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- PDB-8f87: Crystal structure of Ebola Zaire envelope glycoprotein GP in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f87
タイトルCrystal structure of Ebola Zaire envelope glycoprotein GP in complex with compound ARN75092
要素
  • GP1
  • GP2
キーワードVIRAL PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XJ5 / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
Zaire
1976
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD030394 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Ebola Zaire envelope glycoprotein GP in complex with compound ARN75092
著者: Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S.
履歴
登録2022年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5009
ポリマ－51,2322
非ポリマー2,2687
水19811
1
A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子

A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子

A: GP1
B: GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,50027
ポリマ－153,6956
非ポリマー6,80521
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area36200 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area46840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.199, 113.199, 306.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GP1


分子量: 32309.303 Da / 分子数: 1 / 断片: EbzaA.19907.a.HE11 proteolyzed N-terminal domain / 変異: T42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: GP / プラスミド: EBZAA.19907.A.HE11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 GP2


分子量: 18922.320 Da / 分子数: 1 / 断片: EbzaA.19907.a.HE11 proteolyzed C-terminal domain / 変異: H613A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: GP / プラスミド: EBZAA.19907.A.HE11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05320

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 13分子

#5: 化合物 ChemComp-XJ5 / [(4S)-4-amino-3,3-dimethylpiperidin-1-yl][(1S,3R,5R,7S)-3-methyl-5-phenyladamantan-1-yl]methanone


分子量: 380.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H36N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Proplex E2: 8% PEG8000, 0.1 M citrate, pH 5.0, 6.9 mg/mL EbzaA.19907.a.HE11.PD38351, plate: 12752-well E2 drop 2, Puck: PSL-1001, cryoprotectant: 16% PEG8000, 20% glycerol, 0.08 M citrate, pH ...詳細: Proplex E2: 8% PEG8000, 0.1 M citrate, pH 5.0, 6.9 mg/mL EbzaA.19907.a.HE11.PD38351, plate: 12752-well E2 drop 2, Puck: PSL-1001, cryoprotectant: 16% PEG8000, 20% glycerol, 0.08 M citrate, pH 5.0, originally obtained from the complex with ARN75231, crystals were soaked in 5 mM ARN75092, 16% PEG8000, 0.1 M citrate, pH 5.0 for 24 hours before freezing

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→93.36 Å / Num. obs: 23674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 22.2 / Num. measured all: 505303
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 1.406 / Num. measured all: 36486 / Num. unique obs: 1722 / CC1/2: 0.928 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 1.44 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6NAE

6nae


解像度: 2.6→51 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 1113 4.71 %
Rwork0.2176 --
obs0.2181 23620 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2710 0 151 11 2872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5814030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3211094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.35321410.3162767X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.860.3071380.26532772X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.040.29821250.26572787X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.280.34381360.27482793X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.610.25291380.22812802X-RAY DIFFRACTION100
3.61-4.130.20521300.20122813X-RAY DIFFRACTION100
4.13-5.20.18751330.1742855X-RAY DIFFRACTION100
5.2-510.20121720.21682918X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.43221.59473.19877.70762.34274.3994-0.0457-0.5487-0.05770.93680.1794-0.24330.6868-0.1306-0.0340.69770.0510.07040.53340.12160.5032-54.674114.6225-1.678
22.5932-0.52170.07692.53390.9082.8571-0.03090.2282-0.1971-0.3312-0.11740.10250.43880.01820.14240.5893-0.03610.09530.37920.01480.4587-55.558712.1268-29.0591
30.8603-0.6153-1.20313.8323.00885.8015-0.2280.2081-0.2538-0.28010.0478-0.13931.24710.28450.14070.99950.05780.1470.51890.00080.6165-47.6167-1.3628-34.9267
45.44073.4137-0.51012.7622-0.64717.3998-0.06710.3855-0.41871.37620.0593-0.05641.2007-0.16860.0090.95720.0720.16360.44450.04460.6397-49.96044.6386-10.6463
55.4325-0.17271.46084.3033.93455.76160.4995-0.5471-1.66473.1446-1.03580.52382.10171.56920.44871.32010.2638-0.06961.02780.06511.1463-31.710626.8312-12.7851
61.68070.8369-0.14012.1802-0.41951.94210.0386-0.0694-0.13570.3058-0.1904-0.09920.34880.0610.16650.56320.02560.04370.4372-0.01210.4461-50.471416.6716-14.3486
74.4006-2.2546-1.92985.96515.89425.8249-0.131-0.4583-0.22830.9352-0.21210.60281.3217-0.51010.29570.70650.02310.0460.5320.04820.6006-58.989326.33981.0085
84.84883.0065-5.28473.0542-4.74497.6252-0.66150.1218-0.51681.08490.42940.75031.1082-0.78220.22251.3351-0.00680.19991.0867-0.04740.9561-61.106627.261817.0961
98.4357-1.8237-4.64023.98982.87543.52510.40841.23941.54110.07511.2704-0.05531.010.5127-1.48771.84920.4470.23362.32820.21731.5103-50.114129.228827.944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 292 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 502 through 520 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 521 through 530 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 531 through 583 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 584 through 597 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 598 through 612 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 613 through 618 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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