PDB-8f9e: Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f9e

タイトル

Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite protein KQPA peptide

要素

Circumsporozoite protein KQPA peptide
Ky15.2 Antibody, heavy chain
Ky15.2 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / external side of plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Thai, E. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f9e.cif.gz	415.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f9e.ent.gz	283.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f9e_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f9e_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	8f9e_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	8f9e_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f95C 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein KQPA peptide

C: Circumsporozoite protein KQPA peptide

98.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein KQPA peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein KQPA peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.167, 85.209, 133.475
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	Ky15.2 Antibody, heavy chain 分子量: 24137.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky15.2 Antibody, light chain 分子量: 23366.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein KQPA peptide / CS / PfCSP 分子量: 1549.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P19597
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033192 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033192 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 19407 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 55.54 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.95→3 Å / Num. unique obs: 934 / CC_1/2: 0.795

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4080	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→39.44 Å / SU ML: 0.4492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2413	970	5.02 %
R_work	0.2164	18336	-
obs	0.2177	19306	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→39.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6786	0	0	0	6786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	6948
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5711	9457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0443	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6466	2453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.11	0.4016	135	0.3244	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.11-3.3	0.3113	140	0.2773	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.3-3.55	0.2921	135	0.26	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.55-3.91	0.2679	138	0.2221	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.91-4.48	0.2079	139	0.1854	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.48-5.64	0.1666	138	0.1727	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.64-39.44	0.2201	145	0.1978	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.28197290477	0.505697435587	-1.30542694271	0.484105537241	-0.212347014436	1.89308233434	0.0388517920388	0.118176823613	-0.110173915111	-0.00411688984734	-0.0277450994238	-0.04422480657	0.0361515340473	-0.146840307617	-0.0300952824435	0.338905231881	0.0230909184218	-0.0296539505578	0.343966801296	0.00892382374244	0.410218483165	5.139	-15.175	-15.122
2	3.1764458317	0.412722097444	-0.196063472252	0.864102434959	-0.346801910919	2.4200273164	0.0635008748393	0.0648132149746	-0.437927733052	-0.130869883372	-0.20999134123	-0.180182884582	0.0629035008054	-0.286050563994	0.0661639160639	0.484214458361	0.0281461371338	-0.0385612949643	0.36745372968	-0.086969113834	0.466611250271	24.362	-4.312	-43.461
3	1.36729067125	1.43437209364	-0.363257580382	1.86414396979	-0.545692147936	1.57923999289	0.0703414455507	-0.00357736066423	0.0572787856775	0.0583801623731	-0.0233962252215	-0.0291283670989	-0.145616008876	0.0794420598817	0.0842129385688	0.398546068364	0.0515455945768	-0.0460572258475	0.353337720999	-0.036609608592	0.397204764256	12.134	4.778	-8.23
4	1.85187776167	0.929579161879	0.276858126315	1.74631332	-0.0699495633428	4.72561284126	0.177959325286	0.275639406245	0.25178690893	0.0159202749739	-0.0843721121017	0.234119999029	-0.787845233579	-0.683652421942	0.106175418638	0.538579161677	0.141723490933	0.0691499284904	0.529963515887	0.0270224369411	0.475802537634	16.826	9.605	-43.668
5	2.19107255951	-0.349543463447	-1.38133975375	0.912614653722	-0.0710561763518	1.75404925689	-0.0638435385253	-0.180876931309	-0.359406152809	-0.010581421993	0.162319237421	0.0896400117104	0.0220731053285	-0.0106014340411	-0.0711823874166	0.388855535476	-0.00836605458056	-0.0115265729848	0.276632187307	0.0380315354418	0.402558654635	-5.367	-15.541	-68.886
6	3.35794195482	-0.524035689964	-1.85808961681	1.28094813485	0.650892463731	2.34275991314	-0.0895688490418	-0.42004395774	-0.485162733136	-0.0208515381826	-0.169780640993	0.150719023493	0.18847551752	0.703863389198	0.196086314387	0.494822622439	0.0164876728293	-0.0169595855035	0.565916020952	0.0791339333379	0.390156877819	-24.121	-4.058	-40.263
7	2.4575394865	-0.929192647099	-0.956337857814	1.97796545876	1.30110252679	1.94900972156	-0.0290730891959	0.109313231688	0.171771226143	-0.0652681228406	-0.036757256361	0.0680827406916	-0.0551679122525	-0.221102135832	0.0383942025259	0.322884245257	-0.00582968707157	-0.0177102386576	0.318004991657	0.00757301333097	0.333910053847	-12.145	4.312	-76.02
8	2.73761570307	-0.250970543982	0.00811245603285	2.19227332584	-0.132084554608	3.48879722003	0.177535691216	-0.618274602431	-0.126870615071	0.255121800807	-0.0576036924781	-0.134650842441	-0.168112776177	0.995818387594	-0.0790502322072	0.367427256461	-0.103547624981	0.0353889137053	0.653806125182	0.0225775967738	0.396642631892	-16.952	10.065	-40.531
9	1.54869618392	2.20859427348	-2.42987144736	4.00545561633	-4.26334216309	4.56054847757	0.270824975051	0.26104840424	0.15943305489	-0.537298784952	0.159493925602	0.164632529639	-0.683639222351	-0.00184433435246	-0.429756738095	0.894108911248	-0.0863670174908	0.0972822376251	0.377773588603	-0.138715567694	0.42586456311	-1.867	-12.09	2.651
10	3.47006157554	-1.47293158462	-2.80392993291	2.77761955598	3.40053213064	5.92730059783	0.0801151965308	0.0700240624932	0.0859181870568	-0.863171108376	-0.122345701344	-0.326716609938	0.424123391532	0.363985978057	0.0521793747281	0.570656785475	-0.0325072005481	0.042547126479	0.555319576988	-0.0658196410176	0.419769194557	1.319	-12.375	-85.857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:123 )	H	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 124:216 )	H	124 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:106 )	L	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 107:213 )	L	107 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 1:123 )	A	1 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 124:216 )	A	124 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:106 )	B	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 107:213 )	B	107 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN P AND RESID 5:15 )	P	5 - 15
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 7:15 )	C	7 - 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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