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- PDB-8f5t: Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with sodium and magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5t
タイトルRabbit muscle pyruvate kinase in complex with sodium and magnesium
要素Pyruvate kinase PKM
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / glycolysis (解糖系) / metabolic kinase / central metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


ピルビン酸キナーゼ / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / 小胞体 / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 ...ピルビン酸キナーゼ / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / 小胞体 / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / ピルビン酸キナーゼ / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / ピルビン酸キナーゼ / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Holyoak, T. / Fenton, A.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Database (Oxford) / 年: 2023
タイトル: PYK-SubstitutionOME: an integrated database containing allosteric coupling, ligand affinity and mutational, structural, pathological, bioinformatic and computational information about ...タイトル: PYK-SubstitutionOME: an integrated database containing allosteric coupling, ligand affinity and mutational, structural, pathological, bioinformatic and computational information about pyruvate kinase isozymes.
著者: Swint-Kruse, L. / Dougherty, L.L. / Page, B. / Wu, T. / O'Neil, P.T. / Prasannan, C.B. / Timmons, C. / Tang, Q. / Parente, D.J. / Sreenivasan, S. / Holyoak, T. / Fenton, A.W.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
E: Pyruvate kinase PKM
F: Pyruvate kinase PKM
G: Pyruvate kinase PKM
H: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,30033
ポリマ－464,9128
非ポリマー1,38825
水28,2111566
1
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,07416
ポリマ－232,4564
非ポリマー61812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18450 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area72960 Å2
手法PISA
2
E: Pyruvate kinase PKM
F: Pyruvate kinase PKM
G: Pyruvate kinase PKM
H: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,22617
ポリマ－232,4564
非ポリマー77013
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18900 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area72900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.453, 113.759, 169.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Pyruvate kinase PKM / Pyruvate kinase muscle isozyme / Threonine-protein kinase PKM2 / Tyrosine-protein kinase PKM2


分子量: 58114.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: S-->A substitution an naturally occurring variant / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: P11974, ピルビン酸キナーゼ, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 1591分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM Tris 50 mM NaCl and a range of 7.5 to 10% PEG 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 397612 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 38.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.073 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 870606
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.4920.478385561.075194.3
2.49-2.5920.386388161.074195.1
2.59-2.72.10.303391751.016195.8
2.7-2.852.10.231393461.049196.6
2.85-3.022.10.173397351.055197.3
3.02-3.262.20.124399621.061197.9
3.26-3.582.30.092401201.046198.3
3.58-4.12.30.073405251.092199.2
4.1-5.172.40.069408191.075199.9
5.17-502.30.041405581.163199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G50

2g50


解像度: 2.41→47.16 Å / SU ML: 0.3167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 10347 5.04 %
Rwork0.1848 194988 -
obs0.1872 205335 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31859 0 82 1566 33507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002332425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50343746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04375010
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00345670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.497612243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.430.33612710.27935299X-RAY DIFFRACTION80.58
2.43-2.460.32553360.27026446X-RAY DIFFRACTION97.3
2.46-2.490.32163370.26646368X-RAY DIFFRACTION97.09
2.49-2.520.31893670.25476411X-RAY DIFFRACTION97.78
2.52-2.560.33340.24386403X-RAY DIFFRACTION97.67
2.56-2.590.30393530.23846398X-RAY DIFFRACTION98
2.59-2.630.30743590.23826488X-RAY DIFFRACTION98.14
2.63-2.670.28233630.23196394X-RAY DIFFRACTION98.4
2.67-2.710.28363600.2256518X-RAY DIFFRACTION98.6
2.71-2.760.2783340.21546486X-RAY DIFFRACTION98.67
2.76-2.80.28543540.22066488X-RAY DIFFRACTION98.62
2.8-2.850.29123400.22916524X-RAY DIFFRACTION98.93
2.85-2.910.30863380.23196562X-RAY DIFFRACTION99.04
2.91-2.970.293280.22726497X-RAY DIFFRACTION99.24
2.97-3.030.2773340.21836552X-RAY DIFFRACTION99.49
3.03-3.10.28963480.20726556X-RAY DIFFRACTION99.32
3.1-3.180.26823550.21036555X-RAY DIFFRACTION99.44
3.18-3.270.28063530.20476540X-RAY DIFFRACTION99.49
3.27-3.360.25183560.20276568X-RAY DIFFRACTION99.6
3.36-3.470.2473140.19026571X-RAY DIFFRACTION99.48
3.47-3.60.21663270.18226598X-RAY DIFFRACTION99.64
3.6-3.740.22643340.17366622X-RAY DIFFRACTION99.87
3.74-3.910.20873830.16516570X-RAY DIFFRACTION99.84
3.91-4.120.18213570.15756588X-RAY DIFFRACTION99.93
4.12-4.370.173520.14496647X-RAY DIFFRACTION99.99
4.37-4.710.17283600.13626610X-RAY DIFFRACTION99.99
4.71-5.180.19653460.15286642X-RAY DIFFRACTION99.99
5.18-5.930.21523430.16936662X-RAY DIFFRACTION99.89
5.93-7.470.20783510.1686684X-RAY DIFFRACTION99.86
7.47-47.160.16193600.13786741X-RAY DIFFRACTION99.07
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 101.303674017 Å / Origin y: -33.3469151033 Å / Origin z: 78.7644914441 Å
111213212223313233
T0.249482174672 Å20.0046929905566 Å20.0201718181889 Å2-0.214737641051 Å2-0.0313268261722 Å2--0.248835037059 Å2
L0.132940492989 °2-0.018111501227 °20.0720007917678 °2-0.0499753303106 °2-0.0698795651948 °2--0.186956363897 °2
S0.0045890728328 Å °-0.0510561519596 Å °0.00366858114013 Å °0.00507071515325 Å °-0.00532782648199 Å °-0.00159471599972 Å °-0.0223940866171 Å °0.00871342429888 Å °0.00150449748181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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