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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f94 | ||||||
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タイトル | Structure of an alternating AT 16-mer: 5'-GCTGGATATATCCAGC-3 | ||||||
要素 | DNA 16-mer | ||||||
キーワード | DNA / AT sequence / Minor groove | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | DNA molecule (その他) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å | ||||||
データ登録者 | Terrell, J.R. / Ogbonna, E.N. / Wilson, W.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023 タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences. 著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f94.cif.gz | 44.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f94.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f94_validation.pdf.gz | 5.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f94_full_validation.pdf.gz | 5.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8f94_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f94_validation.cif.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f94 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ec1C 8ed6C 8edaC 8edbC 8f1sC 8f1vC 8f20C 8f2wC 8f2yC 8fb4C 8fdpC 8fdqC 8fdrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 1 mM DNA duplex annealed in 7.5 mM HEPES, pH=6.6 mixed at a 1:1 ratio with well solution containing 10 mM HEPES, pH=8.6, 600 mM CaCl2, 38% PEG200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontal double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.08→26.63 Å / Num. obs: 20060 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01722 / Rpim(I) all: 0.01722 / Rrim(I) all: 0.02436 / Net I/σ(I): 22.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.08→1.119 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1479 / Mean I/σ(I) obs: 6.48 / Num. unique obs: 1882 / CC1/2: 0.939 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.1479 / Rrim(I) all: 0.2092 / % possible all: 92.88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.08→26.63 Å / SU ML: 0.1107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.7555 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.08→26.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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