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- PDB-8f8v: Crystal structure of Nb.X0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f8v
タイトルCrystal structure of Nb.X0
要素Nb.X0
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody / glycobiology / immunoglobulin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Camelidae mixed library (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Goldgur, Y. / Ravetch, J. / Gupta, A. / Kao, K. / Andi, B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007739 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI111825 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-034057 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of glycoform specificity and in vivo protection by an anti-afucosylated IgG nanobody.
著者: Gupta, A. / Kao, K.S. / Yamin, R. / Oren, D.A. / Goldgur, Y. / Du, J. / Lollar, P. / Sundberg, E.J. / Ravetch, J.V.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nb.X0
B: Nb.X0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2112
ポリマ－26,2112
非ポリマー00
水3,153175
1
A: Nb.X0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nb.X0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1061
ポリマ－13,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.310, 95.081, 110.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-240-

HOH

21B-223-

HOH

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要素

#1: 抗体 Nb.X0


分子量: 13105.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae mixed library (哺乳類)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % v/v PPGBA 400 + 15 % v/v 1-Propanol. Cryopreserved with 40% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.32 Å / Num. obs: 27855 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 24.95 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 1313 / CC1/2: 0.708 / Rpim(I) all: 0.339

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→50.32 Å / SU ML: 0.1849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7857
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 2000 7.18 %
Rwork0.1918 25838 -
obs0.1939 27838 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→50.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1846 0 0 175 2021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9532564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1438274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.860.2829990.28931276X-RAY DIFFRACTION67.93
1.86-1.910.27181400.2471819X-RAY DIFFRACTION97.41
1.91-1.970.28711460.22711873X-RAY DIFFRACTION98.92
1.97-2.030.24321420.21491844X-RAY DIFFRACTION99.4
2.03-2.10.24741440.20281852X-RAY DIFFRACTION99.8
2.1-2.190.25641470.19321897X-RAY DIFFRACTION99.95
2.19-2.290.22281450.19291880X-RAY DIFFRACTION99.85
2.29-2.410.23321450.20171875X-RAY DIFFRACTION99.95
2.41-2.560.23161470.20861900X-RAY DIFFRACTION99.95
2.56-2.760.21921460.20861882X-RAY DIFFRACTION99.95
2.76-3.030.22721480.1951916X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.470.18281470.1921898X-RAY DIFFRACTION99.46
3.47-4.370.21031480.17041905X-RAY DIFFRACTION98.42
4.37-50.320.21261560.172021X-RAY DIFFRACTION99.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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