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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f65 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of VACV D13 in complex with BBL030900 | ||||||
要素 | Scaffold protein D13 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / poxvirus / assembly / scaffolding protein / Fragment-based drug design / immature virion | ||||||
機能・相同性 | Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / FORMIC ACID / 8-methoxyquinolin-4-amine / Scaffold protein OPG125 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Subedi, B.P. / Garriga, D. / Coulibaly, F. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of scaffolidng protein D13 of Vaccinia Virus in complex with fragments inhibiting A17 binding. 著者: Subedi, B.P. / Garriga, D. / Coulibaly, F. #1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Structural basis for the inhibition of poxvirus assembly by the antibiotic rifampicin. 著者: Garriga, D. / Headey, S. / Accurso, C. / Gunzburg, M. / Scanlon, M. / Coulibaly, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f65.cif.gz | 415.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f65.ent.gz | 272.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f65.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f65_validation.pdf.gz | 886.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f65_full_validation.pdf.gz | 900.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8f65_validation.xml.gz | 59.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f65_validation.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f65 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f47C 6beiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65050.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) 遺伝子: VACWR118, D13L 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P68440 #2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | ChemComp-QF6 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 1.7 - 2.2 M sodium formate and 0.1 M citric acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→47.77 Å / Num. obs: 64478 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.5 % / Biso Wilson estimate: 53.09 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 4476 / CC1/2: 0.873 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6BEI 解像度: 2.85→46.26 Å / SU ML: 0.3617 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.914 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→46.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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