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- PDB-8f6o: anti-BTLA monoclonal antibody h22B3 in complex with BTLA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f6o
タイトルanti-BTLA monoclonal antibody h22B3 in complex with BTLA
要素
  • B- and T-lymphocyte attenuator
  • h22B3 Fab heavy chain
  • h22B3 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / Costimulation by the CD28 family / signaling receptor activity / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B- and T-lymphocyte attenuator / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B- and T-lymphocyte attenuator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Hendle, J. / Atwell, S. / Lieu, R. / Hickey, M. / Weichert, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Epitope topography of agonist antibodies to the checkpoint inhibitory receptor BTLA.
著者: Cheung, T.C. / Atwell, S. / Bafetti, L. / Cuenca, P.D. / Froning, K. / Hendle, J. / Hickey, M. / Ho, C. / Huang, J. / Lieu, R. / Lim, S. / Lippner, D. / Obungu, V. / Ward-Kavanagh, L. / ...著者: Cheung, T.C. / Atwell, S. / Bafetti, L. / Cuenca, P.D. / Froning, K. / Hendle, J. / Hickey, M. / Ho, C. / Huang, J. / Lieu, R. / Lim, S. / Lippner, D. / Obungu, V. / Ward-Kavanagh, L. / Weichert, K. / Ware, C.F. / Vendel, A.C.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: h22B3 Fab heavy chain
B: h22B3 Fab light chain
C: B- and T-lymphocyte attenuator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6563
ポリマ－63,6563
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.950, 88.060, 233.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 h22B3 Fab heavy chain


分子量: 25083.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 h22B3 Fab light chain


分子量: 23423.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 B- and T-lymphocyte attenuator / B- and T-lymphocyte-associated protein


分子量: 15147.877 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTLA
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q7Z6A9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 23% PEG 10K + 200mM Magnesium Formate + 100mM Sodium Acetate pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→54 Å / Num. obs: 31602 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.31→2.43 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4567 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTERv2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AW2

2aw2


解像度: 2.31→54 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 --
Rwork0.2152 --
obs0.2177 31602 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4085 0 0 156 4241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014206HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.235743HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1371SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes624HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4206HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion566SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4500SEMIHARMONIC4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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