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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f83 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM846 | |||||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium ulcerans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM846 著者: Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Staker, B.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f83.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f83.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f83_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f83_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8f83_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f83_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f83 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19093.654 Da / 分子数: 1 / 断片: MyulA.01062.a.B11 / 変異: C89S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア) 株: Agy99 / 遺伝子: dfrA, MUL_2179 / プラスミド: MyulA.01062.a.B11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PQG8, dihydrofolate reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-XJZ / |
#4: 化合物 | ChemComp-IMD / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.62 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: PACT B4: 0.1M MIB (Sodium malonate dibasic monohydrate, Imidazole, Boric acid) pH 7, MyulA.01062.a.B11.PS38558 at 10 mg/mL. Tray: Tray358B4 MAM846, Puck: PUCK HR00407 pin15, Cryo: 20% PEG 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→35.38 Å / Num. obs: 31584 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 136013 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.34 Å / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Num. measured all: 4999 / Num. unique obs: 1442 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.339 / Rrim(I) all: 0.655 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→35.38 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→35.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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