PDB-8f5l: Azurin from Pseudomonas aeruginosa, Y72F/Y108F/F110L mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f5l

タイトル

Azurin from Pseudomonas aeruginosa, Y72F/Y108F/F110L mutant

要素

Azurin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / copper protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Zeug, M. / Offenbacher, A.R. / Choe, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2023
タイトル: Electrochemical and Structural Study of the Buried Tryptophan in Azurin: Effects of Hydration and Polarity on the Redox Potential of W48.
著者: Tyson, K. / Tangtartharakul, C.B. / Zeug, M. / Findling, N. / Haddy, A. / Hvastkovs, E. / Choe, J.Y. / Kim, J.E. / Offenbacher, A.R.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f5l.cif.gz	125.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f5l.ent.gz	93.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f5l_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f5l_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	8f5l_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	8f5l_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f5kC 3fqyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Azurin

B: Azurin

ヘテロ分子

32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Azurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Azurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.171, 66.730, 69.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Azurin 分子量: 15948.398 Da / 分子数: 2 / 変異: Y72F,Y108F,F110L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22-25 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M Hepes, pH 7.0, 0.2 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 78418 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 35.9
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.62 / Num. unique obs: 3045 / CC_1/2: 0.908 / R_sym value: 0.357

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3fqy

3fqy

解像度: 1.15→34.09 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1739	3876	4.95 %
R_work	0.1585	-	-
obs	0.1592	78349	97.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→34.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1936	0	11	367	2314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.115	2661
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.833	260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	304
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.16	0.247	100	0.2337	2030	X-RAY DIFFRACTION	75
1.16-1.18	0.2112	105	0.2262	2208	X-RAY DIFFRACTION	82
1.18-1.19	0.2116	135	0.2088	2375	X-RAY DIFFRACTION	89
1.19-1.21	0.218	134	0.2007	2570	X-RAY DIFFRACTION	94
1.21-1.23	0.1996	120	0.1934	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
1.23-1.25	0.2156	141	0.181	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
1.25-1.27	0.2084	151	0.1876	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
1.27-1.29	0.2116	133	0.1809	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
1.29-1.31	0.2155	152	0.181	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
1.31-1.33	0.2047	132	0.1753	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.36	0.1741	143	0.1707	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
1.36-1.39	0.1744	137	0.1665	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.42	0.1753	124	0.1609	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1699	149	0.1581	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.48	0.153	132	0.1564	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.52	0.1836	139	0.1544	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.57	0.1674	165	0.1532	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.62	0.1634	122	0.1453	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.68	0.1717	135	0.1474	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.75	0.1624	146	0.1517	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.83	0.1631	163	0.1517	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.92	0.164	156	0.1565	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2.04	0.1704	158	0.1423	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.2	0.1484	139	0.1404	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.42	0.1541	166	0.1464	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.77	0.157	128	0.1503	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.49	0.1929	132	0.1542	2828	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-34.09	0.1671	139	0.1569	2813	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.4255 Å / Origin y: 2.6184 Å / Origin z: 3.5536 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0514 Å²	0.0066 Å²	0.0015 Å²	-	0.0563 Å²	0.0087 Å²	-	-	0.0585 Å²
L	0.249 °²	0.1858 °²	0.0635 °²	-	0.2576 °²	0.1251 °²	-	-	0.2 °²
S	0.0095 Å °	-0.0087 Å °	-0.0188 Å °	0.0038 Å °	-0.0086 Å °	-0.0154 Å °	0.0052 Å °	0.022 Å °	-0.0058 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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