PDB-8f5u: Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with magnesium, potassiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f5u

タイトル

Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with magnesium, potassium and pyruvate

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / glycolysis / metabolic kinase / central metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Holyoak, T. / Fenton, A.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Database (Oxford) / 年: 2023
タイトル: PYK-SubstitutionOME: an integrated database containing allosteric coupling, ligand affinity and mutational, structural, pathological, bioinformatic and computational information about ...
著者: Swint-Kruse, L. / Dougherty, L.L. / Page, B. / Wu, T. / O'Neil, P.T. / Prasannan, C.B. / Timmons, C. / Tang, Q. / Parente, D.J. / Sreenivasan, S. / Holyoak, T. / Fenton, A.W.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f5u.cif.gz	827.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f5u.ent.gz	685.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f5u_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f5u_full_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示
XML形式データ	8f5u_validation.xml.gz	81.1 KB	表示
CIF形式データ	8f5u_validation.cif.gz	116.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f5tC 8f6mC 2g50S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

234 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.131, 130.198, 170.282
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Pyruvate kinase PKM / Pyruvate kinase muscle isozyme / Threonine-protein kinase PKM2 / Tyrosine-protein kinase PKM2 分子量: 58114.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 7種, 1077分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID 分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50 mM Tris 50 mM NaCl and a range of 7.5 to 10% PEG 20,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 216125 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Χ²: 1.072 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 810287

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	3.8	0.541	21593	1.102	1	100
2.38-2.48	3.8	0.481	21626	1.109	1	100
2.48-2.59	3.8	0.386	21615	1.063	1	100
2.59-2.73	3.8	0.308	21615	1.079	1	100
2.73-2.9	3.8	0.243	21655	1.088	1	100
2.9-3.12	3.8	0.179	21549	1.067	1	100
3.12-3.44	3.8	0.131	21662	1.076	1	100
3.44-3.93	3.8	0.1	21594	1.03	1	100
3.93-4.96	3.7	0.089	21622	1.079	1	100
4.96-100	3.7	0.061	21594	1.022	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G50

2g50

解像度: 2.3→47.27 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	5619	5.01 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1667	112116	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15901	0	96	1051	17048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	16276
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.746	21951
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.125	6159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2846

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.32	0.2839	181	0.1915	3313	X-RAY DIFFRACTION	94
2.32-2.35	0.2759	181	0.1839	3515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.2382	176	0.1803	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.41	0.2479	184	0.1836	3538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.44	0.2594	184	0.1738	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2685	194	0.1771	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.51	0.2737	188	0.1772	3538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.55	0.2723	174	0.1847	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.2581	188	0.1721	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.2407	186	0.1675	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.2643	159	0.1678	3535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.72	0.2564	193	0.1693	3535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.78	0.2361	183	0.165	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.83	0.2419	207	0.1651	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.89	0.1892	178	0.1681	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.96	0.2539	186	0.1673	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.04	0.2507	188	0.181	3522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.12	0.2824	179	0.1801	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.21	0.2324	190	0.1709	3557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.31	0.2156	182	0.1619	3563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.43	0.2046	196	0.1633	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.57	0.2128	194	0.1628	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.73	0.2063	182	0.1573	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.93	0.165	188	0.1472	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.17	0.198	231	0.1431	3550	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-4.5	0.1819	226	0.1408	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.95	0.1924	166	0.1353	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.66	0.1946	190	0.1708	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
5.66-7.13	0.2435	178	0.1875	3665	X-RAY DIFFRACTION	100
7.13-47.27	0.1923	187	0.1617	3818	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.1233 Å / Origin y: -35.5764 Å / Origin z: -47.3145 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1938 Å²	-0.0037 Å²	-0.0209 Å²	-	0.1231 Å²	0.0135 Å²	-	-	0.1752 Å²
L	0.3552 °²	-0.0033 °²	-0.1725 °²	-	0.1367 °²	-0.0346 °²	-	-	0.3959 °²
S	0.02 Å °	0.0002 Å °	0.0733 Å °	0.0501 Å °	0.024 Å °	-0.0037 Å °	0.0271 Å °	-0.0168 Å °	-0.0413 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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