+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f6x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryo-EM structure of a structurally designed Human metapneumovirus F protein in complex with antibody MPE8 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / metapneumovirus / HMPV / F protein / antibody / MPE8 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
![]() | Zhou, T. / Kwong, P.D. / Morano, N.C. / Ou, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: cryo-EM structure of a structurally designed Human metapneumovirus F protein in complex with antibody MPE8 著者: Ou, L. / Kwong, P.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 326.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 91.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28891MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56891.637 Da / 分子数: 3 変異: several mutations introduced to structurally redesign the F protein 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pVRC8400 / 遺伝子: wac / Cell (発現宿主): 293F / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 32012.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Purified complex of HMPV F with single chain Fv MPE8 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 値: 0.266 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 58.06 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア | 名称: Leginon / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 192259 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|