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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f5v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Mycothiol S-transferase enzyme in complex with mycothiol and Zn2+ | ||||||
![]() | Conserved protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DinB superfamily / Mycothiol / ternary complex / metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF664 / Protein of unknown function (DUF664) / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Mycothiol / Conserved protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jayasinghe, Y.P. / Ronning, D.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Mycobacterium tuberculosis mycothiol S -transferase is divalent metal-dependent for mycothiol binding and transfer. 著者: Jayasinghe, Y.P. / Banco, M.T. / Lindenberger, J.J. / Favrot, L. / Palcekova, Z. / Jackson, M. / Manabe, S. / Ronning, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fx9C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18518.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Rv0443 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.57 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 16% Polyethylene glycol 3350, 0.1 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00799 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→53.64 Å / Num. obs: 53687 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 661343 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Num. measured all: 53447 / Num. unique obs: 6675 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.249 / Rrim(I) all: 0.722 / Χ2: 0.64 / Net I/σ(I) obs: 2.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Mtb_MST apo structure 解像度: 1.45→33.7 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.7582 Å / Origin y: 18.0481 Å / Origin z: -13.2404 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |