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- PDB-8f5v: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Mycothiol S-trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5v
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Mycothiol S-transferase enzyme in complex with mycothiol and Zn2+
要素Conserved protein
キーワードTRANSFERASE / DinB superfamily / Mycothiol / ternary complex / metalloenzyme
機能・相同性Protein of unknown function DUF664 / Mycothiol-S-transferase / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / metal ion binding / Mycothiol / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Jayasinghe, Y.P. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI151924 米国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: The Mycobacterium tuberculosis mycothiol S -transferase is divalent metal-dependent for mycothiol binding and transfer.
著者: Jayasinghe, Y.P. / Banco, M.T. / Lindenberger, J.J. / Favrot, L. / Palcekova, Z. / Jackson, M. / Manabe, S. / Ronning, D.R.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.details / _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved protein
B: Conserved protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2728
ポリマ－37,0372
非ポリマー1,2356
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.027, 76.732, 53.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Conserved protein


分子量: 18518.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0443 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53728
#2: 化合物 ChemComp-XGZ / Mycothiol / (1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-[(N-acetyl-L-cysteinyl)amino]-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / ミコチオ-ル


分子量: 486.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H30N2O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 16% Polyethylene glycol 3350, 0.1 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.00799 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→53.64 Å / Num. obs: 53687 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 661343
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Num. measured all: 53447 / Num. unique obs: 6675 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.249 / Rrim(I) all: 0.722 / Χ2: 0.64 / Net I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX1.18.2-3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Mtb_MST apo structure

解像度: 1.45→33.7 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 1997 3.72 %
Rwork0.1788 --
obs0.1797 53621 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 68 345 3006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8853773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.757374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.21881160.21352920X-RAY DIFFRACTION78
1.49-1.530.21981200.2063333X-RAY DIFFRACTION89
1.53-1.570.25221430.19533620X-RAY DIFFRACTION97
1.57-1.620.18651480.18753740X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.680.22181410.19183727X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.750.20581460.19763752X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.830.25941510.19143761X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.920.22781430.18793746X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.040.21761450.18193759X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.20.18961460.17113768X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.420.19471500.1723813X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.780.20021440.18833818X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.50.19481480.17663863X-RAY DIFFRACTION100
3.5-33.70.19351560.16624004X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.7582 Å / Origin y: 18.0481 Å / Origin z: -13.2404 Å
111213212223313233
T0.1269 Å2-0.0046 Å2-0.011 Å2-0.1131 Å2-0.0093 Å2--0.103 Å2
L0.8068 °20.1168 °2-0.2511 °2-0.2824 °2-0.2485 °2--0.5026 °2
S0.0141 Å °0.0329 Å °0.0034 Å °-0.008 Å °-0.0212 Å °0.0108 Å °-0.0085 Å °0.0313 Å °-0.0003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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