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- PDB-8f8o: Crystal Structure of the Succinyl-diaminopimelate Desuccinylase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f8o
タイトルCrystal Structure of the Succinyl-diaminopimelate Desuccinylase (DapE) from Acinetobacter baumannii in complex with Succinic and L-Lactic Acids
要素Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / DapE / Succinate / L-Lactate / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / succinyl-diaminopimelate desuccinylase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cobalt ion binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / : / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / CITRIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / SUCCINIC ACID / Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Succinyl-diaminopimelate Desuccinylase (DapE) from Acinetobacter baumannii in complex with Succinic and L-Lactic Acids
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural ...著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22023年2月22日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_radiation_wavelength ...diffrn_detector / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength ..._diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _exptl_crystal_grow.pH / _exptl_crystal_grow.pdbx_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
B: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,74213
ポリマ－84,5272
非ポリマー1,21411
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area28510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.659, 102.533, 145.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / SDAP desuccinylase / N-succinyl-LL-2 / 6-diaminoheptanedioate amidohydrolase


分子量: 42263.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)
遺伝子: dapE, A1S_2810 / プラスミド: pMCSG92 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic
参照: UniProt: A3M8H2, succinyl-diaminopimelate desuccinylase

-
非ポリマー , 7種, 389分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-2OP / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 2mM N6-Me-L,L-SDAP; Screen: Peg's II (H1), 0.1M M tri-Sodium citrate, 33% (w/v) PEG6000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97864 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 59464 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.154 / Rsym value: 0.143 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2947 / CC1/2: 0.492 / CC star: 0.812 / Rpim(I) all: 0.419 / Χ2: 0.987 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 14.72 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22965 3030 5.1 %RANDOM
Rwork0.18901 ---
obs0.19116 56580 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.327 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.22 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.33 Å2-0 Å2
3----4.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5753 0 68 378 6199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0125988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.0165384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.6518140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5481.56312570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9025756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.245530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg6.91410924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.026844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.021108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9673.1073022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9673.1073023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2374.6543778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2364.6543778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8143.5062966
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7733.4972963
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4345.1074363
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.15646.7156702
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.19143.3936640
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 206 -
Rwork0.4 4057 -
obs--98.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6540.16610.68472.26440.43342.2259-0.10220.23150.1016-0.08270.06270.0363-0.32180.08080.03950.0468-0.0163-0.00860.30470.01780.2745-34.33725.83512.59
20.67410.18530.26151.797-0.34222.47140.01860.12970.019-0.07710.02250.09140.097-0.0597-0.04110.00830.01-0.02430.2896-0.00410.2799-38.99819.11112.95
32.7957-0.3267-2.44320.0870.39942.5328-0.2265-0.2409-0.10560.06720.05820.04980.43370.23320.16830.22150.0428-0.00550.18740.01530.174-19.45-4.684.108
41.3909-0.077-0.34441.1883-0.68420.5615-0.01310.1339-0.0329-0.18340.160.26340.1114-0.2769-0.14690.0302-0.0231-0.06080.3921-0.00050.334-45.9313.32213.02
51.0402-0.0879-0.58681.3942-0.12761.07020.0192-0.08970.1559-0.00530.134-0.3486-0.10160.2606-0.15330.0168-0.0231-0.00790.231-0.05660.286511.85810.05-27.351
60.44320.0062-0.10681.51870.40662.3887-0.0375-0.09170.09430.09670.1395-0.30950.04440.3424-0.1020.00970.0217-0.03410.2396-0.04640.259111.6972.41-26.252
72.3555-1.3305-2.62960.79641.43333.0641-0.09960.424-0.17050.0854-0.17540.04560.1452-0.54380.27510.1093-0.0224-0.02190.2754-0.05230.1681-18.559-5.302-17.287
80.2001-0.1544-0.47261.49490.40481.2192-0.0873-0.11960.05940.0690.1551-0.33860.19620.4095-0.06780.05210.0702-0.07310.2916-0.03420.261212.909-7.206-27.311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3A179 - 299
4X-RAY DIFFRACTION4A300 - 378
5X-RAY DIFFRACTION5B4 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6B77 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7B176 - 293
8X-RAY DIFFRACTION8B294 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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