PDB-8f9s: Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f9s

タイトル

Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite protein NDN peptide

要素

Circumsporozoite protein NDN peptide
Ky15.2 Antibody, heavy chain
Ky15.2 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Thai, E. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8f9s.ent.gz	299.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8f9s_validation.pdf.gz	472 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f9s_full_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示
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CIF形式データ	8f9s_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9fC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein NDN peptide

P: Circumsporozoite protein NDN peptide

ヘテロ分子

98.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein NDN peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein NDN peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.479, 77.853, 123.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.680, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	Ky15.2 Antibody, heavy chain 分子量: 24137.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky15.2 Antibody, light chain 分子量: 23366.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein NDN peptide / CS 分子量: 1236.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033192 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033192 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 50174 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 40.01 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.13 Å / Num. unique obs: 2056 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→39.26 Å / SU ML: 0.3038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.6747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	1994	3.98 %
R_work	0.2053	48122	-
obs	0.2063	50116	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6798	0	48	319	7165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	7178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6135	9803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	1112
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	1254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9665	2597

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.3478	137	0.2945	3437	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.15-2.21	0.3413	148	0.2892	3409	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.21-2.28	0.3167	136	0.28	3431	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.28-2.35	0.3381	144	0.2829	3399	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.35-2.43	0.3314	142	0.2768	3453	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.43-2.53	0.2915	144	0.2544	3427	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.53-2.65	0.257	140	0.2513	3372	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.65-2.79	0.3038	137	0.2459	3440	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.79-2.96	0.2929	146	0.2459	3437	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.96-3.19	0.289	141	0.229	3463	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.19-3.51	0.2068	144	0.1972	3441	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.51-4.02	0.1962	141	0.183	3388	X-RAY DIFFRACTION	98.19
4.02-5.06	0.1535	146	0.1491	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.06-39.26	0.1844	148	0.1732	3501	X-RAY DIFFRACTION	98.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.59196861203	-0.594850156818	-0.384450312901	1.97518991596	0.468930606015	2.46560801324	0.123994476057	0.249406759333	0.169451875956	-0.289128515155	-0.057488347104	0.074948128358	-0.324085849738	0.012219045721	-0.0561167756992	0.364260707218	0.0331145747063	-0.0114158385393	0.182834266101	0.021250613591	0.244629348115	-13.607	4.973	50.136
2	2.20283547445	-0.719029471143	-1.71447522222	3.79146614592	0.586232585161	2.55902607642	-0.013159386225	0.596070641822	0.00556613433028	-0.640102403365	0.163458547186	0.201016624991	-0.428428632845	-0.243168169114	-0.140279924614	0.597373592447	-0.0400125265072	-0.0488354302472	0.629431791883	0.0017435809012	0.293772632389	6.957	-14.243	27.567
3	4.16797807357	-2.16017478908	-0.802420122043	2.19922981212	0.7147516081	2.45053238123	0.0484219213141	-0.0855425772599	-0.0354628966391	-0.130614250667	-0.0448315507521	-0.0900039255836	-0.0401292834045	0.146219313091	0.00427994220424	0.346571012157	-0.0338415322135	-0.0231330826087	0.200242915685	0.0119468440196	0.239399598457	2.222	-1.913	63.939
4	3.51690422052	-0.470094679	-1.58360877447	3.67926290002	0.727727181947	5.72813499381	0.24383649998	0.619493005103	0.367107690187	-0.865853932943	0.229163574433	-0.400353394815	-1.12862341126	0.207363082895	-0.490030412109	0.627300035849	-0.099450801076	0.112525025855	0.427500103296	-0.0216228327059	0.36101475035	19.733	-6.658	32.899
5	0.711384486526	-1.81410911701	-1.70869955606	3.51397072464	2.43652622831	2.74524813347	0.0283758853942	0.581823894039	-0.103759751653	-0.210893138746	-0.3076437803	0.530222289075	0.0948154203176	-0.851694183151	0.263377098411	0.30616869179	0.0211120869238	-0.0294207163956	0.74567931017	-0.0235932027235	0.403517709522	5.882	16.088	-0.023
6	1.34332312953	1.71039918456	0.482041417073	2.54926614526	2.45020055905	3.77649070646	-0.086082283959	-0.120042387123	0.00202605146014	0.126683271946	0.0198332914993	0.126555360896	0.0623303670505	0.0485545555769	0.0884418894872	0.492296943611	0.184832369241	0.0544650359888	0.417903455571	0.096905051929	0.376010563875	5.502	34.051	30.654
7	2.02649461041	2.18491843419	-0.105913249952	5.06973824928	2.91715608696	3.89113041892	0.0830270094238	-0.211505270503	-0.0624446157034	-0.20055118081	0.0357667071444	-0.379818506253	-0.185852892901	0.130609063206	-0.143678549315	0.368138615604	0.135103645331	0.0875273485345	0.541466596647	0.104748702181	0.404249668018	26.982	22.3	1.501
8	0.180166068869	0.101688925501	-0.0973366279011	2.40091079782	0.775241287406	3.35734686524	-0.296761052788	-0.469140134386	-0.0189083732113	0.699898233057	0.38283802075	-0.22879624988	1.06945191968	1.41854895272	-0.0668490369238	0.839789564435	0.479556053552	0.0359563727922	0.963509480236	0.0365528810606	0.434873318348	17.764	25.935	35.787
9	2.03103034173	2.02424508601	-0.889270473546	6.67569244948	4.386900635	3.32833341895	-0.0989271936614	0.60772055012	-0.202443740214	-0.830988435906	-0.530136125201	0.028234304404	0.98942153002	-0.777132587938	0.814827154425	0.585840878313	0.0696913356214	0.09755148197	0.846252423559	0.0677020961024	0.431077872635	14.153	11.273	-15.28
10	2.02362199572	3.0012759733	2.22875447358	8.01861107343	2.84566501534	6.73134553449	0.76028993038	-0.0981549080628	1.4946313866	0.489672710506	-0.294307029826	1.00992582801	-1.1434954542	-0.499875325713	-0.301667941438	0.503945693002	0.0938237179808	0.0669230252593	0.313199012067	-0.00359491424414	0.381229653641	-18.593	9.648	66.852

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:123 )	H	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 124:216 )	H	124 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:106 )	L	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 107:213 )	L	107 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 1:123 )	A	1 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 124:216 )	A	124 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:106 )	B	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 107:213 )	B	107 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 2:11 )	C	2 - 11
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN P AND RESID 2:11 )	P	2 - 11

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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