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- PDB-8f5k: Azurin from Pseudomonas aeruginosa, Y72F/Y108F/F110A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5k
タイトルAzurin from Pseudomonas aeruginosa, Y72F/Y108F/F110A mutant
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / copper protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Zeug, M. / Offenbacher, A.R. / Choe, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)20-03956 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2023
タイトル: Electrochemical and Structural Study of the Buried Tryptophan in Azurin: Effects of Hydration and Polarity on the Redox Potential of W48.
著者: Tyson, K. / Tangtartharakul, C.B. / Zeug, M. / Findling, N. / Haddy, A. / Hvastkovs, E. / Choe, J.Y. / Kim, J.E. / Offenbacher, A.R.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
B: Azurin
C: Azurin
D: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8798
ポリマ－63,6254
非ポリマー2544
水14,682815
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9702
ポリマ－15,9061
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9702
ポリマ－15,9061
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9702
ポリマ－15,9061
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9702
ポリマ－15,9061
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.425, 64.818, 71.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Azurin


分子量: 15906.318 Da / 分子数: 4 / 変異: Y72F,Y108F,F110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22-25 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M Hepes, pH 7.0, 0.2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 117338 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.996 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5678 / CC1/2: 0.69 / Rsym value: 0.598

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3fqy

3fqy


解像度: 1.25→40.28 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1794 5879 5.01 %
Rwork0.1578 --
obs0.1589 117303 95.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→40.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3818 0 4 815 4637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9675263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.424509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.270.30982010.28573277X-RAY DIFFRACTION85
1.27-1.280.30552200.2623612X-RAY DIFFRACTION94
1.28-1.30.24491800.25123679X-RAY DIFFRACTION94
1.3-1.310.21621720.23543656X-RAY DIFFRACTION95
1.31-1.330.26441880.21683656X-RAY DIFFRACTION94
1.33-1.350.22622130.22253641X-RAY DIFFRACTION95
1.35-1.370.24311770.21073697X-RAY DIFFRACTION95
1.37-1.390.2411880.20873681X-RAY DIFFRACTION95
1.39-1.410.23381990.20533743X-RAY DIFFRACTION95
1.41-1.430.21062250.19693648X-RAY DIFFRACTION96
1.43-1.460.23271970.19483758X-RAY DIFFRACTION96
1.46-1.490.22461940.18373676X-RAY DIFFRACTION96
1.49-1.510.20951920.17693728X-RAY DIFFRACTION96
1.51-1.550.21861650.17493781X-RAY DIFFRACTION96
1.55-1.580.19292140.17083732X-RAY DIFFRACTION96
1.58-1.620.20092020.1633728X-RAY DIFFRACTION97
1.62-1.660.17282180.16223751X-RAY DIFFRACTION97
1.66-1.70.1731860.16093779X-RAY DIFFRACTION97
1.7-1.750.18781820.15943772X-RAY DIFFRACTION97
1.75-1.810.17311630.15823808X-RAY DIFFRACTION97
1.81-1.870.16781960.15853799X-RAY DIFFRACTION97
1.87-1.950.17021820.15673805X-RAY DIFFRACTION97
1.95-2.040.17182400.14683750X-RAY DIFFRACTION97
2.04-2.140.16831960.14583830X-RAY DIFFRACTION98
2.14-2.280.16452070.14333770X-RAY DIFFRACTION97
2.28-2.450.17561970.14683812X-RAY DIFFRACTION97
2.45-2.70.16471850.14253784X-RAY DIFFRACTION97
2.7-3.090.16322230.14133737X-RAY DIFFRACTION95
3.09-3.890.15752070.12683737X-RAY DIFFRACTION95
3.89-40.280.14811700.14293597X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.2234 Å / Origin y: -24.1644 Å / Origin z: 18.6797 Å
111213212223313233
T0.065 Å2-0.002 Å2-0.0021 Å2-0.0816 Å20.0056 Å2--0.0723 Å2
L0.5219 °20.0515 °20.0097 °2-0.3639 °2-0.0288 °2--0.3522 °2
S0.0067 Å °0.0213 Å °-0.0118 Å °-0.0066 Å °0.0052 Å °-0.0292 Å °0.0188 Å °-0.0188 Å °-0.0112 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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