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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28891 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of a structurally designed Human metapneumovirus F protein in complex with antibody MPE8 | |||||||||
マップデータ | cryo-EM map for HMPV F in complex with scFv MPE8 | |||||||||
試料 |
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キーワード | metapneumovirus / HMPV / F protein / antibody (抗体) / MPE8 / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage T2 (ファージ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou T / Kwong PD / Morano NC / Ou L | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: cryo-EM structure of a structurally designed Human metapneumovirus F protein in complex with antibody MPE8 著者: Ou L / Kwong PD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28891.map.gz | 49.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28891-v30.xml emd-28891.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28891.png | 93.5 KB | ||
マスクデータ | emd_28891_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_28891_additional_1.map.gz emd_28891_half_map_1.map.gz emd_28891_half_map_2.map.gz | 97 MB 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28891 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28891 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f6xMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map for HMPV F in complex with scFv MPE8 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28891_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened cryo-EM map for HMPV F in complex with scFv MPE8
ファイル | emd_28891_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened cryo-EM map for HMPV F in complex with scFv MPE8 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM half map for HMPV F in complex with scFv MPE8
ファイル | emd_28891_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half map for HMPV F in complex with scFv MPE8 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM half map for HMPV F in complex with scFv MPE8
ファイル | emd_28891_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half map for HMPV F in complex with scFv MPE8 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Purified complex of HMPV F with single chain Fv MPE8
全体 | 名称: Purified complex of HMPV F with single chain Fv MPE8 |
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要素 |
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-超分子 #1: Purified complex of HMPV F with single chain Fv MPE8
超分子 | 名称: Purified complex of HMPV F with single chain Fv MPE8 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 266 KDa |
-分子 #1: Structurally designed HMPV F protein HMPV_v3B_D12_DS454,Fibritin
分子 | 名称: Structurally designed HMPV F protein HMPV_v3B_D12_DS454,Fibritin タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T2 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 56.891637 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSWKVMIIIS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC TDGPSLIKTE LDLTKSALRE LKTCSADQG SGGSGATAAA VTAGIAIAKT IRLESEVNAI KGCLKTTNEC VSTLGNGVRV LATAVRELKE FVSKNLTSAI N KNKCDIPD ...文字列: MSWKVMIIIS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC TDGPSLIKTE LDLTKSALRE LKTCSADQG SGGSGATAAA VTAGIAIAKT IRLESEVNAI KGCLKTTNEC VSTLGNGVRV LATAVRELKE FVSKNLTSAI N KNKCDIPD LKMAVSFSQF NRRFLNVVRQ FSDNAGITPA ISLDLMTDAE LARAVSYMPT SAGQIKLMLE NRCMVRRKGF GI LIGVYGS SVIYMVQLPI FGVIDTPCWI IKAAPSCSEK DGNYACLLRE DQGWYCKNAG STVYYPNDKD CETRGDHVFC DTA AGINVA EQSRECNINI STTNYPCKVS TGRHPISMVA LSPLGALVAC YKGVSCSIGS NRVGIIKQLP KGCSYITNQD ADTV TIDNT VYQLSKVEGE QHVIKGRPVS SSFDPIKFPE CQFNCALDQV FESIENSQAL VDQSNKILNS AESAIGGYIP EAPRD GQAY VRKDGEWVLL STFLGGLVPR GSHHHHHHSA WSHPQFEK UniProtKB: Fusion glycoprotein F0, Fusion glycoprotein F0, Fibritin |
-分子 #2: MPE8 Single chain variable fragment
分子 | 名称: MPE8 Single chain variable fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 32.012062 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCE VQLVESGGGL VKPGGSLRLS CAASGFTFSS YSMNWVRQAP GKGLEWVSSI SASSSYSDYA DSAKGRFTI SRDNAKTSLF LQMNSLRAED TAIYFCARAR ATGYSSITPY FDIWGQGTLV TVSSGTGGSG GGGSGGGGSG G GASQSVVT ...文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCE VQLVESGGGL VKPGGSLRLS CAASGFTFSS YSMNWVRQAP GKGLEWVSSI SASSSYSDYA DSAKGRFTI SRDNAKTSLF LQMNSLRAED TAIYFCARAR ATGYSSITPY FDIWGQGTLV TVSSGTGGSG GGGSGGGGSG G GASQSVVT QTPSVSGAPG QRVTISCTGS SSNIGAGYDV HWYQQLPGTA PKLLIYDNNN RPSGVPDRFS ASKSGTSASL AI TGLQAED EADYYCQSYD RNLSGVFGTG TKVTVLGSGE NLYFQSGGSG GHHHHHHHHS AWSHPQFEK |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 58.06 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 192259 |