PDB-8f9f: Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f9f

タイトル

Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite protein NANP3 peptide

要素

Circumsporozoite protein NANP peptide
Ky15.2 Antibody, heavy chain
Ky15.2 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Thai, E. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	8f9f_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9eC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein NANP peptide

P: Circumsporozoite protein NANP peptide

ヘテロ分子

98.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein NANP peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein NANP peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.372, 86.574, 134.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	Ky15.2 Antibody, heavy chain 分子量: 24137.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky15.2 Antibody, light chain 分子量: 23366.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein NANP peptide / CS 分子量: 1207.210 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 148-159 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033192 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033192 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 46439 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.17 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.23 Å / Num. unique obs: 1823 / CC_1/2: 0.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4080	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→38.73 Å / SU ML: 0.3191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	1998	4.31 %
R_work	0.213	44317	-
obs	0.2142	46315	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6821	0	52	245	7118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	7162
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6904	9758
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0449	1100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.472	2586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3675	140	0.3244	3109	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.26-2.32	0.3735	141	0.3204	3120	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.32-2.38	0.3721	139	0.3077	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.38-2.46	0.3057	141	0.3004	3133	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.46-2.55	0.3352	141	0.2919	3108	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.55-2.65	0.3537	142	0.2884	3135	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.65-2.77	0.2886	142	0.2467	3166	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.77-2.92	0.285	142	0.248	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.92-3.1	0.3017	142	0.2504	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.1-3.34	0.2706	142	0.2261	3143	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.34-3.68	0.1948	144	0.1932	3196	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.68-4.21	0.1907	144	0.177	3181	X-RAY DIFFRACTION	99.22
4.21-5.3	0.1692	146	0.1477	3237	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.3-38.73	0.2001	152	0.1879	3368	X-RAY DIFFRACTION	99.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.54635797993	-0.856497838233	-1.67842315853	1.46317334655	0.257305973081	2.8788593546	-0.0672912566004	-0.388291466233	-0.171046646026	0.179952681788	0.0863404391015	-0.046828846626	0.0285477258076	0.336240235877	0.00557277435299	0.229896150051	-0.0157353015951	-0.0281933451547	0.342831739855	0.0126258790682	0.282711062194	-5.536	-15.685	15.077
2	3.91210923234	-1.46655925548	-1.91401956503	1.99791194943	0.312671462118	5.50203389024	0.106473352001	0.220607931298	-0.433703333077	0.076083149248	-0.150360201625	-0.0325722969899	0.440406603842	0.437017844387	0.103338892227	0.378377491535	0.0560355026085	-0.0671749742652	0.410935257207	-0.0522278550619	0.338494642844	-23.608	-4.778	44.119
3	3.25425556131	-2.05215971808	-0.699447133271	3.08652836036	0.824990706057	2.44403219446	0.0308798913602	-0.0809153910754	0.268706694898	0.103703959234	-0.0809794059348	-0.0132537147374	-0.280995293343	0.0749445476928	0.0307888565785	0.317460123401	-0.0656211123296	0.0176925287426	0.299146721454	-0.0184716708639	0.327269855189	-12.218	4.228	8.424
4	2.26087828699	-0.203895790366	-0.103806634671	2.39778768178	0.446873638752	4.91147807439	0.174673663202	-0.233077574591	0.341167091665	0.154894886156	0.0285384339792	-0.242517178188	-1.42897308475	1.04269803812	-0.231518044587	0.692642793524	-0.225316367049	0.131581480758	0.648167948712	-0.0934146773278	0.424761445032	-14.987	8.537	44.097
5	2.19573255591	-0.196312839974	-2.22632323358	0.700807927977	-0.381309073779	4.14422921705	-0.244163963104	0.0764124872459	-0.468230577343	-0.213974268449	0.133486765256	0.00939676729283	0.698688152302	-0.134531387411	0.0948335012185	0.464323244226	-0.0222494278932	-0.0232031214426	0.276372662947	0.0120644018887	0.395667060491	5.661	-15.228	70.049
6	1.82760861395	0.7006284498	-0.488122847435	1.92499134571	-1.16004442878	4.18894150279	0.0495779073595	-0.0200888685185	-0.223568454515	-0.349971718915	-0.154206141417	-0.300586006355	1.08849061436	0.811810255118	0.114678219676	0.608640061594	0.231986822403	-0.0299626319517	0.592756302688	-0.0357263012201	0.334731381635	24.11	-4.752	41.027
7	2.78027117916	2.09027379738	-0.992858671286	2.1897560369	-1.18068383408	2.88499065504	0.0175972683702	0.123214966544	0.144608186483	0.0487205290162	0.0538468972689	0.116358418151	-0.0924339753007	-0.0325441276357	-0.047640924697	0.280299333805	0.0637687389381	-0.0285375151424	0.318479662015	-0.0232120094264	0.321146667477	12.107	4.931	76.269
8	2.38181972954	1.44716676364	0.450133772259	2.09585208231	0.806065233607	4.84848146756	0.0434816176368	0.336331237923	0.0352861268278	-0.227942804237	0.038856213433	0.104775130968	-0.0802301778015	-0.21205214408	-0.0784008569753	0.346421550099	0.130641426393	0.0329451158071	0.510950456209	-0.00363788596417	0.350859123234	16.856	9.051	40.979
9	2.02947800312	-2.7550906875	2.52938474022	2.026024727	-6.37804544437	7.10040401881	-0.538294827711	-0.522697755323	-0.00850099495531	0.688174202024	0.228617413419	-1.12710660488	0.923732387051	-0.835227785638	0.485589400566	0.595525221929	0.000444979257746	-0.0987446043918	0.423613120317	0.0475433728044	0.496533128786	1.128	-13.358	87.962
10	5.56022476571	0.159007230136	-2.36874267094	2.03967905538	4.29179446419	9.99727895692	-0.0262526991336	0.591750719863	-0.499419288668	-0.34829061388	0.569683170777	-0.43013396193	0.397948139115	0.856483494201	-0.499606340884	0.373514492968	0.0374293214026	-0.0624110420833	0.317958625345	-0.00352196497062	0.398081164627	-1.287	-14.276	-2.883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:123 )	H	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 124:216 )	H	124 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:106 )	L	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 107:213 )	L	107 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 1:123 )	A	1 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 124:216 )	A	124 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:106 )	B	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 107:213 )	B	107 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 2:12 )	C	2 - 12
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN P AND RESID 2:12 )	P	2 - 12

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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