PDB-8f8w: Crystal structure of Nb.X0 bound to the afucosylated human IgG1 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f8w

タイトル

Crystal structure of Nb.X0 bound to the afucosylated human IgG1 fragment crystal form I

要素

Nb.X0
afucosylated IgG1 fragment

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody / glycobiology / immunoglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Camelidae mixed library (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Goldgur, Y. / Ravetch, J. / Gupta, A. / Kao, K. / Oren, D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM007739	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U19AI111825	米国
Bill & Melinda Gates Foundation	INV-034057	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of glycoform specificity and in vivo protection by an anti-afucosylated IgG nanobody.
著者: Gupta, A. / Kao, K.S. / Yamin, R. / Oren, D.A. / Goldgur, Y. / Du, J. / Lollar, P. / Sundberg, E.J. / Ravetch, J.V.

履歴

登録	2022年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f8w.cif.gz	655.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f8w.ent.gz	457.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f8vC 8f8xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: afucosylated IgG1 fragment

B: afucosylated IgG1 fragment

C: Nb.X0

D: Nb.X0

E: afucosylated IgG1 fragment

F: afucosylated IgG1 fragment

G: Nb.X0

H: Nb.X0

ヘテロ分子

159 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: afucosylated IgG1 fragment

B: afucosylated IgG1 fragment

C: Nb.X0

D: Nb.X0

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: afucosylated IgG1 fragment

F: afucosylated IgG1 fragment

G: Nb.X0

H: Nb.X0

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.636, 170.636, 126.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 238 through 268 or resid 270 through 317 or resid 319 through 507))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 238 through 268 or resid 270 through 317 or resid 319 through 507))
d_3	ens_1	(chain "E" and (resid 238 through 268 or resid 270 through 317 or resid 319 through 507))
d_4	ens_1	(chain "F" and (resid 238 through 268 or resid 270 through 317 or resid 319 through 507))
d_1	ens_2	chain "C"
d_2	ens_2	chain "D"
d_3	ens_2	chain "G"
d_4	ens_2	chain "H"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	PRO	HIS	A	2 - 32
d_1	2	ens_1	ASP	LYS	A	34 - 81
d_1	3	ens_1	TYR	LEU	A	83 - 207
d_1	4	ens_1	NAG	NAG	I
d_1	5	ens_1	NAG	NAG	I
d_1	6	ens_1	BMA	BMA	I
d_1	7	ens_1	MAN	MAN	I
d_1	8	ens_1	NAG	NAG	I
d_1	9	ens_1	MAN	MAN	I
d_1	10	ens_1	NAG	NAG	I
d_2	1	ens_1	PRO	HIS	B	2 - 32
d_2	2	ens_1	ASP	LYS	B	34 - 81
d_2	3	ens_1	TYR	LEU	B	83 - 207
d_2	4	ens_1	NAG	NAG	J
d_2	5	ens_1	NAG	NAG	J
d_2	6	ens_1	BMA	BMA	J
d_2	7	ens_1	MAN	MAN	J
d_2	8	ens_1	NAG	NAG	J
d_2	9	ens_1	MAN	MAN	J
d_2	10	ens_1	NAG	NAG	J
d_3	1	ens_1	PRO	HIS	E	1 - 31
d_3	2	ens_1	ASP	LYS	E	33 - 80
d_3	3	ens_1	TYR	LEU	E	82 - 206
d_3	4	ens_1	NAG	NAG	K
d_3	5	ens_1	NAG	NAG	K
d_3	6	ens_1	BMA	BMA	K
d_3	7	ens_1	MAN	MAN	K
d_3	8	ens_1	NAG	NAG	K
d_3	9	ens_1	MAN	MAN	K
d_3	10	ens_1	NAG	NAG	K
d_4	1	ens_1	PRO	HIS	F	3 - 33
d_4	2	ens_1	ASP	LYS	F	35 - 82
d_4	3	ens_1	TYR	LEU	F	84 - 208
d_4	4	ens_1	NAG	NAG	L
d_4	5	ens_1	NAG	NAG	L
d_4	6	ens_1	BMA	BMA	L
d_4	7	ens_1	MAN	MAN	L
d_4	8	ens_1	NAG	NAG	L
d_4	9	ens_1	MAN	MAN	L
d_4	10	ens_1	NAG	NAG	L
d_1	1	ens_2	GLN	SER	C	1 - 120
d_2	1	ens_2	GLN	SER	D	1 - 120
d_3	1	ens_2	GLN	SER	G	1 - 120
d_4	1	ens_2	GLN	SER	H	1 - 120

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.604395545543, -0.743498126272, -0.28621069295), (-0.75705659484, -0.647883111921, 0.0843373315748), (-0.248135722414, 0.165704585085, -0.954447826622)	4.28306269299, -8.45382562669, 51.3128463487
2	given	(0.994540130191, -0.0101430140308, -0.103860717821), (0.0126323119695, 0.999647819682, 0.0233379797549), (0.103587422664, -0.0245225584127, 0.994318002449)	4.08159055766, 1.13405049461, -51.2143684077
3	given	(0.614200472167, -0.742726997171, -0.26667281013), (-0.75529992209, -0.651183091313, 0.0740446438269), (-0.228647780836, 0.155939697515, -0.960938605249)	4.14779080769, -6.1095031241, -2.65470677844
4	given	(0.648315730478, -0.710705644306, -0.273101081591), (-0.664456909752, -0.70327008312, 0.252800722451), (-0.371730720681, 0.0175692156826, -0.92817433382)	8.03830112279, -9.68720142898, 45.2735438877
5	given	(0.99971538205, 0.0121002437404, 0.0205606175713), (-0.014492181472, 0.992609388335, 0.120484766112), (-0.0189507669943, -0.120748442186, 0.992502232814)	-1.72843075956, -4.64118881791, -54.4591503433
6	given	(0.761137955499, -0.609702923974, -0.221204333585), (-0.591601836349, -0.792429888585, 0.148533292247), (-0.265850108008, 0.0178105635732, -0.963849834724)	12.3779146517, 3.86390779341, -5.84652843046

#1: 抗体

afucosylated IgG1 fragment / Uncharacterized protein DKFZp686C11235

分子量: 25357.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686C11235 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6MZV7

#2: 抗体

Nb.X0

分子量: 13105.541 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Camelidae mixed library (哺乳類)
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1317.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium HEPES 7.5 20 % w/v PEG 8000. Cryopreserved with 12.5% glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 56766 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 76.11 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 31.1
反射シェル	解像度: 2.71→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2863 / CC_1/2: 0.604 / R_pim(I) all: 0.522

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.71→45.9 Å / SU ML: 0.4071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6671
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2413	2013	3.55 %
R_work	0.2076	54753	-
obs	0.2088	56766	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→45.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10328	0	356	19	10703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0145	10956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.1775	14897
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0858	1692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0195	1873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.0816	1652

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.45823018373
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.08982742001
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.81100560607
ens_2	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.23262457863
ens_2	d_3	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.12033035228
ens_2	d_4	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.31496324748

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.71-2.78	0.3626	139	0.3468	3765	X-RAY DIFFRACTION	96.66
2.78-2.85	0.3921	140	0.3229	3908	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.85-2.93	0.3403	146	0.3091	3922	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.93-3.03	0.3718	144	0.3113	3881	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.03-3.14	0.3429	137	0.3133	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.14-3.26	0.3433	140	0.283	3902	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.26-3.41	0.3036	145	0.2531	3935	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.41-3.59	0.3348	143	0.25	3907	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.59-3.82	0.3216	144	0.2431	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.82-4.11	0.2337	145	0.2066	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.52	0.2052	148	0.1696	3931	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.18	0.1794	142	0.1563	3939	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-6.52	0.1871	145	0.1764	3929	X-RAY DIFFRACTION	100
6.52-45.9	0.1843	155	0.1662	3977	X-RAY DIFFRACTION	99.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.07340463862	1.02130672819	1.0484856845	1.87290198534	0.181382363979	0.894821914067	-0.163725044356	1.32943733982	0.24022882923	-0.265140312919	0.0576616917081	-0.293341010104	-0.128622090818	-0.317021400976	-0.0173942033758	0.612482317066	0.000661547154969	-0.0368782494757	0.803524140218	0.116444427854	0.761599107467	-47.2529157416	34.956996831	26.7202533234
2	6.28146055939	3.54365760165	1.54724213327	3.99388073012	1.77885795897	2.05065747891	0.469486956349	-1.1502525316	1.10022937331	0.0404064577622	-0.684351479192	1.5150517983	-0.152114111089	-1.22142213179	0.11145951154	0.611155171803	0.0785475221718	-0.00829013957925	0.914016032217	0.168094267857	0.987025216784	-63.9776669574	41.3930458981	29.039990557
3	3.80603066966	0.226804690814	-0.693792049869	2.67644084261	0.40869950906	0.44205808353	-0.0811550060322	0.787666819659	0.0483417904282	0.263264211405	0.283317230232	-0.517417659099	-0.310204744234	-0.345729683248	-0.199458864046	0.78764278972	0.0102758089551	-0.0730069474102	1.02430451184	0.192454057769	0.658126770194	-59.9771627924	38.2753174165	24.3073156592
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44	2.79799075279	0.713537557323	0.463675266341	1.35145189041	-0.474582458139	2.43069130771	-0.352216985142	0.291467717135	0.311264302347	-1.08557351827	0.229122352774	0.344439609318	-0.0214493146708	-1.50670244293	0.574193149599	1.0282690751	-0.337882574153	-0.214298953323	1.33330604387	0.121265843649	0.972891952768	-80.4432795727	20.4780680725	-40.5453490893
45	3.4502455262	0.953891471446	0.791910189168	2.92092041398	0.825782446301	3.1583235717	0.00150945877482	0.270145370941	-0.446322111793	0.182447368279	0.17567268734	-0.71403246908	0.696220680331	0.192616725616	-0.165369775331	0.978490597339	-0.226356988528	-0.157630259601	1.04877475371	-0.014530220117	0.910900263727	-68.6900016602	14.5715636148	-44.426538215
46	1.7384067104	1.29453278619	-0.0192536899184	1.06845561833	-0.308137952466	2.30849140467	0.0735508164417	-0.0305835852477	-0.37213286262	-0.419152637248	-0.00816263114065	-0.281930602648	0.674106760721	-0.428758008884	-0.0512460766665	1.18933853095	-0.334038137957	-0.207833357961	1.3051241475	0.128889256722	0.872349629044	-75.1245609136	14.7169836637	-46.8847212085
47	2.38326459765	0.218540739998	1.32116732211	3.38422724997	0.205174191932	3.0679317223	0.055644951812	-0.434927053537	-0.679986889302	0.156152459596	0.179017984787	-0.375328095442	1.01202037267	-0.215994349227	-0.168628590782	1.15539991467	-0.173914947556	-0.02368545124	1.05308750042	0.00958697344133	1.01232762934	-72.2283516158	11.0854658944	-39.2470463483

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 237 through 264 )	A	A	237 - 264	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 265 through 301 )	A	A	265 - 301	29 - 65
3	3	chain 'A' and (resid 302 through 325 )	A	A	302 - 325	66 - 89
4	4	chain 'A' and (resid 326 through 346 )	A	A	326 - 346	90 - 110
5	5	chain 'A' and (resid 347 through 372 )	A	A	347 - 372	111 - 136
6	6	chain 'A' and (resid 373 through 432 )	A	A	373 - 432	137 - 196
7	7	chain 'A' and (resid 433 through 443 )	A	A	433 - 443	197 - 207
8	8	chain 'B' and (resid 237 through 279 )	B	B	237 - 279	1 - 43
9	9	chain 'B' and (resid 280 through 346 )	B	B	280 - 346	44 - 110
10	10	chain 'B' and (resid 347 through 443 )	B	B	347 - 443	111 - 207
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 9 )	C	C	1 - 9	1 - 9
12	12	chain 'C' and (resid 10 through 32 )	C	C	10 - 32	10 - 32
13	13	chain 'C' and (resid 33 through 56 )	C	C	33 - 56	33 - 56
14	14	chain 'C' and (resid 57 through 83 )	C	C	57 - 83	57 - 83
15	15	chain 'C' and (resid 84 through 100 )	C	C	84 - 100	84 - 100
16	16	chain 'C' and (resid 101 through 113 )	C	C	101 - 113	101 - 113
17	17	chain 'C' and (resid 114 through 120 )	C	C	114 - 120	114 - 120
18	18	chain 'D' and (resid 1 through 16 )	D	D	1 - 16	1 - 16
19	19	chain 'D' and (resid 17 through 32 )	D	D	17 - 32	17 - 32
20	20	chain 'D' and (resid 33 through 45 )	D	D	33 - 45	33 - 45
21	21	chain 'D' and (resid 46 through 83 )	D	D	46 - 83	46 - 83
22	22	chain 'D' and (resid 84 through 120 )	D	D	84 - 120	84 - 120
23	23	chain 'E' and (resid 238 through 264 )	E	E	238 - 264	1 - 27
24	24	chain 'E' and (resid 265 through 301 )	E	E	265 - 301	28 - 64
25	25	chain 'E' and (resid 302 through 336 )	E	E	302 - 336	65 - 99
26	26	chain 'E' and (resid 337 through 361 )	E	E	337 - 361	100 - 124
27	27	chain 'E' and (resid 362 through 403 )	E	E	362 - 403	125 - 166
28	28	chain 'E' and (resid 404 through 443 )	E	E	404 - 443	167 - 206
29	29	chain 'F' and (resid 236 through 279 )	F	F	236 - 279	1 - 44
30	30	chain 'F' and (resid 280 through 336 )	F	F	280 - 336	45 - 101
31	31	chain 'F' and (resid 337 through 443 )	F	F	337 - 443	102 - 208
32	32	chain 'G' and (resid 1 through 16 )	G	G	1 - 16	1 - 16
33	33	chain 'G' and (resid 17 through 39 )	G	G	17 - 39	17 - 39
34	34	chain 'G' and (resid 40 through 51 )	G	G	40 - 51	40 - 51
35	35	chain 'G' and (resid 52 through 76 )	G	G	52 - 76	52 - 76
36	36	chain 'G' and (resid 77 through 120 )	G	G	77 - 120	77 - 120
37	37	chain 'H' and (resid 1 through 16 )	H	H	1 - 16	1 - 16
38	38	chain 'H' and (resid 17 through 32 )	H	H	17 - 32	17 - 32
39	39	chain 'H' and (resid 33 through 63 )	H	H	33 - 63	33 - 63
40	40	chain 'H' and (resid 64 through 83 )	H	H	64 - 83	64 - 83
41	41	chain 'H' and (resid 84 through 120 )	H	H	84 - 120	84 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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