Antibody, heavy chain

B: Ky15.8 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein NPDP peptide

C: Ky15.8 Antibody, heavy chain

D: Ky15.8 Antibody, light chain

Q: Circumsporozoite protein NPDP peptide

E: Ky15.8 Antibody, heavy chain

F: Ky15.8 Antibody, light chain

R: Circumsporozoite protein NPDP peptide

G: Ky15.8 Antibody, heavy chain

H: Ky15.8 Antibody, light chain

ヘテロ分子

198 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

O: Circumsporozoite protein NPDP peptide

A: Ky15.8 Antibody, heavy chain

B: Ky15.8 Antibody, light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

P: Circumsporozoite protein NPDP peptide

C: Ky15.8 Antibody, heavy chain

D: Ky15.8 Antibody, light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

Q: Circumsporozoite protein NPDP peptide

E: Ky15.8 Antibody, heavy chain

F: Ky15.8 Antibody, light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

R: Circumsporozoite protein NPDP peptide

G: Ky15.8 Antibody, heavy chain

H: Ky15.8 Antibody, light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.672, 130.851, 101.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.336, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein NPDP peptide / CS 分子量: 1659.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307
#2: 抗体	Ky15.8 Antibody, heavy chain 分子量: 24311.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Ky15.8 Antibody, light chain 分子量: 23387.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 75328 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.17 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / Num. unique obs: 3622 / CC_1/2: 0.695

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4080	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→39.27 Å / SU ML: 0.3438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1889
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	1978	2.63 %
R_work	0.2018	73288	-
obs	0.2028	75266	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13554	0	32	202	13788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	14018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5327	19101
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	2136
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	2438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3117	5022

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3633	137	0.3445	5240	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.46-2.53	0.3128	142	0.2942	5201	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.53-2.6	0.3005	144	0.2941	5212	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.6-2.68	0.3632	147	0.2763	5227	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.68-2.78	0.3269	137	0.2777	5236	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.78-2.89	0.3119	153	0.2604	5223	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.89-3.02	0.2772	139	0.2486	5198	X-RAY DIFFRACTION	98.58
3.02-3.18	0.3028	136	0.2399	5200	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.18-3.38	0.2718	139	0.2263	5246	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.38-3.64	0.2768	143	0.211	5263	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.64-4.01	0.2378	137	0.1853	5255	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.01-4.59	0.1948	139	0.1551	5198	X-RAY DIFFRACTION	98.5
4.59-5.78	0.1815	143	0.146	5263	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.78-39.27	0.1729	142	0.17	5326	X-RAY DIFFRACTION	99.09

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.21728555179	0.309389281819	-0.818766309875	0.855445006161	-0.889707364942	3.23425246701	0.497516688513	-0.240406310734	-0.392192519404	-0.0576095061745	-0.368910205709	-0.539943300178	-1.19453794084	1.34927443099	-0.0598125890399	0.448577856021	-0.164491752978	0.0265572643331	0.615922340238	-0.00715399096499	0.741028859043	1.414	44.62	44.014
2	0.732704628939	0.820232417781	0.328846035596	4.23213035878	1.15554780262	1.28178843025	0.137633883506	0.032070230351	0.21672795492	-0.254298078591	0.0118156368485	0.126944761874	-0.217410359679	0.0766127666206	-0.142180736932	0.352900362869	0.0334291979373	0.0283469805646	0.351574921812	0.0119236543388	0.471120189972	-7.829	31.784	35.551
3	2.82786565204	0.588410787335	-0.596625174346	2.35082902556	-0.536374259553	1.50925198494	0.0214183261867	0.0937899760483	-0.0564867031353	-0.0852144803892	0.0421772608693	0.2917671474	-0.10939905379	-0.205495465038	-0.0839456345402	0.317317908902	0.0109645984153	-0.0142102014286	0.330712221317	-0.00878695590403	0.394726060776	-23.643	0.084	37.212
4	2.19390429038	0.0802393888455	-0.657931595545	3.53244683623	-1.42542442538	3.48266555335	0.149404351488	-0.191379060392	-0.0771771965142	0.418386033661	-0.0949874682816	-0.0874898873208	-0.0182582977726	0.324868842302	-0.0466721330048	0.419456183144	-0.0283558841745	-0.0160315023495	0.428158360689	-0.0866281210303	0.451846241159	-5.097	26.272	56.943
5	2.17187066438	-1.67646803155	-1.62383265079	6.86387019565	3.89108926639	6.1213302796	0.0374449397468	-0.0437252914592	-0.166526549166	0.124533657248	-0.0611019352869	-0.110248441212	0.144454425532	0.107238972763	0.0122873888105	0.224091833695	-0.0275141068579	-0.0220763849294	0.287211129224	0.0631220761327	0.415551915399	-10.552	-6.383	43.527
6	4.81726896326	-4.43017078234	3.25233454507	8.96395757743	1.57220752891	6.45351880867	-0.142445621697	0.253039805138	0.672285627179	1.04266885201	0.34308857516	-0.955183688778	-1.93341021586	1.19662830917	-0.165893814025	1.55701002565	-0.392307223704	0.331164487336	0.658188976447	-0.0857906270945	0.862426336997	-20.807	59.91	-1.59
7	0.990255179823	1.79129083125	-0.438446230685	5.04127359015	0.206817393098	3.44552928483	0.484416683591	-0.152506604494	0.394959326198	0.342476932852	-0.0439566165828	0.318551951224	-0.870049776077	-0.348394419911	-0.262572889705	0.500427652493	0.0965488163194	0.185700302427	0.429303348552	0.0401410704059	0.538589441137	-29.563	47.356	-11.068
8	3.16786550725	0.859938366538	-0.0727890591614	5.27681922435	-1.2031655213	2.36959529106	0.0390429204624	-0.0774542294385	-0.0841774394219	0.0617741998614	-0.0480836365879	0.640804406745	0.0867458425312	-0.108262182598	0.0284133018266	0.349350074836	-0.0392512341724	0.026910840796	0.396941922342	0.0127901256063	0.434344350976	-44.551	15.536	-11.938
9	1.08547140489	0.701024293581	-0.775414624354	3.56491070386	-1.02553495936	3.83102110235	0.919125746751	-0.771249407767	-0.0188380799062	1.79010700614	-0.817794447248	0.0754066084672	-0.935308341172	0.400410222616	-0.0620161594503	1.24733116791	-0.341649998528	0.058851360552	0.665354127179	0.0337286587835	0.512217377255	-27.216	40.696	9.756
10	2.34771972392	-0.0556541031324	-1.19139876569	5.51781964473	2.21500891486	4.28239418401	0.0557869187881	-0.0619721364859	-0.13756513411	0.409599381112	-0.0956377871495	-0.467725187847	0.221205313303	0.332292557661	0.00712570598459	0.368940961805	-0.0244169347613	-0.0392406543553	0.375441361726	0.127037592621	0.487979395856	-31.755	8.671	-5.638
11	3.23571734	-3.00880109374	-0.965442270607	6.64279850978	-3.5766323788	5.52463272939	0.562988376813	0.0842340301182	0.190509369571	-0.703634661377	0.48791839316	-1.7409329633	1.94530994216	1.41862548234	-0.797787371925	1.0055198963	0.325435958973	0.000465239591699	0.748416247849	-0.218230731301	0.778941833182	-37.933	24.598	50.449
12	2.18352449837	-1.4057580191	-0.211267968757	4.10329231292	-0.144830695995	2.1258324512	0.169930033122	0.0777598067516	-0.395252634113	-0.0641612237037	-0.057554671893	0.0696584030987	0.565873616259	0.133890838191	-0.0883224686616	0.364942277173	-0.0123386894654	-0.0349513471112	0.325597231206	-0.00295823344868	0.381730457406	-46.917	37.408	59.23
13	3.03456843096	-1.41405585869	0.635905511204	3.1072524767	-1.13636553051	1.93461850832	-0.0554853536453	-0.0296052408397	0.1632299258	-0.0268706092151	0.128422345911	0.302519964447	-0.0353937430378	-0.22208273582	-0.081739582407	0.312103033691	-0.0173984676543	0.0242414138295	0.294771537154	-0.000562662954394	0.441551944391	-62.373	68.972	58.796
14	2.25287415727	-0.450214339783	0.804993313101	3.7379739801	-1.30627583173	1.80075828411	0.221762363723	0.537558387087	0.0315972310723	-1.06812305485	-0.265103790411	-0.117422443022	0.483994625523	0.540300467759	0.0424210199264	0.807502531928	0.162514690622	0.0445293318605	0.548691564239	-0.060137033502	0.371817359359	-44.268	43.373	37.874
15	1.92541477401	0.771498789973	0.296359982289	4.82857743479	2.03428771421	4.75684561244	0.0531398178951	0.0691844864201	0.241371874378	-0.125705588305	-0.0333236679678	-0.088031586869	-0.158191352292	0.088006125778	-0.0435486753644	0.261770710369	0.0232861420086	0.0199715819318	0.338466208439	0.073865009347	0.43062669887	-49.167	75.609	52.684
16	4.30374444619	-5.53155865097	-3.36142601164	9.63067479851	0.275040692969	9.69505778499	0.0535407772261	0.889479264272	0.796106443259	0.150862359661	0.452530090271	-0.476732088359	0.926249850979	-1.38972380826	-0.390217312765	0.54685269661	-0.0649654398987	-0.0180896823311	0.940410003617	0.198866325948	0.816673250689	-17.731	-26.318	-5.208
17	1.25909118877	0.317510065823	-0.518396800202	5.58732392495	-1.70291396753	1.60243438706	-0.116299968239	0.372361938643	-0.112199034996	-0.342825623212	0.242358659939	0.375131151943	0.200421131716	-0.209202491849	-0.134416319839	0.403522786655	-0.0309209435008	-0.0372945247838	0.558350169343	0.0145953301827	0.472456618036	-8.218	-13.619	-13.244
18	0.619158311931	-0.0804113297656	-0.254814127954	4.34124994145	1.02786577543	1.97779335211	0.0157136918695	-0.0485131036879	0.058307634103	-0.275707461332	0.26631894368	-0.891818388776	-0.228933437265	0.224166335683	-0.328918758004	0.415935826297	0.0018330641506	-0.0112384831473	0.562710348206	0.0269254440841	0.659467849326	7.62	18.254	-9.657
19	1.95296292036	0.901333509347	0.51731936773	5.70088929891	0.359119997766	2.44387955322	-0.0159328074999	-0.013037640543	0.233543638291	0.833680109901	0.157756383223	0.583015786725	-0.243539456817	-0.431954489661	-0.115157658118	0.57745284784	0.0744831886485	0.176775227289	0.5028193165	0.144616696346	0.617963538044	-12.674	-8.334	7.943
20	1.01808509879	-0.810304899702	1.23589085384	6.20021929052	-2.17005557255	6.56001502158	0.0231144751039	0.108596021083	0.145765704052	0.0334015511622	-0.0168529194761	0.0929067470823	-0.36611067772	0.103957978856	0.0207055284425	0.32310525899	0.014015585295	0.00912717646898	0.447052301391	0.0708022730009	0.441315642069	-5.795	24.525	-4.485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN O AND RESID 1:9 )	O	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 1:122 )	A	1 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 123:214 )	A	123 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 1:106 )	B	1 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 107:213 )	B	107 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN P AND RESID 1:9 )	P	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 1:122 )	C	1 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 123:214 )	C	123 - 214
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 1:106 )	D	1 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 107:212 )	D	107 - 212
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN Q AND RESID 1:9 )	Q	1 - 9
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN E AND RESID 1:122 )	E	1 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN E AND RESID 123:214 )	E	123 - 214
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN F AND RESID 1:106 )	F	1 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN F AND RESID 107:212 )	F	107 - 212
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN R AND RESID 2:9 )	R	2 - 9
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN G AND RESID 1:122 )	G	1 - 122
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN G AND RESID 123:216 )	G	123 - 216
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN H AND RESID 1:106 )	H	1 - 106
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN H AND RESID 107:213 )	H	107 - 213

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)