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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5j
タイトルhuman branched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibitors
要素[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE/INHIBITOR / branched chain ketoacid dehydrogenase kinase / inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular amino acid metabolic process / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / amino acid catabolic process / lipid biosynthetic process / protein serine/threonine phosphatase activity ...negative regulation of cellular amino acid metabolic process / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / amino acid catabolic process / lipid biosynthetic process / protein serine/threonine phosphatase activity / regulation of glucose metabolic process / kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / mitochondrial matrix / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Chem-XER / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.545 Å
データ登録者Liu, S. / Roth Flach, R. / Bollinger, E. / Filipski, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Small molecule branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase (BDK) inhibitors with opposing effects on BDK protein levels.
著者: Roth Flach, R.J. / Bollinger, E. / Reyes, A.R. / Laforest, B. / Kormos, B.L. / Liu, S. / Reese, M.R. / Martinez Alsina, L.A. / Buzon, L. / Zhang, Y. / Bechle, B. / Rosado, A. / Sahasrabudhe, ...著者: Roth Flach, R.J. / Bollinger, E. / Reyes, A.R. / Laforest, B. / Kormos, B.L. / Liu, S. / Reese, M.R. / Martinez Alsina, L.A. / Buzon, L. / Zhang, Y. / Bechle, B. / Rosado, A. / Sahasrabudhe, P.V. / Knafels, J. / Bhattacharya, S.K. / Omoto, K. / Stansfield, J.C. / Hurley, L.D. / Song, L. / Luo, L. / Breitkopf, S.B. / Monetti, M. / Cunio, T. / Tierney, B. / Geoly, F.J. / Delmore, J. / Siddall, C.P. / Xue, L. / Yip, K.N. / Kalgutkar, A.S. / Miller, R.A. / Zhang, B.B. / Filipski, K.J.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9795
ポリマ－44,2521
非ポリマー7274
水50428
1
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,95810
ポリマ－88,5032
非ポリマー1,4558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.27, 132.27, 121.7
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-525-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / BCKD-kinase / BCKDHKIN


分子量: 44251.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCKDK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14874, [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase

-
非ポリマー , 5種, 32分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-XER / 3-chloro-5-fluorothieno[3,2-b]thiophene-2-carboxylic acid


分子量: 236.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H2ClFO2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate and 17-22% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.549→114.549 Å / Num. obs: 18174 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 18 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.549→2.697 Å / Num. unique obs: 910 / CC1/2: 0.459 / Rpim(I) all: 0.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 40 / 解像度: 2.545→114.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Blow DPI: 0.272 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.274
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2697 928 -RANDOM
Rwork0.2308 ---
obs0.2327 18177 85.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0235 Å20 Å20 Å2
2---0.0235 Å20 Å2
3---0.0469 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.545→114.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 42 28 2634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082665HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.913613HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d938SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes471HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2664HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion346SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1793SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.79
LS精密化 シェル解像度: 2.545→2.64 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3002 21 -
Rwork0.3154 --
obs--17.81 %
精密化 TLSOrigin x: 15.0043 Å / Origin y: -45.7618 Å / Origin z: 17.2539 Å
111213212223313233
T-0.344 Å2-0.0481 Å2-0.0449 Å2--0.167 Å20.0208 Å2---0.2694 Å2
L0.8409 °2-0.6725 °2-1.1044 °2-0.8728 °20.6655 °2--1.5225 °2
S-0.0043 Å °0.0377 Å °-0.2479 Å °0.0377 Å °0.0538 Å °-0.1495 Å °-0.2479 Å °-0.1495 Å °-0.0495 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A26 - 374
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A401 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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