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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f9v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ky15.8 Fab in complex with circumsporozoite protein KQPA peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / external side of plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Thai, E. / Prieto, K. / Julien, J.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein. 著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, R.H.C. / Bolscher, J.M. / de Bruijni, M.H.C. / Sauerwein, R. / Dennison, S.M. / Tomaras, G.D. / Zavala, F. / Kellam, P. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f9v.cif.gz | 840.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f9v.ent.gz | 578.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f9v_validation.pdf.gz | 510.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f9v_full_validation.pdf.gz | 518.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8f9v_validation.xml.gz | 67.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f9v_validation.cif.gz | 95.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24311.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23387.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1549.577 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P19597 #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% isopropanol, 20% PEG4000, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033167 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 90017 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 30.36 Å2 / CC1/2: 0.676 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.28 Å / Num. unique obs: 3503 / CC1/2: 0.716 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→39.31 Å / SU ML: 0.2765 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.0683 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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