PDB-8f8x: Crystal structure of Nb.X0 bound to the afucosylated human IgG1 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f8x

タイトル

Crystal structure of Nb.X0 bound to the afucosylated human IgG1 fragment crystal form II

要素

Nb.X0
Uncharacterized protein DKFZp686C11235

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody / glycobiology / immunoglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Camelidae mixed library (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Goldgur, Y. / Ravetch, J. / Gupta, A. / Kao, K. / Oren, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM007739	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U19AI111825	米国
Bill & Melinda Gates Foundation	INV-034057	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of glycoform specificity and in vivo protection by an anti-afucosylated IgG nanobody.
著者: Gupta, A. / Kao, K.S. / Yamin, R. / Oren, D.A. / Goldgur, Y. / Du, J. / Lollar, P. / Sundberg, E.J. / Ravetch, J.V.

履歴

登録	2022年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f8x.cif.gz	338.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f8x.ent.gz	232 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f8vC 8f8wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein DKFZp686C11235

B: Uncharacterized protein DKFZp686C11235

C: Nb.X0

D: Nb.X0

ヘテロ分子

79.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.577, 92.233, 76.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.040, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "A"
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 238 through 507)
d_1	ens_2	chain "C"
d_2	ens_2	chain "D"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	PRO	LEU	A	1 - 206
d_1	2	ens_1	NAG	NAG	E
d_1	3	ens_1	NAG	NAG	E
d_1	4	ens_1	BMA	BMA	E
d_1	5	ens_1	MAN	MAN	E
d_1	6	ens_1	NAG	NAG	E
d_1	7	ens_1	MAN	MAN	E
d_1	8	ens_1	NAG	NAG	E
d_2	1	ens_1	PRO	LEU	B	2 - 207
d_2	2	ens_1	NAG	NAG	F
d_2	3	ens_1	NAG	NAG	F
d_2	4	ens_1	BMA	BMA	F
d_2	5	ens_1	MAN	MAN	F
d_2	6	ens_1	NAG	NAG	F
d_2	7	ens_1	MAN	MAN	F
d_2	8	ens_1	NAG	NAG	F
d_1	1	ens_2	GLN	SER	C	1 - 120
d_2	1	ens_2	GLN	SER	D	1 - 120

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.552122179636, -0.0598123333131, -0.831615045281), (-0.0171774145993, -0.996395807705, 0.083068229878), (-0.833586249396, 0.0601488085586, 0.549104803883)	49.4840837876, -1.81769719896, 28.121455165
2	given	(-0.494686543479, -0.0882965361902, -0.864574430224), (0.0675365820024, -0.99572275121, 0.0630477026881), (-0.866443324051, -0.027201551787, 0.498533892316)	49.9605564753, -2.99152906346, 25.4796098714

#1: タンパク質

Uncharacterized protein DKFZp686C11235

分子量: 25357.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686C11235 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6MZV7

#2: 抗体

Nb.X0

分子量: 13105.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Camelidae mixed library (哺乳類)
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1317.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % w/v PEG 6000, 0.1 M Sodium citrate 4.0, 0.2 M Lithium chloride. No additional cryoprotectant.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21352 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 65.07 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 1051 / CC_1/2: 0.504 / R_pim(I) all: 0.574

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→46.12 Å / SU ML: 0.4459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.3889
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2853	2019	9.46 %
R_work	0.2147	19321	-
obs	0.2214	21340	88.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5164	0	178	15	5357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0145	5478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7903	7448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0779	846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0147	936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.8675	825

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.51500159136
ens_2	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.2326121974

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.4542	126	0.3532	1150	X-RAY DIFFRACTION	74.88
2.66-2.74	0.3783	150	0.328	1397	X-RAY DIFFRACTION	91.38
2.74-2.82	0.3395	137	0.2944	1442	X-RAY DIFFRACTION	91.8
2.82-2.91	0.4386	157	0.3149	1402	X-RAY DIFFRACTION	92.03
2.91-3.01	0.3692	147	0.2838	1417	X-RAY DIFFRACTION	91.52
3.01-3.13	0.3679	146	0.2717	1420	X-RAY DIFFRACTION	91.53
3.13-3.28	0.3262	143	0.256	1403	X-RAY DIFFRACTION	90.73
3.28-3.45	0.3535	138	0.2492	1395	X-RAY DIFFRACTION	89.7
3.45-3.66	0.3127	148	0.2269	1393	X-RAY DIFFRACTION	89.91
3.66-3.95	0.2819	146	0.2178	1384	X-RAY DIFFRACTION	89.26
3.95-4.34	0.2623	147	0.1944	1393	X-RAY DIFFRACTION	88.61
4.34-4.97	0.1995	146	0.165	1352	X-RAY DIFFRACTION	88.07
4.97-6.26	0.2739	142	0.1863	1400	X-RAY DIFFRACTION	88.82
6.26-46.12	0.2346	146	0.1753	1373	X-RAY DIFFRACTION	86.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.89141784706	0.0582597884314	-2.10224625432	2.59710857682	1.59333212907	5.2796909252	-0.204589519972	-0.261448602945	0.449706019002	-0.267355505045	0.184292768336	-0.0714734036653	-0.53959688867	-0.0932361303871	0.0250090184839	0.531591161539	0.168350927022	-0.0906446566602	0.413920931451	0.0762483628092	0.59607608771	33.644	10.441	10.606
2	2.38027993857	1.56524021923	-1.24345692037	1.24585215796	-1.32843074485	5.05160832728	-0.376716796073	0.0465337815346	0.251466299699	-0.454076014348	0.171640437929	0.141754255414	0.418997573564	-0.441208571574	0.210004003119	0.678466424748	0.129624319762	-0.0980481573882	0.390949523972	-0.0503723548467	0.597719561453	21.48	-11.127	6.553
3	4.00504467385	0.480833744177	2.04877036482	6.25927748142	-0.0398520183789	5.59082661993	0.136868343671	0.615641541791	-0.30617247709	0.155789172544	-0.13804088663	-0.276286626846	-0.212688992394	0.206956918412	0.00734786945971	0.342547690513	-0.0205206437969	0.13641530561	0.557783318589	-0.097201704508	0.306929343022	35.307	-9.026	44.9
4	5.32517876764	0.492515450345	-0.942469237348	5.46706460922	1.27758206816	5.36520474599	0.243007165083	-0.00763240852524	-1.27101272737	-0.689600814486	0.19660205518	0.618155284947	1.33410460637	0.0716332265203	-0.261695012479	0.741227095513	0.159501365737	-0.242734923289	0.492739707124	-0.0941123990073	0.970938949119	-5.462	12.014	17.568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 238:443 )	A	238 - 443
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 237:443 )	B	237 - 443
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 1:120 )	C	1 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 1:120 )	D	1 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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