PDB-8f5t: Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with sodium and magnesium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f5t

タイトル

Rabbit muscle pyruvate kinase in complex with sodium and magnesium

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / glycolysis / metabolic kinase / central metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Holyoak, T. / Fenton, A.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Database (Oxford) / 年: 2023
タイトル: PYK-SubstitutionOME: an integrated database containing allosteric coupling, ligand affinity and mutational, structural, pathological, bioinformatic and computational information about ...
著者: Swint-Kruse, L. / Dougherty, L.L. / Page, B. / Wu, T. / O'Neil, P.T. / Prasannan, C.B. / Timmons, C. / Tang, Q. / Parente, D.J. / Sreenivasan, S. / Holyoak, T. / Fenton, A.W.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f5t.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f5t.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f5t_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f5t_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	8f5t_validation.xml.gz	153 KB	表示
CIF形式データ	8f5t_validation.cif.gz	212.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f5uC 8f6mC 2g50S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

E: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

466 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Pyruvate kinase PKM

F: Pyruvate kinase PKM

G: Pyruvate kinase PKM

H: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.453, 113.759, 169.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Pyruvate kinase PKM / Pyruvate kinase muscle isozyme / Threonine-protein kinase PKM2 / Tyrosine-protein kinase PKM2 分子量: 58114.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: S-->A substitution an naturally occurring variant / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

#1: タンパク質

Pyruvate kinase PKM / Pyruvate kinase muscle isozyme / Threonine-protein kinase PKM2 / Tyrosine-protein kinase PKM2

分子量: 58114.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: S-->A substitution an naturally occurring variant / 由来: (天然)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 1591分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50 mM Tris 50 mM NaCl and a range of 7.5 to 10% PEG 20,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 397612 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.073 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 870606

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	2	0.478	38556	1.075	1	94.3
2.49-2.59	2	0.386	38816	1.074	1	95.1
2.59-2.7	2.1	0.303	39175	1.016	1	95.8
2.7-2.85	2.1	0.231	39346	1.049	1	96.6
2.85-3.02	2.1	0.173	39735	1.055	1	97.3
3.02-3.26	2.2	0.124	39962	1.061	1	97.9
3.26-3.58	2.3	0.092	40120	1.046	1	98.3
3.58-4.1	2.3	0.073	40525	1.092	1	99.2
4.1-5.17	2.4	0.069	40819	1.075	1	99.9
5.17-50	2.3	0.041	40558	1.163	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G50

2g50

解像度: 2.41→47.16 Å / SU ML: 0.3167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2318	10347	5.04 %
R_work	0.1848	194988	-
obs	0.1872	205335	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→47.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31859	0	82	1566	33507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	32425
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.503	43746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	5010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	5670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4976	12243

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.41-2.43	0.3361	271	0.2793	5299	X-RAY DIFFRACTION	80.58
2.43-2.46	0.3255	336	0.2702	6446	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.46-2.49	0.3216	337	0.2664	6368	X-RAY DIFFRACTION	97.09
2.49-2.52	0.3189	367	0.2547	6411	X-RAY DIFFRACTION	97.78
2.52-2.56	0.3	334	0.2438	6403	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.56-2.59	0.3039	353	0.2384	6398	X-RAY DIFFRACTION	98
2.59-2.63	0.3074	359	0.2382	6488	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.63-2.67	0.2823	363	0.2319	6394	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.67-2.71	0.2836	360	0.225	6518	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.71-2.76	0.278	334	0.2154	6486	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.76-2.8	0.2854	354	0.2206	6488	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.8-2.85	0.2912	340	0.2291	6524	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.85-2.91	0.3086	338	0.2319	6562	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.91-2.97	0.29	328	0.2272	6497	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.97-3.03	0.277	334	0.2183	6552	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.03-3.1	0.2896	348	0.2072	6556	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.1-3.18	0.2682	355	0.2103	6555	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.18-3.27	0.2806	353	0.2047	6540	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.27-3.36	0.2518	356	0.2027	6568	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.36-3.47	0.247	314	0.1902	6571	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.47-3.6	0.2166	327	0.1822	6598	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.6-3.74	0.2264	334	0.1736	6622	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.74-3.91	0.2087	383	0.1651	6570	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.91-4.12	0.1821	357	0.1575	6588	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.12-4.37	0.17	352	0.1449	6647	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.37-4.71	0.1728	360	0.1362	6610	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.71-5.18	0.1965	346	0.1528	6642	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.18-5.93	0.2152	343	0.1693	6662	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.93-7.47	0.2078	351	0.168	6684	X-RAY DIFFRACTION	99.86
7.47-47.16	0.1619	360	0.1378	6741	X-RAY DIFFRACTION	99.07

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 101.303674017 Å / Origin y: -33.3469151033 Å / Origin z: 78.7644914441 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.249482174672 Å²	0.0046929905566 Å²	0.0201718181889 Å²	-	0.214737641051 Å²	-0.0313268261722 Å²	-	-	0.248835037059 Å²
L	0.132940492989 °²	-0.018111501227 °²	0.0720007917678 °²	-	0.0499753303106 °²	-0.0698795651948 °²	-	-	0.186956363897 °²
S	0.0045890728328 Å °	-0.0510561519596 Å °	0.00366858114013 Å °	0.00507071515325 Å °	-0.00532782648199 Å °	-0.00159471599972 Å °	-0.0223940866171 Å °	0.00871342429888 Å °	0.00150449748181 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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