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- PDB-8f73: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa UDP-glucose phosphory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f73
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa UDP-glucose phosphorylase in complex with UDP-glucose
要素UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / UGP / UDP-Glucose pyrophosphorylase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase, bacterial/archaeal-type / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Dirr, L. / Fuehring, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1157150 オーストラリア
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Tetramerization is essential for the enzymatic function of the Pseudomonas aeruginosa virulence factor UDP-glucose pyrophosphorylase.
著者: Dirr, L. / Cleeves, S. / Ramon Roth, I. / Li, L. / Fiebig, T. / Ve, T. / Haussler, S. / Braun, A. / von Itzstein, M. / Fuhring, J.I.
履歴
登録2022年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
C: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
D: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
E: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
F: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
G: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
H: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,56828
ポリマ－254,5978
非ポリマー4,97020
水1,838102
1
A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
H: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
ヘテロ分子

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
ヘテロ分子

F: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,78214
ポリマ－127,2994
非ポリマー2,48410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area15860 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area41580 Å2
手法PISA
2
C: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
G: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
ヘテロ分子

D: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
E: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,78514
ポリマ－127,2994
非ポリマー2,48710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area15870 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area41640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.715, 114.847, 155.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Alpha-D-glucosyl-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / UDPGP / Uridine ...Alpha-D-glucosyl-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase / UDPGP / Uridine diphosphoglucose pyrophosphorylase


分子量: 31824.680 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: galU, PA2023 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I291, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 122分子

#2: 化合物
ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6 2.0 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953722 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.52 Å / Num. obs: 65768 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 60.43 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4608 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JUK

3juk


解像度: 2.9→46.98 Å / SU ML: 0.3435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 3227 4.93 %
Rwork0.1948 62216 -
obs0.1968 65443 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17256 0 312 102 17670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007317881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.996924178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05882736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.44766930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.940.33181490.29192704X-RAY DIFFRACTION99.55
2.94-2.990.3151490.29482660X-RAY DIFFRACTION99.75
2.99-3.040.32531470.27522691X-RAY DIFFRACTION99.44
3.04-3.090.33981370.26612687X-RAY DIFFRACTION99.47
3.09-3.150.28751360.25432685X-RAY DIFFRACTION99.61
3.15-3.210.29421320.25192678X-RAY DIFFRACTION99.12
3.21-3.270.31461250.24792737X-RAY DIFFRACTION99.44
3.27-3.340.30581520.23912652X-RAY DIFFRACTION99.19
3.34-3.420.2721390.23532713X-RAY DIFFRACTION99.58
3.42-3.510.26161280.21172695X-RAY DIFFRACTION99.82
3.51-3.60.27511440.19922697X-RAY DIFFRACTION99.79
3.6-3.710.25121430.18722714X-RAY DIFFRACTION99.58
3.71-3.830.21291470.18772696X-RAY DIFFRACTION99.82
3.83-3.960.22441520.18372685X-RAY DIFFRACTION99.75
3.96-4.120.26441380.18162702X-RAY DIFFRACTION99.75
4.12-4.310.19541370.16792734X-RAY DIFFRACTION99.86
4.31-4.540.20631290.15252703X-RAY DIFFRACTION99.65
4.54-4.820.20171360.14642718X-RAY DIFFRACTION99.86
4.82-5.190.18081400.15412738X-RAY DIFFRACTION99.69
5.19-5.720.19321400.17892724X-RAY DIFFRACTION99.69
5.72-6.540.23751440.21132723X-RAY DIFFRACTION99.76
6.54-8.230.22291570.20132713X-RAY DIFFRACTION99.41
8.23-46.980.18811260.17642767X-RAY DIFFRACTION97.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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