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- PDB-8f8m: LRH-1 bound to small molecule Tet and fragment of coactivator Tif2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f8m
タイトルLRH-1 bound to small molecule Tet and fragment of coactivator Tif2
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / LRH-1 / NR5A2 / Nuclear Receptor / Liver receptor homolog-1
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / homeostatic process / locomotor rhythm ...Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / homeostatic process / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of viral genome replication / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / nuclear receptor coactivator activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / phospholipid binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / regulation of cell population proliferation / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XKE / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cato, M.L. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)F31-DK122745 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK115213 米国
American Heart Association20PRE35200311 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008367-29 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1444932 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isosteric improvements to liver receptor homolog-1 small molecule modulators
著者: Cato, M.L. / Abraham, S.M. / Spurlin, R.M. / Flynn, A.R. / Colucci, J.K. / D'Agostino, E.H. / Johnson, A.M. / Jui, N.T. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6073
ポリマ－30,1112
非ポリマー4971
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.161, 89.161, 105.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 28401.771 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclear receptor ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1708.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-XKE / (1~{R},3~{a}~{R},6~{a}~{R})-4-phenyl-3~{a}-(1-phenylethenyl)-5-[9-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)nonyl]-2,3,6,6~{a}-tetrahydro-1~{H}-pentalen-1-ol


分子量: 496.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H40N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: tri-Na citrate, tert-butanol, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→44.6 Å / Num. obs: 15066 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.937 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 1235 / CC1/2: 0.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DOS

4dos


解像度: 2.6→44.58 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 184.17 / 位相誤差: 28.8326 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 1504 9.98 %
Rwork0.196 13562 -
obs0.2033 15066 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 0 37 29 2107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00232118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47992860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0346321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.94311282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.29661140.28991015X-RAY DIFFRACTION74.09
2.68-2.780.32861360.27531219X-RAY DIFFRACTION88.78
2.78-2.890.24571350.25821237X-RAY DIFFRACTION90.16
2.89-3.020.32941370.2611239X-RAY DIFFRACTION90.04
3.02-3.180.24291390.24381247X-RAY DIFFRACTION89.97
3.18-3.380.22731350.22171246X-RAY DIFFRACTION90.22
3.38-3.640.21021410.19661257X-RAY DIFFRACTION89.91
3.64-4.010.19121350.18931232X-RAY DIFFRACTION89.6
4.01-4.590.19161440.16991267X-RAY DIFFRACTION89.04
4.59-5.780.19281370.17741273X-RAY DIFFRACTION90.09
5.78-36.270.23891460.18851319X-RAY DIFFRACTION87.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2297297878380.0010508336812-0.4928684408921.833373074430.4613254206251.21828949197-0.246856450732-1.17284870924-0.129338803807-0.3327873097180.1105452233190.618636653317-1.28402778841-2.04540438153-0.02007917258070.483702326680.06097417198950.02602321146870.7145166923580.01100991198780.56895920022426.8727447203-9.6398725865223.9481696758
20.9462580995020.955843826744-0.1858028258450.90447376929-0.1640828822950.3565793452470.290692794438-0.1916633374880.135023161615-0.906402767651-0.4430028680360.4538196950380.0886609176825-1.36605881577-0.003099056772490.804812764363-0.055823657882-0.02604333219440.850116161152-0.1189934948870.8885792725411.4101950429-25.80459336491.348235566
30.817913592357-1.101443605250.209139516181.67649002203-0.5999086667030.540500647029-0.5121089484020.4080062327860.3667837860150.1633046930880.5667353432961.36666203646-0.2839955644350.130805118907-0.0005183606080660.6571595132020.0162357071262-0.04545183786330.690237177442-0.01494920655830.50369579754324.826624715-14.01643509995.97004891289
42.05281722857-0.713077435901-0.5720361930371.84493671672.142801821122.55074936444-0.289432457636-0.08807590004090.0193319898527-0.07868878050970.1069557509450.3382865913590.32871173632-0.5227004453270.001222094581140.542988483269-0.0698089175542-0.03486047038980.518918798622-0.0223972477850.37961223516227.9842562718-21.61061260910.2405200062
50.445928112560.009100304756730.7065955705772.037335246331.781163646334.190950897790.156765618509-0.124473783213-0.06307365659620.609044389871-0.137014262631-0.1355385893680.439524943904-0.04731549489455.81333430156E-50.54566877735-0.06583705869520.005769675203280.460942110152-0.004376028796830.39658193179232.7266803444-25.015424136812.9712648214
63.31671851619-0.598289051221.592390976031.982198586321.212812804942.04524124658-0.662854451537-0.477725581599-0.4023751770170.13748444719-0.118071991799-1.117327533720.07596551721730.453657187534-0.0145965692310.4745488332890.06966644482430.03447548560580.4698562975110.01032049806650.4415633319939.9518014225-13.085116267424.5073262566
71.21508835883-0.305268945347-1.12233304211.87381666180.5207703686131.05336517928-0.03796585776790.256088031124-0.0817676416973-0.145702004527-0.0439695395031-0.214246055363-0.008997824595310.0899955907001-0.001718499842110.459848506951-0.01986504852320.02141551659880.4072268314730.009569671614580.44479545998537.3367976371-25.11721081865.82315768556
81.007083111830.1367980660440.08919513029550.2334510084910.3555582199720.7557551086450.1445495522481.939747106680.850207569923-1.06891836824-0.530864650140.0582646240653-0.585450506983-0.7843372823460.02104720126071.02305245141-0.0202477701318-0.2611058857770.858793266385-0.0562110708360.65472559487125.8641402183-20.03617456-6.9558576072
90.4054972883950.5440190322550.03936203422641.023561615480.155477693790.0804058177682-0.08310959266730.1038698529951.49269752318-0.5482729325080.4039227120530.932078797066-0.4252015644931.508321117010.01829023578730.963630175448-0.217419120069-0.2763911623630.8366612527830.08124572115010.91753112156724.5337373451-5.26106030922-1.93281084695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 299 through 314 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 315 through 340 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 341 through 370 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 371 through 409 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 410 through 466 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 467 through 494 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 495 through 523 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 524 through 538 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 742 through 752 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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